クロールで泳ぐカエルを追いかけるルフィたちの前に、汽笛を鳴らし煙を吐き、猛然と列車が駆けて来る!!　シフト駅の駅長・ココロばあさんとチムニーの話では、“海列車”が島から島へ海の線路を走っているのだという。

ウォーターセブンに上陸したルフィたちは、黄金を換金するため、ヤガラという魚に乗って中心街へ向かう。柔らか～い“水水肉”を食べたり、水のエレベーターに乗ったり。巨大な水上都市には、楽しいことがいっぱいだ!!

黄金を換金すると、３億ベリーに！　これでメリー号を修理できる!!　喜び勇んで造船所へ入ろうとするルフィたちだが、鼻の長い男に止められた。「ガレーラカンパニー」１番ドック“大工職”職長のカクだ！

２億ベリーを盗んだフランキー一家を、“艤装・マスト職”職長・パウリーが、ロープを操り退治した！　しかしそのまま金を持ち逃げしようとする。“木びき・木釘”職長ルッチが、パウリーを連れ戻した時、肩のハトがしゃべりだした！

査定から戻ったカクは、ゴーイングメリー号は直せないと言う。もう死を待つだけの、ただの組み木だと。取り乱すルフィ。ウソップこそ一番ショックを受けそうだが、何と彼は、２億ベリーとともに姿を消していた！

盗まれたのはメリーを直す大事な金！　一人で取り戻しに行くウソップ。しかし返り討ちにあってしまう！　倒れるウソップに、ルフィたちの怒りの炎が燃え上がる！　一味のアジト、フランキーハウスを吹き飛ばせ!!

船を換えるというルフィに、ウソップは激昂！　メリーは、どんな波もいっしょにきりぬけてきた大事な仲間だ!!　その想いは、ルフィも同じ。だが、船長として決断は変えられない。対立するウソップは、ひとり船を降りていく。

約束の夜10時、決闘が始まる！　大マジでルフィを攻めたてるウソップ。ルフィの気付かぬ間に、“風貝”でガスを充満させた“火炎星”！　大爆発に地面がゆらぎ、波が逆巻く。その波をかぶったメリーの涙から、一筋の涙が流れ落ち…。

アイスバーグが撃たれた事件で、町は大さわぎ！　ルフィとナミは、心配して造船所へ急ぐ。サンジとチョッパーは、行方不明のロビンを捜す。造船所に着いたルフィだが、そこへド派手な音楽に乗って、フランキーが現れた!!

フランキーが炎を吹いた!!　悪魔の実の能力者なのだろうか？　だが、川に飛び込んでも全然へっちゃら。右腕からは強力なロケットパンチが飛び出してくる。フランキーは、全身が兵器のサイボーグだったのだ！

アイスバーグの証言で、ロビンの仲間である麦わら海賊団が、市長を狙う暗殺者として街中から追われる身に!!　犯人は本当にロビンなのか？　真実を確かめたいルフィは、警戒厳重なガレーラ本社へ、ひとり乗り込んでいく！

“アクア・ラグナ”が近づく中、ガレーラの職人たちは暗殺者・麦わら海賊団を探し回る。チョッパーとサンジは、匂いを頼りにロビンを追う。だが二人の前に現れたロビンは、皆に罪を被せて逃げるつもりだと別れを告げる…。

ゾロは、ロビンの狙いが、今度こそ市長暗殺だと推察する。ロビンは敵なのか？　味方なのか？　真相を知るには、ワナと知りつつも現場へ行き、ロビンを捕まえるしかない。ルフィたちは市長宅突入の機会をうかがう！

警戒厳重なアイスバーグ邸で、爆発が起こる！　同時に、仮面をつけた者たちが現れた。わずか数名で、大勢の船大工をバタバタとなぎ倒していく！　彼らは闇より現れし世界政府直下の暗躍機関“サイファーポールNo.9”だった！

ＣＰ９が狙っているのは、アイスバーグが持つ古代兵器“プルトン”の設計図だった。その戦艦のあまりに強大な力を恐れた造船技師が、暴走した時の抵抗勢力とすべく設計図を残し、代々受け継がれてきたのだ。

ＣＰ９の４人は、人体から武器に匹敵する力を引き出す武術“六武”を使う。ルフィの“ゴムゴムの銃乱打”を受けても、びくともしないのだ！　目に見えぬ速さで動き、空を駆け、蹴りひとつで壁をも斬り裂く、ケタ違いの戦闘力だ！

ルッチは悪魔の実の能力者だった！　“ネコネコの実モデル豹”。その巨大な姿、圧倒的なパワーで、ルフィもゾロもブッ飛ばされてしまう！　ＣＰ９の魔の手は、古代兵器の設計図を持つフランキーのもとへと迫る！

船の解体を勧めるフランキーに、あくまでも抗うウソップ。だが本当は、もうメリー号がダメだと分かっていた。空島で船を修理した影は、クラバウターマンと呼ばれる船の化身だった。あの時ウソップは、メリー号自身の声を聞いていたのだ！

