Die Ninja erfahren mehr über die Zwillinge, die in Ungnade gefallenen Meister Krux und Acronix. Kaum sind die Ninja überzeugt, dass diese Gefahr für immer gebannt ist, entdecken sie einen neuen Feind in ihrer Mitte: die Vermillion. Während Wu sich von seinem letzten Kampf erholt, wollen die Ninja erfahren, wer die Krieger anführt.

Die Ninja kommen den Zwillingsbrüdern Acronix und Krux langsam auf die Schliche. Nya und die anderen Ninja versuchen, Zane zu reaktivieren und kommen dabei der Wahrheit ein ganzes Stück näher. Jetzt müssen sie nur noch Kai finden, um ihm zu helfen. Die Meister der Zeit haben inzwischen eine kleine Armee aufgestellt, unter der Führung von drei eigenwilligen Kommandanten.

Zusammen mit den drei Schlangenkommandanten stehlen die Meister der Zeit sämtliches Metall aus ganz Ninjago. Die Ninja müssen dem natürlich etwas entgegensetzen! Doch der Metallraub ist nicht die einzige Herausforderung, mit der Zane und Co. zu kämpfen haben.

Während die Ninja alles versuchen, um einen Vergnügungspark zu retten, kämpft Jay damit, das Zuhause seiner Familie vor den Vermillion zu schützen. Als plötzlich das smaragdgrüne Zeitschwert auftaucht, mit dem man die Zeit langsamer vergehen lassen kann, kommt es zu einer wilden Jagd. Die Ninja müssen unbedingt verhindern, dass die Schlangensamurai das Schwert in ihre Fänge bekommen.

Die Ninja haben es tatsächlich geschafft: Sie konnten vor den Vermillion fliehen und das smaragdgrüne Zeitschwert stehlen! Doch Acronix und Krux sind wild entschlossen, das Schwert zurückzuholen, sodass sich der Airjitzu-Tempel bald in ein Schlachtfeld verwandelt.

Mehr und mehr Geheimnisse kommen ans Licht: Nya konfrontiert den Hochstapler Samurai X, Kai geht der Wahrheit über seine Eltern nach und die anderen Ninja versuchen verzweifelt, Sensei Wu aufzuspüren und zu retten. Doch wie so oft werfen einige Antworten nur noch mehr Fragen auf.

Kai befragt seinen Vater, wieso er den Zwillingen „Die Meister der Zeit“ geholfen hat. Dabei erfährt er, dass seine Eltern in Wahrheit Gefangene von Acronix und Krux waren. Während die Ninja daran arbeiten, Wu, Cyrus Borg und die anderen Entführten zu befreien, taucht plötzlich ein drittes Zeitschwert auf ein Schwert, das die Macht hat, die Zeit vorübergehend anzuhalten.

Die Meister der Zeit wollen, dass Kai und Nya ihre Kräfte kombinieren, um das vierte und letzte Zeitschwert aus dem Meer zu holen. Mit der Kraft des Schwertes, so behaupten die Zwillinge, könnte Sensei Wu gerettet werden, dem es schlecht geht. Ninja und Cyrus Borg versuchen, die Zeitmaschine zu zerstören, bevor sie tatsächlich funktioniert, und erhalten dabei überraschend Hilfe von Samurai X.

Um Sensei Wu zu retten, reisen Kai und Nya als blinde Passagiere mit der Zeitmaschine in die Vergangenheit. Dort angekommen, müssen sie erst einmal die Elementarmeister dabei unterstützen, Krux und Acronix davon abzuhalten, die Geschichte Ninjagos neu zu schreiben. Die übrigen Ninjas sind noch in der Gegenwart und versuchen, Kais und Nyas Vater zu helfen, der einen schweren Schlag abbekam.