평화로운 일상을 즐기고 있던 닌자들은 마스터 우에게 닌자의 본분을 게을리한다고 꾸짖음을 듣는다. 닌자들은 그 사실을 부인하지만, 결국 마스터 우의 여러 가지 무술 시험을 치르게 된다. 시험을 치르며 닌자들은 자신들이 그동안 나태하게 지낸 것을 깨닫고 원래 닌자의 모습으로 돌아가려고 한다."

기강이 해이해진 걸 깨달은 닌자들은 스핀짓주 훈련을 위해 할 일을 찾아 닌자고를 돌아다니지만, 평화로운 도시가 된 닌자고에선 위험한 일이 더 이상 생기지 않는다. 그러던 중, 비밀스러운 피라미드를 발견했다는 소식을 듣고, 닌자들은 아무도 들어가려 하지 않는 위험한 피라미드 속을 들어가 보기로 하는데…

새롭게 할 일이 생겨서 잔뜩 들떠 있는 닌자들에게 픽셀이 깜짝 선물을 한다. 신이 난 닌자들은 사막으로 향하던 중, 거대 풍뎅이의 공격을 받게 되고, 큰 바위 위로 몸을 피하는데…

"고장난 랜드 바운티를 수리하려면, 거대 풍뎅이가 삼킨 엔진의 부품을 되찾아 와야 한다. 결국 쟌이 풍뎅이의 뱃속에 직접 들어가서 부품을 꺼내오기로 하는데…"

닌자들은 안락한 생활에 익숙해진 클러치 파워스 교수와 한 팀이 되어 비밀스러운 피라미드 안으로 들어가기로 한다. 그리고 그곳에 봉인되어 있던 오래된 악의 존재를 풀어주게 되는데…

리틀 넬슨은 신문 배달원으로 취직한다. 그러나 출근 첫날, 아스피라와 바이로 전사들이 닌자고 시티를 지배한다. 넬슨은 동료, 안토니아와 함께 신문배달을 무사히 완료하려고 최선을 다하던 중, 파워스 교수와 만나게 된다.

카이는 아스피라한테 힘을 뺏기고 의식을 잃는다. 그 와중에, 아스피라의 마법 때문에 생긴 용암이 피라미드를 가득 채우기 시작한다. 카이를 제외한 다른 닌자들은 서로 힘을 합쳐서 피라미드를 빠져나가려고 애쓰지만, 결국 피라미드 주변까지 용암이 가득 찬 걸 발견하고 낙심한다. 그러나 그 순간 픽셀이 닌자들을 구하러 온다.

NGTV 최고의 기자로 인정받는 프레드 파인리는 뱀들한테 공격받고 있는 닌자고 시내에서 시민들과 인터뷰 중이다. 한편, 강아지 만지기 대회에서 뉴스를 전하던 게일은 뱀사제, 아스피라와 직접 대면하게 된다. 아스피라는 자신을 피라미드에 가둔 무기인 고대 두루마리 문서가 닌자고 역사 박물관에 있다는 걸 알고, 그곳으로 향하는데…

아스피라에게 힘을 잃은 카이는 전투에서 빠지고, 남은 닌자들은 아스피라를 쫓아 박물관으로 향한다. 한편, 혼자 남은 카이가 우연히 만난 꼬마 팬은 닌자들을 도우러 가겠다며 박물관으로 달려간다. 꼬마의 안전이 걱정된 카이 역시 박물관으로 향하지만, 이미 아스피라는 닌자들을 물리치고 금지된 스핀짓주 두루마리를 갖고 떠나 버렸다.

로이드, 니야, 쟌은 아스피라한테서 금지된 스핀짓주 두루마리를 뺏으려 하지만 뜻대로 되지 않는다. 한편, 카이, 제이, 콜은 지하 세계로 내려가서 스케일스를 만나, 아스피라와 배신자 사기꾼의 이야기를 듣는다. 가마돈이 배신자라고 생각한 제이는 사원으로 돌아와서 마스터 우에게 이 이야기를 전하는데...

