Insieme a Patrick, SpongeBob si unisce ai Senza cervello, una società in cui è obbligatorio rinunciare al proprio cervello momentaneamente. I loro "approcci verso la civiltà" non convincono molto la spugna, che decide di diventare più stupido. Successivamente interviene Patrick, che vuole restituire il cervello, e quindi l'intelligenza, all'amico. Una volta riottenuto l'intelletto, SpongeBob incontra Sandy, che ha riparato i danni dei Senza cervello.

Patrick porta la propria sporcizia ad un nuovo estremo, giocando con la spazzatura e diventando irriconoscibile.

Plankton viene arrestato e Mr. Krabs partorisce l'idea di trasformare il Krusty Krab in una prigione. Tuttavia non è soddisfatto delle azioni dei propri dipendenti, i quali hanno reso la prigione un luogo accogliente. Krabs viene poi arrestato e rinchiuso in gabbia per aver liberato i prigionieri prima della data stabilita e perciò Plankton lo sbeffeggia lanciandogli del chum.

SpongeBob porta al Chum Bucket un acquario con dentro degli scimpanzé marini, temendo che Gary possa mangiarseli se dovesse portarli a casa. Plankton se ne accorge e decide di rimpicciolirsi per entrare nell'acquario e diventare il re degli scimpanzé, così da poter esercitare il proprio dominio su di loro.

SpongeBob fa amicizia con una piccola nuvola e tenta di proteggerla da un meteorologo che, ritenendola una minaccia, vuole aspirarla con un aspirapolvere.

SpongeBob deve fare da babysitter alle figlie della zia di Sandy: Macadamia, Nocciola e Pistacchio, le quali creeranno scompiglio al Krusty Krab, alla laguna e a casa di SpongeBob. Qui le nipotine cercheranno di uccidere Patrick e, per risolvere la situazione, la spugna fa giocare i quattro a braccio di ferro: grazie ad una irrefrenabile voglia di cibo, Patrick vincerà la sfida. Infine Sandy riesce a riportare in superficie le cuginette, attraverso un castello gonfiabile che si trasforma in un sottomarino.

SpongeBob e Patrick controllano il museo e cercano di fermare Squiddi, intento ad esporci un proprio dipinto.

SpongeBob nota di avere la sveglia rotta, a causa di cui ha dormito troppo, e chiede a Patrick di ricostruirla. In seguito a molti prodotti fallimentari e ritardi al lavoro, SpongeBob rischia di essere licenziato, perciò costruisce una macchina che, sfruttando una reazione a catena, è in grado di svolgere le mansioni al suo posto, mentre lui stesso può dormire. La macchina va però in sovraccarico, tuttavia Mr. Krabs non lo licenzia e Patrick fornisce la sveglia "riparata".

Old Man Jenkins disrupts business as usual at the Krusty Krab, but Mr. Krabs can't find a way to kick him out.

È il compleanno di SpongeBob, e Patchy il pirata tenta di andare a Bikini Bottom per fargli una sorpresa. Patrick intanto accompagna SpongeBob a visitare la superficie chiamata "SuperficieLandia" , e Sandy prepara le decorazioni per la festa, facendola iniziare senza preavviso. Tutti si uniscono alla festa, si esercitano a dire tanti auguri e distruggono la casa involontariamente. Al ritorno di SpongeBob, si scopre il regalo che voleva fare Patchy: cantare tutti insieme la sigla della serie a stile compleanno.

Sandy racconta le avventure notturne di Gary e Spot.

Per facilitare la mobilità di Gary, SpongeBob gli conferisce le sue gambe, e successivamente anche le braccia, che gli sarebbero ricresciute col tempo. Entusiasta, Gary inizia a prendersi cura del padrone, al che quest'ultimo perde l'uso dei propri arti per cui la lumaca è così costretta a sostituire SpongeBob al lavoro. Mr. Krabs va a casa di SpongeBob, scoprendo che è diventato letteralmente una lumaca, lo guarisce con un Krabby Patty e taglia braccia e gambe a Gary, riportando tutto alla normalità.

