Quand Misako, Maître Wu et Clutch Powers disparaissent lors d'une expédition vers une île inconnue, les ninjas se lancent à leur recherche.

Après avoir survécu à leur voyage vers l'île, les ninjas se lient d'amitié avec un dragon et sont attaqués par des statues. Les ninjas, excepté Lloyd, sont capturés par les \"Gardiens de l'Amulette\" excepté Lloyd et leur chef leur raconte l'histoire de l'amulette de foudre.

Les "Gardiens de l'Amulette" enferment les autres ninjas sauf Jay qu'ils traitent avec beaucoup d'égards. Lloyd, lui, organise leur sauvetage.

Jay va être sacrifié par les Insulaires à Wojira, un gigantesque serpent de mer,pour l’apaiser définitivement. Pendant ce temps, les autres ninjas se libèrent et commencent à douter de la résurrection de Wojira…