前法務大臣・瀬戸内（津川雅彦）自首の目的は、あえて自らが沢村補佐官を殺したと名乗り出ることで警察を動かそうとしたのだった。怒った朱雀官房長官（本田博太郎）は瀬戸内と通じている小野田（岸部一徳）を降格。唯一、右京（水谷豊）は事件の真相を解明しようと動いていたが、その右京にもいつ朱雀の魔の手が伸びるかわからない…。

父の地盤を継いだ若手女性議員・雛子（木村佳乃）は、朱雀官房長官（本田博太郎）の愛人で、多額の機密費を手にしていた。そんなスキャンダルを追っていた鹿手袋（西村雅彦）を刺したのは、雛子の秘書・小松原（中村方隆）の息がかかった男だった。事件が公になるのを怖れた小松原は事情聴取の前に自殺。事件は闇へと葬られることになる。 しかし、鹿手袋を刺した事件と沢村補佐官の事件に関連があるとにらんだ右京（水谷豊）は、沢村が朱雀官房長官と雛子の関係を知ったがため、自殺を装い殺害されたのでは、と推理。右京の意見に同調した薫（寺脇康文）は動機から見て沢村殺しの犯人は朱雀か雛子、と言うが朱雀には確固としたアリバイがあり、雛子が一人で沢村を殺せるとは思えない。

美和子（鈴木砂羽）が出て行き、散らかり放題となった部屋で寝ていた薫（寺脇康文）は、その美和子からの電話で起される。 「右京さん（水谷豊）が免職になっちゃったみたい」。 一気に眠気が覚めた薫は大河内監察官（神保悟志）のもとへ行き猛抗議。右京を恨んでいた朱雀官房長官は右京らに殺人犯として検挙され失脚したはずだが…。が、大河内によると、朱雀と密接な関係にあった木佐貫首席監察官（陰山泰）のいわば逆恨みで右京は免職に追い込まれたらしい。

右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は、古谷の自宅2階のトイレの壁に今回の事件と設定がそっくりなストーリー案が書かれているのを発見。偶然とは思えないと夕月（羽田美智子）、松永（岡田浩暉）に話を聞きに行く。2人を犯人とにらむ右京は、今回発見された事実をもとに2人を追い詰めようとするが、逆に夕月から松永と婚約したことを知らされる。夕月が犯人ならあえて婚約を発表するなどと疑われることなどするだろうか。夕月の不敵な挑発に右京も納得せざるを得ない。右京は改めてトイレのメモを見たかと夕月に確認すると、2階のトイレは古谷専用だったため入ったこともないという。

特命係に陣川警部補（原田龍二）が新たに配属された。はりきっているところを見ると、どうやら上司から特命係がどういう部署か知らされていないらしい。右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）から事実を知らされると…。 その夜、ヤケ酒をあおる陣川は、もともと経理担当だったが、事件捜査がしたいと密かに指名手配犯を追っていたが、その結果2度も誤認逮捕。それが原因で特命係に“島流し”にされたらしい。 翌日、何事もなかったように陣川は、アベック宝石強盗の手配書を手に登庁してきた。防犯カメラに捕えられた容疑者の女性とよく似た女が、陣川の部屋の向いのマンションに引っ越してきたという。

薫（寺脇康文）が捜査一課の伊丹（川原和久）と三浦（大谷亮介）に呼び出された。元大蔵事務次官を殺した容疑者・知念（飯田孝男）を取り調べて欲しいという。“落とし”の亀山巡査部長、と持ち上げられた薫はすっかりその気に。さっそく知念の前に座り、調書をとり始めるが、知念は事件とは無関係な身の上話を延々と始めて…。取調室にやってきた右京（水谷豊）は知念を帰すと、実は知念は自首マニアで単に話をしたいがために来ただけだという。ここで薫は自分が伊丹らにハメられたことを悟って…。

