SpongeBob scongela per sbaglio un ghiacciaio con all'interno una spugna cavernicola simile a SpongeBob. Ben presto il cavernicolo crea guai in città ai danni di SpongeBob, che viene arrestato per l'incredibile somiglianza. Intanto il cavernicolo semina il panico al Krusty Krab e viene circondato dalla polizia sopra il municipio. Alla fine SpongeBob scopre che il cavernicolo voleva fin dall'inizio le sue scarpe e le regala.

SpongeBob desidera di poter domare le ostriche e le attira con un Krabby Patty. Alcune ostriche diventano però ossessive di SpongeBob e continuano ad inseguirlo, causando grandi problemi al Krusty Krab. Così SpongeBob decide di seguire la rotta migratoria per non lasciare sole le ostriche. Una stagione dopo SpongeBob ritorna a Bikini Bottom.

Il malvagio Man Ray decide di affittare la casa di Squiddi come luogo di vacanza per il fine settimana, di conseguenza SpongeBob e Patrick faranno di tutto per farlo sloggiare via.

Mr. Krab deve andare via per qualche giorno e affida il Krusty Krab a Larry l'aragosta, che trasforma il ristorante in una palestra. SpongeBob decide di far assaggiare i Krabby Patty ai palestrati, mettendo a repentaglio il loro fisico. Alla fine tutto torna alla normalità.

Nello stesso giorno del compleanno di Sandy, una Luna verde trasforma tutti gli abitanti (incluso SpongeBob e Patrick) in versioni reali degli animali stessi. Sandy contatta il narratore (rivelatosi per tutta la serie un sommozzatore) per sapere di più sull'evento. Si accorge, poi, che può approfittare l'occasione per scoprire la vera routine degli animali acquatici. Dovrà, però, fare i conti con la versione naturale di Squiddi. Fortunatamente, nel momento in cui Perla sta per perdere la sua vita contro Squiddi, la Luna verde scompare di vista e tutti tornano come prima. Compare però una Luna rossa, che trasforma Sandy in un vero scoiattolo.

SpongeBob vede Patrick che dorme in piedi e, dopo aver tentato inutilmente di svegliarlo, tenta di fermarlo dalle strane e varie azioni che quest'ultimo fa, senza accorgersi di che si tratta. Infine, quando raggiunge la casa di Patrick, la stella si sveglia sbattendo il piede su un sasso.

Nella notte di Halloween, SpongeBob crede che la paura equivalga al divertimento. Così, l'Olandese Volante decide di far vedere a SpongeBob (accompagnato da Patrick) cos'è la vera paura, portandolo su una giostra spaventosa. SpongeBob però non si spaventa e il fantasma prende le anime dei suoi amici. Così, per salvare le anime degli amici, SpongeBob decide di fronteggiarlo con serietà. L'Olandese entra nel cervello della spugna per vedere la sua paura, trovando invece la sua paura più grande (un mondo tutto carino e coccoloso). Così tutto torna alla normalità.

Vengono prodotti dei Krabby Patty che fanno diventare tutti mostruosi non appena li mangiano.

Sia Mr. Krab che Plankton vengono multati e, insieme a SpongeBob, sono costretti a frequentare la scuola guida. Essendo rivali, Mr. Krab e Plankton fanno concorrenza per il resto dell'episodio fino a quando diventano vittime di un'esplosione causata dall'auto di SpongeBob. Alla fine il dottore salva i tre, col costo di usare Plankton come secondo occhio di Mr. Krab e SpongeBob come corpo del granchio.

Patrick si improvvisa esperto di escursioni per aiutare Rube a esplorare Bikini Bottom, ma le intrusioni in case e i disturbi della privacy fanno arrabbiare la popolazione. Alla fine viene rivelato che Rube non è altro che un'illusione della Tidal Zone.

SpongeBob pulisce il camino del Krusty Krab, ma, avendo le vertigini, rimane bloccato sul tetto del ristorante. Così, per non guastare il lavoro, SpongeBob costruisce e lavora sul secondo piano, rimpiazzando completamente il ristorante, che diventa una nuova casa di Squiddi. La spugna si accorge che non è robusto contro i venti e decide di costruire un Krusty Krab sul tetto. Non sapendo come scendere, SpongeBob propone a tutti di ballare e saltare più che si può e sotto il peso della clientela, il vecchio Krusty Krab, con all'interno Squiddi, viene sommerso e tutti possono uscire senza problemi, eccetto Squiddi che è stato sommerso dalla terra.