ＣＰ９が、フランキーの秘密基地・橋の下倉庫へ現れる。倉庫の奥には製図室があった。ここは、造船会社トムズワーカーズがあった場所！　フランキーとアイスバーグが、世界一の造船技師トムとともに夢を追い、育った想い出の場所だった。

８年前、トムの“海賊王の船製造の罪”が無罪となる日。フランキーが作った戦艦が、司法船を襲った！　止めようと駆けつけたトムとアイスバーグにも、砲撃の雨が降りかかる！　トムが持つ設計図を狙うＣＰ５のスパンダムにハメられたのだ！

司法船襲撃犯として捕らえられたトムズワーカーズ。戦艦を造ったことを後悔するフランキーを、トムが初めて殴った！　トムは、襲撃に対する免罪を求め、“海賊王の船製造”の罪で極刑となることを選ぶ。フランキーはトムに命を救われたのだ！

意識を取り戻したアイスバーグが、ナミにロビンの想いを語る。ＣＰ９は“麦わらの一味”に対し、“国家戦争クラス”の軍事力を発動させる権限を持っていた。仲間６人が無事にこの島を出航することを条件に、ロビンはＣＰ９に身を預けたのだ！

エニエス・ロビー行きの海列車に、ＣＰ９のルッチたちが乗船した。この最終便を逃すと、“高潮”のため、島から出る術がなくなってしまう。ナミはロビンを説得するため、駅へ向かい水路を駆ける！　だが無情にも、海列車の汽笛が鳴り響く！

ナミの追走も空しく、出航してしまった海列車。だが駅には、ナミへの手紙が残されていた。サンジからのラブレターには、海列車に乗り込んだと書かれている！　政府のエージェントを蹴り飛ばし、最後尾の第７車両に突入したのだ！

ルフィとゾロを発見！　だが、今にも“高潮”に飲み込まれようとしている裏町で、ルフィは建物の間に挟まり、ゾロは煙突に突き刺さっていた。猛烈な大波が押し寄せる中、ナミがロビンの想いを、仲間のために一人で犠牲になった彼女の真実を叫ぶ！

ロビンが連行されるエニエス・ロビーは、世界政府の中枢につながる玄関だ。その島へ仲間を連れ戻しに行くなんて、世界政府にケンカを売るようなもの。だが、仲間が待っている！　奇跡の救出劇に向け、“暴走列車”ロケットマンが走り出す！

水路を飛び出すロケットマン！　フランキー一家を乗せたキングブルも連結。パウリーら、ガレーラの職長３人も合流。町ではケンカもしたが、全員の敵は同じ！　ガッチリと手を組んだ“同志”を乗せ、ロケットマンはフルスロットルで進む！

アクア・ラグナへ向け、ルフィとゾロの超強力合体技“ゴムゴムの三百煩悩攻城砲”発射！　自然の猛威をもフッ飛ばし、ロケットマンは突き進む！　パッフィング・トムのサンジたちは、ナミから電伝虫でロビンの本心を聞き、救出の決意を固める！

狙撃の島からやってきた!?　謎の男・そげキングが、サンジ、フランキーとともに、ロビン救出作戦に加わった。迫り来るＴボーン大佐率いる海兵、役人たちを、最後尾へ引きつけて車両ごと切り離す。一気に敵を減らすサンジの頭脳プレーは大成功だ！

第４車両を守る、ＣＰ７のお料理格闘家ワンゼは、ラーメン拳法の使い手だ！　麺でできた戦闘服・麺ズ正装スーツに蹴りが埋まってしまい、サンジは攻撃できない。一方、第３車両の屋根の上では、ＣＰ９の新入り・ネロとフランキーのバトルが始まった！

一流コック・サンジが魅せる別格の包丁さばき！　タマネギの皮を剥くように、ワンゼのスーツを剥ぎ取った！　“四式使い”のネロに攻撃を全てかわされてしまったフランキーは、サイボーグの本領発揮。ケンタウロスに変型する！

海軍本部大佐・Ｔボーンが、ボーン大鳥を放つ！　対するゾロは“牛鬼勇爪”を炸裂させる！　ロビンを侮辱したワンゼを、サンジが怒りの“三点切分”でブッ飛ばす！　そしてフランキーは、一撃必殺の“アルティメットハンマー”で、ネロを屋根ごと粉砕した！

ＣＰ９の４人が控える車両に乗り込んだ、サンジとフランキー。前の車両からそげキングとともにロビンも現れるが、彼女は戻ることを拒み続ける。車両を切り離せと指示したそげキングが、“煙星”を発射！　ロビンを奪還して逃げ出す！

ドアドアの実の真骨頂“空気開扉”で、突如ブルーノが姿を現す！　不意をつかれたサンジは“嵐脚”を食らってしまう。そげキングの抵抗もむなしく、連れ去られたロビン。彼女たちを乗せた海列車は、ついに“不夜島”エニエス・ロビーへ到着する！