通販会社のイメージキャラクターが無断で使用されているとの訴えを受け、右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）はその通販会社へ。今井社長（尾藤イサオ）に問題のサイトを見せてもらうと、確かに著作権法違反の疑いがある。被害届など説明しようとすると、秘書の野呂（徳井優）がやってきて、先代の前田社長（渡辺哲）を誘拐した、という電話が入ったという。 自分たちがいるのだから、と電話をスピーカーに切り替え、右京らも犯人の声を聞くことに。するとボイスチェンジャーで変えられた声が響いてきた。

右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は、小野田（岸部一徳）の個人的な依頼で急成長のITベンチャー企業で潜入捜査をすることになった。若手社長の北潟（保坂尚輝）に過激派を金銭面で援助しているという容疑が持ち上がり、公安が刑事を社員として潜入させていたが、1カ月ほど前から消息不明になってしまったという。偽名を森本（小林高鹿）というその男に一体何が起こったのか。非公式で調べて欲しいという小野田の半ば強引な依頼を断りきれず、右京は警備員として、薫は設備管理員として北潟の会社に潜入する。

ある日、右京（水谷豊）はふと立ち寄った書店で女性から広い支持を集めている女流作家・沢村映子（筒井真理子）のサイン会に巻き込まれてしまう。丁寧に説明したはずなのに、名前を右京ではなく左京と書かれてしまう。小さく溜息をついていると、映子の担当らしい編集者が何やら話している声が聞こえてくる。 「先生、今日は輝いているわねえ」。 「スポットライトが好きな人だから」。 輝いている、と言った女性に対し、男性の言葉はどこかトゲがあるように聞こえたが…。 映子の夫・三原健夫（西ノ園達大）が自殺した。新聞記事を見た右京は健夫がサイン会のときにいた男性だと確認。しかも、そのサイン会で買った本「愛の果て」は恋人に自殺された女性を描いたものだ。

路上で寝ている男を注意した薫（寺脇康文）は、その男から20年前に人を殺した、と突然告白される。小見山（信太昌之）というその男は、20年前、当時高校生だった坪井里子（小林千恵）を殺害。事件は5年前に時効が成立、民事の時効も1カ月前に成立していた。その小見山がなぜ今ごろ自首したのか。右京（水谷豊）や薫に問い詰められた小見山は、誰かに狙われている、というだけで…。

捜査一課の要請を受け、薫（寺脇康文）は犯罪被害者の集いの見学へ。姉をストーカーに殺された愛（一戸奈未）が臨床心理士の堀（樋口浩二）から発言を促されるが、いまだにショックが大きく何も言えない。堀の説明によると、被害を訴えた警察からも相手にされず、殺害されたとき白昼にも関わらず誰も助けようとしなかったとか。会が終了した後、薫は堀に挨拶するが、強烈な嫌味を言われ…。

勤勉な勤務態度で近隣住民からも信頼を得ていた交番勤務の長谷川巡査（江藤潤）が、トカレフで腹部を撃たれ殉職した。事件を聞いた右京（水谷豊）は、犯人が凶器を現場に残していったことに疑問を抱く。鑑識の米沢（六角精児）よると、トカレフに指紋はなかったとのこと。犯人は手袋をしていたか、指紋を拭き取ったか…。さらに右京は引金に糸くずがついていたことを聞き、疑問を抱き…。

薫（寺脇康文）が、偶然とある健康ランドで覚せい剤取引の現場をおさえた。とはいうものの、手柄は生活安全部の角田課長（山西惇）へ。腐る薫が例によって右京（水谷豊）からイヤミ半分たしなめられていると、鑑識の米沢（六画精児）がやってきた。なにやら川から男のくせに真っ赤な口紅を塗った水死体が発見されたという。興味を抱いた右京と薫は、鑑識課で詳しい話を聞くことに。 遺体の身元は江川（近藤公園）という住所不定、無職の男。後頭部に傷はあったが、肺から淡水プランクトンが検出されたことから死因は水死で間違いないらしい。それにしてもなぜ化粧をしていたのか。遺体の内ポケットから「口紅三本、ファンデーション四箱」と書かれた紙片が発見されていたが、それを手にした右京は紙片に聖ジュリア女学院の校章の透かしがあることを発見して…。