Mr. Krab inventa una nuova zuppa al Krusty Krab che riscuote un grandissimo successo al Krusty Krab, fino a quando degli hippy amanti del calore decidono di trasferirsi della vasca della zuppa stessa.

Squiddi è intento a buttare un Krabby Patty marcio, ma SpongeBob lo considera ancora buono, così lo mangia e gli viene la nausea. L'effetto lo porta a incontrare Soffice G. Abbraccio, un criceto grande, obeso e molto coccoloso. La mattina dopo il criceto scompare e SpongeBob riassaggia il panino, rincontrando l'animaletto. Felice del ritorno, SpongeBob lo porta dai suoi amici, ma loro non lo vedono e credono sia frutto dell'immaginazione della spugna. SpongeBob capisce che il panino marcio è un mezzo di comunicazione al criceto e decide di dare dei bocconcini del Krabby Patty scaduto a tutti i clienti e amici.

Squiddi assegna degli oggetti da trovare a SpongeBob e Patrick e, tra i vari oggetti, c'è da trovare il fratello di Squiddi. Sei mesi dopo, il duo viene adottato dalla nonna di Squiddi e ora sono considerati fratellastri di Squiddi.

Dopo aver visto una serie di detective, Squiddi decide di risolvere misteri con l'aiuto di SpongeBob. I due, nel risolvere il mistero della formula segreta scomparsa, scoprono che l'aveva presa Patrick per sbaglio e così dichiarano il caso chiuso. Patrick però la dà a Plankton, ma Mr. Krab la prende e lancia Plankton fuori dall'acqua.

A causa dell'innalzamento della temperatura della griglia, dovuta alla rotazione di un regolatore del calore da parte di un riccio di mare, SpongeBob si rimpicciolisce dal sudore e affronta una grande giornata al Krusty Krab. Deve però fare i conti con il riccio di prima. Successivamente verrà scambiato per Plankton e spedito al Chum Bucket. A sua volta verrà spedito alla finestra del Krusty Krab, venendo scambiato per un giocattolo. Alla scoperta, Mr. Krab apre un servizio di autolavaggio e, durante la pausa, Squiddi lava erroneamente i piatti con SpongeBob. Alla fine, SpongeBob si ingigantisce e distrugge il locale, tenendo in mano Mr. Krab e Squiddi. SpongeBob è felice perché ha trovato qualcosa da vestirsi e se ne va contento con il Krusty Krab.

Patrick è intenzionato a diventare un cavallo a tutti i costi.

Gary riceve un collare per animali domestici capace di tradurre i suoi versi e tutti quanto lo adorano, ad eccezione di Squiddi.

Un clown viene lasciato indietro dal proprio circo, e SpongeBob, mosso a compassione, decide di aiutarlo permettendogli di stare nella sua dimora.

SpongeBob compra una barca con il pilota automatico. Il giorno dopo, decide di andare al lavoro con la sua nuova barca, che però non ne vuole sapere di fermarsi davanti al Krusty Krab. Alla fine Patrick riesce a fermare la barca, che SpongeBob decide di trasformare in una giostra a monete.

Patrick rimane per troppo tempo in piscina e gli viene la pelle rugosa. Credendosi invecchiato, va alla casa di riposo. SpongeBob lo ritrova e lo aiuta, insieme agli altri vecchi, a tornare giovane, ma senza successo. Alla fine, vedendosi come si è ridotto, SpongeBob si crede vecchio e il vapore di quest'ultimo inumidisce la pelle di Patrick, facendolo tornare come prima.

Squiddi, stufo dei loro giochi, vieta a SpongeBob e Patrick di incontrarsi. I due amici decidono allora di creare una versione in miniatura del duo vivente per poi scambiarseli. All'inizio va tutto liscio, fin quando i due piccoletti non vengono nutriti adeguatamente, vestiti ridicolmente, torturati e accuditi come se fossero bambini. Così i piccoletti si ribellano, torturano e intrappolano SpongeBob e Patrick (in stile Gulliver). SpongeBob e Patrick scoprono come si sentono i sosia e decidono di creare delle piccole casette per i piccoletti.

SpongeBob e Patrick entrano in un Vortex di Sandy e finiscono nel nulla. Scoprono che possono disegnarci sopra e rimettono in vita Scarabocchio (apparso nell'episodio della stagione 2 Un disegno mostruoso) che, per vendicarsi, prende in ostaggio Patrick. SpongeBob lo salva e condanna Scarabocchio a volare in aria con un grande palloncino. Per risolvere il problema iniziale, SpongeBob e Patrick disegnano Sandy e un Vortex; il duo ritorna nella loro dimensione.