Plankton crea Plankrabs, un ibrido tra Plankton e Mr. Krabs, allo scopo di ottenere la formula segreta del Krabby Patty. La creatura prende non solo la ricetta, ma anche l'intero controllo del ristorante attraverso una semplice, ma molto rilassante, stretta di mano con Mr. Krabs. I due rivali dunque si alleano per cercare di eliminare Plankrabs, senza successo. Così i due vengono assunti al nuovo ristorante a pulire i bagni e ricominciano a litigare, distruggendo il luogo di lavoro. Alla vista del bagno distrutto, Plankrabs si divide in due e, per risolvere la situazione, Mr. Krabs porta i due Plankrabs a stringersi a vicenda, riuscendo a riprendere il controllo del Krusty Krab.

Karen e Plankton ricevono un bambino per posta.

Per zittire SpongeBob, Squiddi gli ripara i denti eliminando lo spazio tra di essi, che impediva alla spugna di produrre voce meravigliosa. Sfortunatamente, durante un concerto di SpongeBob lo spazio fra i denti si riforma, ma Squiddi lo richiude in tempo con una dentiera. Per evitare che accada di nuovo, Squiddi lo ripara con del cemento, ma la sera stessa si pente per aver reso la spugna tanto popolare da rubargli la scena e cerca di rimuovere il cemento, ma senza successo. Tuttavia sarà SpongeBob stesso a far ricomparire lo spazio scontrandosi con un sacco.

Spongebob fa la sua prima pausa per la prima volta scoprendo che Mr. Krabs possedeva una sala relax per dipendenti.

SpongeBob e Squiddi devono fare una consegna a Ramdomland, la città più stramba del mondo. Arrivati a destinazione si scopre che è passato il limite medio di una consegna, e quindi l'ordine è gratis. Verranno quindi sgridati da Mr. Krabs perché l'ordine è arrivato tardi e gratis.

SpongeBob ha il vizio di mangiarsi le unghie e lo fa anche in pubblico. È perciò costretto a farsi visitare da un dottore. Alla fine si scopre che è stato Squiddi ad averlo educato così e si scopre altresì che il dottore in questione è Hans, la mano umana (comparso in L'attacco di schiuma della 1ª stagione). SpongeBob allora morde il dottore e Squiddi, spaventato dalla scena, si mangia le unghie dei tentacoli.

Scoprendo che può mangiare gelato gratis tutti i giorni, Patrick vuole assumersi alla Goofy Goobers. Non essendo abile nel fare le cose non a modo suo, SpongeBob lo aiuta col suo lavoro e i risultati sono positivi. Quando SpongeBob lo lascia per lavorare, Patrick ricomincia a mangiare tutti i gelati e mette in ibernazione l'intero pianeta per 5 miliardi di anni col cervello gelato. Dopo quel lasso di tempo, Patrick viene licenziato e decide di unirsi agli alieni gelato.

Squiddi decide di cambiare lavoro, diventando un autista di autobus. Tutto è tranquillo fino all'arrivo di SpongeBob e Patrick, che vogliono fare un giro.

Per rubare la formula segreta del Krabby Patty, Plankton viene ucciso volontariamente da Karen (in stile tubetto di dentifricio) per diventare un fantasma. Giunto al Krusty Krab, scopre che, essendo un fantasma, non può prendere le cose, compreso la ricetta. In quell'istante arriva l'Olandese Volante che vuole aiutare Plankton a renderlo un "vero" fantasma. Dopo aver scoperto che c'era un altro problema, Plankton, inseguito dall'Olandese Volante, torna al Chum Bucket sconfitto. In quel momento scopre che si sta tenendo un suo funerale e l'Olandese ne approfitta per far arrabbiare i partecipanti di esso usando il corpo del copepode. Alla fine, Plankton torna nel suo corpo, al costo di essere calpestato dalla folla inferocita a causa dello scherzo.

Perla teme qualche scherzo di iniziazione.

Dopo aver scontato sei mesi di prigione, Dirty Bubble viene liberato con un nuovo carattere e viene assunto al Krusty Krab. Col suo lavoro però, rischia di ritornare cattivo e SpongeBob scopre che può tornare buono se lavato. Una gomma da masticare lo fa tornare irrimediabilmente cattivo e SpongeBob viene succhiato da esso. La spugna però cattura la bolla con l'acqua succhiata dal cattivo, che viene arrestato.

