L'Empereur Garmadon a pris le contrôle de Ninjago City où Lloyd doit se cacher. En attendant, Cole, Jay, Kai, Zane et le jeune Wu sont naufragés dans le Royaume des Onis et des dragons et constatent qu'ils ne sont pas seuls.

Cole et le jeune Wu essaient de libérer leurs amis, qui ont été faits prisonniers par une tribu de chasseurs de dragons. Pendant ce temps, à Ninjago City, Lloyd retrouve quelques vieux amis qui vont s'allier à lui pour combattre l'Empereur Garmadon.

Lloyd doit se faire entendre et décide de s'emparer des ondes radio de Ninjago City. Pendant ce temps, dans le Premier Royaume, Iron Baron entraîne les ninjas dans une chasse aux dragons.

Tandis que Lloyd et les rebelles célèbrent leur victoire sur l'Empereur Garmadon, les ninjas tentent d'échapper aux griffes de Iron Baron et de ses chasseurs au Royaume des Onis et des dragons.

Le repaire de la résistance est pris d'assaut et Lloyd s'échappe avec Nya et Dareth. Pendant ce temps, les ninjas sont rattrapés par Heavy Metal, mais trouvent en ce chasseur un allié inattendu.

Lloyd découvre la véritable identité de Mystake et l'Empereur Garmadon désigne Harumi comme sa fille des ténèbres. Pendant ce temps, Wu reste fidèle à son intuition et entraîne ses amis sur le dangereux territoire des Onis, à la recherche du nid de Firstbourne.

Lloyd utilise Harumi, sa prisonnière, pour tenter de voler le pouvoir de Garmadon. Au même moment, les autres ninjas s'entraînent à devenir des chasseurs de dragons.

Lloyd et son équipe tentent de prendre le contrôle du Titan Oni. Pendant ce temps, les ninjas tombent entre les griffes de Iron Baron et un vieux Maître revient !

Quand Iron Baron oblige Maître Wu à retrouver l'Armure du dragon pour son propre intérêt, les choses ne se déroulent pas comme prévu. À Ninjago, Lloyd ne peut en supporter davantage et espère le retour proche de ses amis.

Les ninjas reviennent enfin à Ninjago pour arrêter l'Empereur Garmadon. Celui-ci oblige Lloyd à prendre une décision qui changera Ninjago pour toujours.