마스터 우는 닌자들에게 아스피라와 얽힌 과거를 애기해준다. 어린 우는 가마돈과 금지된 뱀의 땅에 몰래 들어갔다가 뱀들에게 잡혀 감옥에 갇힌다. 이때 아스피라가 나타나서, 우와 가마돈을 풀어주는 대가로 스핀짓주를 가르쳐달라고 한다. 어린 우는 약속을 지키기 위해 아스피라에게 스핀짓주를 가르쳐주지만, 아스피라가 인간을 공격하고 뱀의 왕을 무너뜨리려는 걸 알고 아스피라를 무찌른다. 결국 아스피라는 피라미드에 갇히게 되고, 우에게 복수를 다짐한다.

아스피라와 부하들이 마스터 우의 사원으로 쳐들어오자, 마스터 우와 제이, 콜, 카이는 픽셀이 만들어둔 사원 안의 비밀 시설로 몸을 숨긴다. 한편, 니야와 쟌, 로이드는 금지된 스핀짓주 두루마리가 두 개라는 걸 전해듣고, 탐험가 클러치 파워스를 찾아가서 두 번째 두루마리의 행방을 묻는다.

마스터 우와 콜, 제이, 카이가 사원에 갇혀 있는 동안, 로이드와 니야, 쟌은 클러치 파워스의 조언대로 탐험가 클럽으로 두 번째 스핀짓주 두루마리를 찾으러 간다. 그러나 회원이 아니면, 두루마리를 내어줄 수 없다는 말을 듣고, 셋은 몰래 클럽에 잠입하는데…

아스피라와 부하들이 마스터 우와 닌자들이 숨어 있는 방안으로 진입한다. 픽셀이 완성된 로봇으로 아스피라와 맞서보지만, 결국 모두 아스피라에게 잡히고 만다. 그 순간, 때맞춰 도착한 로이드가 가져온 두 번째 금지된 스핀짓주 두루마리 덕분에 닌자들은 아스피라를 결박하는데 성공한다. 그러나 닌자들이 한눈을 파는 사이, 아스피라의 기습 공격에 쟌이 어디론가 사라지고 마는데...

쟌이 사라진 것을 자신의 책임으로 생각한 마스터 우는 혼자서 네버 영역으로 가서 쟌을 찾고, 여행자의 차를 마시고 다시 돌아오겠다고 한다. 로이드와 닌자들은 마스터 우 혼자보다는 자신들이 가는 게 쟌을 찾을 확률이 크다며, 여행자의 차를 몰래 훔쳐 네버 영역으로 출발한다. 그러나 사실은 여행자의 차에는 네버 영역에서 돌아올 게 만드는 힘이 없다는데...

로이드와 닌자들은 네버 영역으로 떨어지고, 그 와중에 콜은 여행자의 차를 잃어버린다. 얼음의 산속에서 늑대들에게 쫓기던 닌자들은 위대한 호숫가 부족들 덕분에 위기를 모면하고, 쟌이 있는 곳을 알아낸다. 한편, 얼음의 황제를 모시는 벡스 장군은 신기한 능력을 이용해 닌자들이 온 것을 알아내고, 닌자들과 닌자들을 돕는 이들까지 없애려고 하는데…

닌자들이 쟌이 잡혀 있는 얼음 황제의 성으로 가려고 할 때, 얼음 낚시꾼들이 끔찍한 소식을 전해온다. 얼음 황제에게서 마을을 파괴하라는 명을 받고 블리자드 검객들이 오고 있다는 것! 닌자들은 마을에 남아서 사람들과 한번 꺼지면 다시는 붙지 않는다는 ‘장작불’을 지키기로 한다. 그리고 닌자들은 검객들과의 전투에서 승리하지만, ‘장작불’은 꺼뜨리고 만다. 카이는 이 절망적인 상황에 굴복하는 대신, 거의 남아 있지 않던 원소의 힘을 이용해 ‘장작불’을 다시 살리고, ‘불을 만드는 자’로 불리게 된다.