Per battere Mr. Krabs a braccio di ferro e rubare la ricetta segreta, Plankton dà vita alla mano del Chum Bucket, che però si ribella alla sua dittatura e distrugge la città. Perciò è costretto a collaborare con SpongeBob per fermare la mano travestendosi da essa, ma senza successo. Sarà Hans a salvare Bikini Bottom e distruggere la creatura. Alla fine Plankton sostituisce la mano distrutta con uno scarpone, che tuttavia spiaccica Plankton.

Plankton vuole disfarsi del chum scaduto, ma una nuova legge lo vieta. Grazie all'aiuto di SpongeBob lo nasconde per tutta Bikini Bottom. Plankton viene beccato, ma SpongeBob lo salva inventando la "giornata del chum". Plankton è così costretto a mangiare tutto il chum presente a Bikini Bottom.

SpongeBob e Patrick vanno a Glove World. Dopo aver sentito l'inno ufficiale del parco dei divertimenti, Patrick rompe accidentalmente il proprietario del parco (rivelandosi un robot) e, insieme a SpongeBob, viene messo nella prigione di Glove World, con grande gioia del duo. Incontrano poi dei bambini che hanno avuto la stessa fine non rispettando le regole e, grazie ad essi, SpongeBob e Patrick fuggono. Inseguiti da un bambino, il duo viene scambiato per degli scienziati e assistono a un prototipo di Sock World. Dopo la scoperta il duo si accorge che il bambino ha preso il controllo del corpo del proprietario robot e cercano di prenderlo. La testa del proprietario si accorge del "furto", insegue il "ladro", il "killer" e SpongeBob, per poi catapultarli nel prototipo di Sock World.

SpongeBob e Patrick creano uno zoo fatto di bolle ma all'improvviso Squiddi distrugge lo Zoo e gli animali realizzati con le bolle distruggono Bikini Bottom!

SpongeBob e Patrick fondano la Squarepants and Star babysitting e, tra i clienti bisognosi, c'è Mary che chiede al duo di badare a qualcuno. I due non si rendono conto del fatto che l'ospite in questione è la madre di Mary (apparsa in "I venditori di cioccolato") fino a quando SpongeBob trova un bigliettino d'auguri. Intanto la nonnina scappa di casa e comincia a fare sport estremi mentre SpongeBob e Patrick vanno a cercarla. Giunti a uno stadio di pugilato, la nonnina picchia i due come vendetta sull'equivoco e infine si addormenta.

Patrick scopre che la sua casa è in realtà il guscio di una tartaruga marina di nome Tony che ha dormito per troppo tempo.

La casa di Squiddi è infestata da "ospiti indesiderati" e Squiddi è costretto ad abitare momentaneamente in un Hotel, con grande gioia del calamaro. Tuttavia SpongeBob e Patrick vanno a trovarlo e continuano a mettere il bastone fra le ruote rovinando il relax di Squiddi. Il duo spiega a Squiddi che ogni anno l'hotel è luogo di una convention sulle meduse. Allora Squiddi si traveste da medusa e fa scappare tutti i presenti con l'elettricità.

Bubble Bass e Patrick devono salvare il giocattolo del primo caduto in una sporca palude.

SpongeBob vuole mostrare agli amici il suo nuovo trucco di magia ma alla fine Patrick, ritornato da una palude, vede lo spettacolo di magia di Spongy.

Mr. Krabs si fa male e affida il ruolo di capo a SpongeBob, il quale sconvolge il Krusty Krab e, tra le altre cose, obbliga Patrick a lavorare come cuoco. Più tardi, Patrick si licenzia perché il "capo" vuole che i panini vengano perfetti. Proprio in questo frangente, SpongeBob scopre che può creare sosia di esso tagliandosi la faccia. Dopo aver soddisfatto tutti, torna Patrick che si è ricordato di lavare il suo "posto di lavoro". Il vento farà volare tutti i sosia, tagliandoli col ventilatore e facendo scappare la clientela. Tutto ciò fa arrabbiare Mr. Krabs e alla fine obbliga SpongeBob a rimanere nel stesso ventilatore che ha bloccato la spugna per fermare la piaga.

SpongeBob e Patrick rendono mobile la casa-ananas del primo, per accompagnare Squiddi in un viaggio verso un luogo in cui nasce un rarissimo fiore musicale.