深夜のコンサートホール。調律師の幸田（吹越満）が、舞台の上で有名ピアニストの柴（京晋佑）をチューニングハンマーで殺害した。ピアノに散った血痕を拭き取り、守衛が居眠りする守衛室を避け、エントランスから外へ出ると遺体を柴の自宅近くへと運び…。 翌朝、柴の遺体が自宅近くの崖下から発見された。別居中の妻・悦子（矢代朝子）の話によると、柴が深夜に散歩することはよくあること。事件当夜も深夜1時に柴の携帯から電話があったという。 崖からの転落死かと思われたが、珍しい凶器による傷が発見されたことから他殺と断定。捜査会議では柴が携帯電話をかけたことが話題に出るが、その携帯電話が見つからないらしい。と、そこまで話が及ぶと、右京（水谷豊）は部屋を出て…。

右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）が捜査一課の伊丹（川原和久）に呼び出された。爆弾を武器に現金輸送車を襲った犯人が2人を指名したらしい。というのも、犯人はかつて薫が面倒をみてやった栄一（マギー）。借金の取り立て屋という危ない仕事から足を洗い、彼女と結婚。北海道で幸せに暮らしているはずの彼がなぜ？ そんな疑問を抱く薫に栄一は、何者かに爆弾を身体につけられ現金輸送車を襲わなければ爆発させる、と脅されたのだという。どうやら真犯人はそんな栄一をCCDカメラで見張っているらしく下手な動きをすると爆弾が爆発しかねない。

知り合いのゲイバーのママ・ヒロコ（深沢敦）に誘われ、右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は芝居見物へ。帰り際、ヒロコは店の常連というプロデューサーの川島（市川勇）に頼み、女優のななみ（高畑淳子）の楽屋へ。サインをもらっていると、電話が入り、今回の舞台の脚本を書いた劇作家の武（中丸新将）が自室で何者かに殺されたという。

バスの中、前の席には死んだはずの浅倉（生瀬勝久）が座っている。 「俺は……殺していない。今度はちがう」。 薫（寺脇康文）にそう告げる浅倉は、そのまま立ち上がって去っていき…。 ある早朝、薫は不穏な夢で目を覚ました。殺人鬼と言われた浅倉が死んでもうすぐ1年。薫は美和子（鈴木砂羽）と墓参りへ行く約束をする。 トランク詰めの女性の遺体が発見され、容疑者として浅倉が浮上した。検察庁の検事でありながら売春婦ばかりを狙う連続殺人鬼として“平成の切り裂きジャック”と怖れられた浅倉。逮捕後、死刑が確定していたが、拘置所から脱走。その後、記憶を失いホームレスとなっていたところを逮捕されるが、当時の次長検事の指示で拘置所内で殺害されていた。

深夜、薫（寺脇康文）は、自分から美和子（鈴木砂羽）を奪っていった鹿手袋（西村雅彦）からとある公園へと呼び出される。鹿手袋は美和子に結婚を申し込んだが、美和子の心から薫を追い出すことができず悩んでいるという。 あんたの亡霊に取り憑かれている、という鹿手袋の言葉にあきれていると、2人の前の池の向こう側に全裸の女性が立っているのが目に入る。グルッと池を回って女性のもとへ駆けつけた薫だったが、なぜかそこには誰もいない。池に落ちたのだろうか？ 薫は近くに落ちていた魚の網で池を探ると、なんと髑髏（しゃれこうべ＝頭蓋骨）がひっかかって…。ということは、薫らが目にした全裸の女性は…幽霊!?