SpongeBob e Patrick cercano di aiutare Bubble Bass a uscire dalla cantina di sua madre.

Il giardino di Squiddi viene devastato da un coniglietto di mare che SpongeBob ingenuamente trova carino e innocente.

SpongeBob cerca di raggiungere la superficie con dei palloncini, ma viene bloccato da un'isola di spazzatura. Incontra poi il vecchio Jenkins che si crede Re Nettuno e inizia una battaglia a colpi di cianfrusaglie. Intanto la spazzatura usata dalla battaglia diventa utile alla popolazione e crede sia un dono di Nettuno. La spugna decide così di usare la spazzatura come scala, ma gli abitanti, credendo che la scala conduca a Re Nettuno, ci salgono e, sotto il peso dell'intera città, essa cade. Alla fine arriva il vero Re Nettuno e fulmina Jenkins.

SpongeBob e Squiddi fanno accidentalmente in modo che Plankton scappi via con la formula, e spetta a loro recuperarla.

SpongeBob e Squiddi devono portare la spazzatura di tutta la città e, quando prendono la spazzatura di Patrick, quest'ultimo non vuole che essa venga presa. Comincia una battaglia a colpi di spazzatura che sporcherà l'intera Bikini Bottom. A fine puntata SpongeBob, Squiddi e Mr. Krab sono costretti a prendere tutta la spazzatura lasciata in città durante la battaglia.

Una volta che la gamba di Fred guarisce, SpongeBob è intento a tenerlo lontano dai pericoli.

Patrick apre un chiosco di limonata, ma non ha successo fino a quando Squiddi non gli consiglia un particolare ingrediente segreto.

È finita la senape al Krusty Krab per i Krabby Patty, così Mr. Krab ordina a SpongeBob, Squiddi e Patrick ad andarla a prendere in una miniera.

Mr. Krab incarica Squiddi di fare da babysitter a Perla per la notte, mentre quest'ultima ha intenzione di uscire per andare ad un party per adolescenti.

Per scusarsi con la direttrice di un ufficio per aver rovesciato del cibo, SpongeBob promette di pulire l'ufficio, cosa che non importa molto alla direttrice, poiché alla sera pulisce un robot. Così, con Patrick, SpongeBob pulisce l'edificio con pessimi risultati. Arriva poi il robot pulitore che cerca di uccidere i due considerandoli spazzatura. Comincerà una battaglia che distruggerà l'intero ufficio. Alla fine SpongeBob e Patrick vanno a casa felici per aver pulito la stanza, nonostante l'edificio distrutto.

L'episodio è una parodia di Pinocchio, dove Patnocchio viene coinvolto da Plankton per prendere la ricetta segreta del Krabby Patty. Alla fine arriva il vero "grillo parlante" e Patnocchio calpesta Plankton, scambiandolo per un insetto.

La maestria di SpongeBob nel fare i Krabby Patty attira molta gente e Mr. Krab decide di trasformare il lavoro in uno spettacolo. Ma la spugna è timida e, per superarla, ricava dal sacchetto del pranzo un burattino, che però si anima e offende ironicamente la gente e addirittura SpongeBob stesso, così Squiddi lo butta fuori dal ristorante. Alla fine SpongeBob, Squiddi e Mr. Krab vedono ChefBob in TV e svengono.

SpongeBob e Sandy devono comprare gli ingredienti per fare i Krabby Patty, ma Plankton ha intenzione di seguire ogni loro passo.

SpongeBob decide di introdurre Patrick alla scoperta dell'apprendimento tramite i libri.

Plankton non attacca il Krusty Krab da tanto tempo, ciò fa insospettire Mr. Krab a tal punto da allontanare qualsiasi cliente dal ristorante. Il granchio comincia ad avere terribili allucinazioni di Plankton che mettono a dura prova la sua sanità mentale e decide così di dare dei Krabby Patty con trappola a Plankton e scopre che stavano organizzando una festa a sorpresa per lui. Krab è dunque costretto a confiscare i panini truccati agli amici, subendone gli effetti lui stesso. Alla fine Mr. Krab dà la formula con dinamite a Plankton.

La polizia confisca a Mr. Krab la formula segreta per evitare che Plankton la rubi di nuovo. Così Mr. Krab e SpongeBob si fingono poliziotti per unirsi alla polizia e recuperare la formula. Intanto Plankton e Patrick cercano un modo per evadere. Il granchio e la spugna ci riescono ma il piano viene rovinato da Plankton e Patrick. Alla fine SpongeBob, Mr. Krab, la bambina che hanno usato per unirsi alla polizia, Plankton e Patrick vengono messi in cella.