블리자드 검객들의 공격을 받은 후, 닌자들은 얼음 낚시꾼들의 마을을 함께 재건한다. 그러나 로이드는 랜드 바운티를 찾기 위해, 다른 닌자들과 헤어지고 혼자 길을 떠난다. 얼마 가지 않아, 로이드는 하얀 늑대가 자신을 따라오는 걸 발견한다. 산길로 접어든 로이드는 검객들과 마주치지만, 눈사태가 검객과 로이드를 덮쳐버린다. 다행히 늑대에 의해 목숨을 구한 로이드는 함께 걷기 시작하고, 부서진 랜드 바운티를 발견한다. 랜드 바운티에서 늑대와 밤을 보내던 로이드는 쟌의 로봇에서 보내오는 약한 신호를 발견한다.

닌자들이 사라졌다는 기사가 난 신문이 우연히 크립타리움 감옥 담장을 넘어간다. 그곳에 갇혀 있던 기술자, 울트라바이올렛은 탈옥을 감행하고, 그러던 중 우연히 만난 또 다른 탈옥수, ‘탈출비둘기’와 합류한다. 셋은 자신을 감옥에 넣은 닌자가 가장 최악의 닌자라며 서로 말다툼을 하지만, 탈옥에 성공하자마자 픽셀에게 붙잡히게 된다. 결국 셋은 최악의 닌자는 ‘픽셀’이라는 결론을 내린다.

로이드는 함께 동행하게 된 늑대에게 ‘레드’라는 이름을 붙여준다. 둘은 안개가 뒤덮인 얼음 산길을 가던 중, 외계 괴물인 ‘반시’의 공격을 받는다. 로이드와 레드는 반시를 피해 들어간 동굴 안에서 쟌의 로봇과 쟌이 남긴 메시지를 발견한다. 쟌이 로봇을 수리하기 위해 로봇의 오류 진단 프로그램과 자신을 연결하려 했다는 걸 안 로이드는 동굴에 남은 로봇을 고친 후, 반시와 대결한다. 그리고 쟌을 구하기 위해 얼음 황제의 성으로 다시 향한다.

여행자의 찻잎을 잃어버렸다는 죄책감에 시달리던 콜은 우연히 동네 꼬마한테서 듣게 된 전설 속의 여행자의 나무를 찾아서 혼자 위험한 여행을 떠나게 된다. 그러나 험준한 설산 꼭대기에 있다는 여행자의 나무는 무시무시한 야수가 지키고 있다는데…

정신을 차린 콜은 산속 얼음 동굴에 갇혀 있다는 사실을 깨닫는다. 전설로만 전해지던 야수, 크랙이 자신을 동굴에 가둔 거라고 오해한 콜은 탈출하기 위해 크랙과 몸싸움을 벌인다. 그러던 중, 콜은 동굴 안의 무덤을 발견한다. 사실은 크랙은 가족을 모두 잃고 혼자 동굴에서 지내고 있었던 것! 그리고 크랙은 콜을 공격한 게 아니라, 오히려 무너지던 얼음 다리 위에서 콜을 구해준 것이었다는 걸 알게 된다. 콜은 크랙과 친구가 되고, 크랙의 도움으로 여행자의 나무도 찾게 된다.

로이드는 늑대 ‘레드’와 함께 얼음의 황제가 사는 성으로 향한다. 그러나 얼음 황제가 보낸 거대한 얼음 바위 괴물, ‘베헤모스’의 공격을 받는다. 다행히 로이드와 레드는 베헤모스를 무찌르지만, 레드는 부상을 입고 만다. 로이드는 레드를 옆에서 간호하다가 잠이 드는데, 다음날 일어나보니 늑대 대신 한 소녀를 발견하게 한다. 사실 레드는 변신족인 아키타가 동물로 변해 있을 때의 모습이었다. 그러나 평범한 늑대인 줄 알고 레드에게 자신의 속 얘기를 털어놓았던 로이드는 배신감에 화를 내고 레드와 헤어지기로 하지만, 발을 다친 아키타가 마음에 걸려, 다시 돌아와 아키타를 도와준다. 아키타도 로이드에게 사과하고, 자신의 사연을 이야기하는데...