Dopo aver pulito il Krusty Krab, SpongeBob scopre che la sua piastra è scomparsa e, accompagnato da Mr. Krab, va alla ricerca dell'oggetto. Si scopre che dei bambini delinquenti avevano rubato la piastra per farci un'auto. Dunque i bambini sfidano SpongeBob e Mr. Krab a una gara tra auto dove, alla fine, nessuno dei due vincerà.

SpongeBob scopre che Patrick frequenta il Krusty Krab di notte con dei mostri che mangiano del fumo di Krabby Patty. Alla fine si scoprirà essere tutta un'allucinazione della Tidal zone, un evento che causa allucinazioni surreali.

Durante un mini tour a Bubbletown, SpongeBob rincontra l'Amico Bolla e ripara il suo scooter. Da quel momento, SpongeBob diventa riparatore di Bubbletown, ma scivola, distruggendo una scuola, venendo pertanto messo in prigione. Accorgendosi dell'assenza della spugna, Mr. Krab lo libera, col costo di distruggere l'intera città. Alla fine SpongeBob ricostruisce la città e apre il Bubbly Krab, che viene però distrutto da Mr. Krab.

SpongeBob è entusiasta perché dopo lavoro vedrà l'episodio perduto di Waterman & Supervista. Decide di registrarlo su videocassetta, ma sulla via del ritorno viene bloccato dai suoi amici, ognuno dei quali ha bisogno di un aiuto. Arrivato a casa, il videoregistratore va in panne e distrugge il salotto con i preparativi. SpongeBob vede la casa in fiamme ed entra in depressione. I suoi amici si sentono in colpa per aver reso gli sforzi di SpongeBob inutili e decidono di ringraziarlo, realizzando uno spettacolo al riguardo.

SpongeBob entra all'interno di Karen per combattere un virus che sta distruggendo il suo archivio dati.

Sandy, Karen e la signora Puff decidono di incontrarsi di notte e fanno scherzi a Mr. Krab e Plankton. Ne fanno uno anche a SpongeBob mettendo un visore VR e facendogli credere di aver ricevuto la patente di guida. Ma il carrello con dentro SpongeBob parte e sfreccia all'impazzata in città. Il trio lo ferma e, per continuare la serata, decidono di rimpicciolirsi, ma a fine puntata arrivano anche SpongeBob, Krab e Plankton.

Per vincere un concorso sulle navi in bottiglia, Mr. Krab distrugge la casa di Sandy, per costruirci una nave. Per vendicarsi della distruzione, Sandy cerca in tutti i modi di fermare l'avanzata di Krab, ma senza successo. Nel momento in cui Mr. Krab sta per essere premiato, Sandy arriva, cade, si incastra nel suo casco e viene premiata per l'originalità. Alla fine Krab è costretto a ricostruire la quercia di Sandy usando la nave del concorso.

SpongeBob e Patrick vanno a lavorare per un giorno alla fattoria del vecchio Jenkins, con grande sgomento di quest'ultimo.

Sandy è competitiva in tutto e SpongeBob e Patrick la portano al campo delle meduse. Crede che la competizione è prendere più meduse e fa impazzire per sbaglio queste ultime con del cibo per pesci. Allora cerca di metterle in gabbia, distruggendo l'ecosistema del campo e facendo capire la conseguenza distruttiva e folle della "voglia di vincere". Così lo scoiattolo libera le meduse che, ancora sotto effetto del cibo, distruggono la cupola di Sandy e catturano SpongeBob e Patrick, i quali rischiano di essere inceneriti. Vedendo SpongeBob e Patrick in pericolo, Sandy combatte e finalmente riesce a farle calmare. Alla fine, Sandy accarezza una medusa, venendo però punta da essa.

SpongeBob si incuriosisce da un filo che sbuca della camicia di Squiddi e lo tira. Il filo, tuttavia, non finisce mai.

Sandy porta SpongeBob, Perla, un'amica di Perla e Squiddi per una visita sulla Luna. Ma SpongeBob pasticcia coi comandi, facendo partire il razzo con ancorata la Luna, compromettendo in questo modo la gravità terrestre. Con l'aiuto di Babbo Natale, SpongeBob e gli altri cercano di rimettere la Luna nel posto giusto, ma senza successo. Babbo Natale dà poi a SpongeBob un gadget che spintonerebbe la Luna, ma a causa di esso la distrugge. Così SpongeBob decide di sostituirla, facendosi gonfiare con dell'acqua e a fine episodio salva Bikini Bottom, già preda dai gabbiani a causa della bassa marea.