아키타는 자신의 쌍둥이 형제, 카타루와 ‘선택’의 의식을 치렀던 경험담을 로이드에게 들려준다. 쌍둥이가 선택의 의식을 하던 중, 불청객 벡스 장군의 침입을 받았다. 벡스는 변신족에게 복수를 다짐하고 다시 황무지로 사라진다. 그 후 아키타의 선택의 의식은 다시 진행되고, 며칠 간의 명상 끝에 아키타는 구름 속에서 한 늑대의 모습을 보고 따라가서 늑대를 잡는다. 그순간 아키타의 동물 형상은 늑대로 정해지고, 쌍둥이 형제 카타루는 곰으로 변신하게 된다. 동물로 변한 둘은 즐겁게 숲을 뛰어놀다가 마을로 돌아가던 중, 무시무시한 아이스 드래곤에 의해 모든 게 얼어버린 마을을 발견한다. 그리고 카타루마저 드래곤에게 쫓기다 최후를 맞는다. 복수를 맹세한 아키타는 다시 숲으로 몸을 피한다.

닌자들이 마을을 비운 사이, 혼자 남은 카이와 어부들은 아이스 드래곤의 공격을 받는다. 카이는 혼자서 드래곤에 맞서 보지만, 결국 어부 마을 사람들은 모두 얼어붙고 만다. 한편, 로이드 역시 아이스 드래곤의 공격을 받고, 아키타와 헤어져 얼음의 황제 앞으로 잡혀가게 된다.

네버 영역으로 간 닌자들이 다시 돌아올 수 있을 만큼의 여행자의 차가 없다는 사실을 알고 있는 픽셀과 마스터 우는 갖고 있는 여행자의 차로 여러 영역의 포털을 열어본다. 그러던 중, 죽은 자들의 영역에서 파멸의 지배자를 소환하고 만다. 닌자고에 들어온 파멸의 지배자는 시민들을 공격하고, 픽셀은 목숨을 걸고 사무라이 X가 되어 시민들을 지킨다.

쟌이 얼음 황제가 된 이야기. 과거 변신족의 마을을 떠난 벡스는 그림팩스에게 자신을 책사로 써달라고 부탁하지만 매몰차게 거절당한다. 혼자 떠돌던 벡스는 우연히 쟌이 하늘에서 떨어지는 걸 보고, 재부팅하던 쟌을 방해해 모든 기억을 잃게 만든다. 벡스의 거짓말에 자신이 얼음의 황제라고 생각하게 된 쟌은 그림팩스를 왕좌에서 내쫓고 스스로 얼음의 황제 자리에 오른다.

로이드는 얼음의 황제가 쟌이라는 사실에 충격받지만, 쟌에게 과거 이야기를 하며 기억을 되살리려고 한다. 그러나 오히려 쟌의 공격에 정신을 잃고 지하감옥에 갇히고, 그곳에서 아키타의 오빠, 카타루를 만난다. 한편, 다른 닌자들은 사나운 늑대들에게 쫓기던 중, 우연히 랜드바운티를 발견하게 된다.

니야, 제이, 콜, 카이는 얼음 황제의 아이스 드래곤과 목숨을 건 결투를 벌인다. 한편, 로이드와 카타루, 그림팩스는 지하 감옥을 빠져나와서 얼음 황제를 찾아 다니다가 벡스와 마주치는데…

로이드는 얼음의 황제가 된 쟌과 아키타가 싸우는 걸 막으려고 하지만, 로이드를 기억하지 못 하는 쟌에게 오히려 공격을 당할 위기에 처한다. 그러나 쟌을 대신해 로이드를 해치려던 벡스를 보는 순간, 쟌은 자신의 존재 이유를 떠올리게 되고, 불안전하지만 예전 기억을 되찾는다. 결국 네버 영역은 예전의 모습을 되찾고 닌자들은 집으로 다시 돌아간다.