U prvoj sezoni upoznajemo se s glavnim likovima serije koji uključuju Foxa Muldera i Danu Scully (glume ih David Duchovny i Gillian Anderson) te sporednim likovima koji se pojavljuju u pojedinim epizodama - Duboko grlo, Walter Skinner i Pušač. Prva sezona postavila je temelje serije koji su se sastojali od pojedinačnih epizoda u kojima su se istraživali paranormalni i nadnaravni slučajevi (poznati pod imenom Dosjei-X), ali i od polaganog razvoja mitologije koja će kasnije postati glavnom okosnicom serije.

Iako se u početku borila za gledanost, serija je iz epizode u epizodu postajala sve popularnijom, a postotak gledanosti konstantno je bio u rastu. Kritičari i mediji općenito uglavnom su pozitivno ocijenili prvu sezonu serije. Sama sezona je od dvoje glavnih glumaca napravila velike zvijezde, a nekoliko fraza iz iste (npr. Želim vjerovati) od tada pa sve do danas postale su kulturološki fenomen.

联邦调查局特别探员史考莉被调入和另一特别探员穆德一同办理X档案。穆德因其妹萨蔓莎幼年失踪，怀疑是被外星人绑架而对研究外星人产生兴趣，政府高层害怕真相的揭露而又不敢动作过大，于是希望借史考莉的科学观点把穆德拉回主流。结果是，史考莉也陷入其中而不能自拔。本季内容除了外星人，还有不可解释的自然现象、基因突变的怪兽、古老的咒语与传说。本季结束于X档案的调查被终结。

Dva agenti z naprosto odlišných prostředí spojí své síly, aby vyřešili případy, které FBI označila jako Akta X a které se týkají paranormálních nebo nevysvětlitelných jevů. Oba jsou odhodláni odhalit skryté pravdy - jeden hledá odpovědi z jiného světa, druhý se snaží najít vědecká vysvětlení, která jsou spíše pozemská. Společně učiní objevy, které si ani jeden z nich nedokázal představit.

Two agents from vastly different backgrounds join forces to solve cases the FBI has labeled X-Files, involving paranormal or unexplained phenomena. Both are determined to uncover hidden truths — one searching for otherworldly answers, the other for more earthbound scientific explanations. Together they will make discoveries neither could have ever imagined.

Deux agents de milieux énormément différents joignent leurs forces pour résoudre des cas que le FBI a marqué des fichiers X, impliquant des phénomènes paranormaux ou inexpliqués. Chacun des deux sont déterminés pour découvrir les vérités cachées, l'un en recherchant des réponses de l'au-delà, l'autre pour des explications scientifiques plus terre à terre. Ensemble ils feront des découvertes que ni l'un ni l'autre ne pourraient avoir jamais imaginées.

Zwei Agenten mit sehr unterschiedlichem Hintergrund tun sich zusammen, um Fälle zu lösen, die das FBI als X-Akten bezeichnet und die paranormale oder unerklärliche Phänomene betreffen. Beide sind entschlossen, verborgene Wahrheiten aufzudecken - der eine auf der Suche nach jenseitigen Antworten, der andere nach eher erdgebundenen wissenschaftlichen Erklärungen. Gemeinsam werden sie Entdeckungen machen, die sich keiner von ihnen je hätte vorstellen können.

La verità è là fuori. Gli agenti dell'FBI Scully e Mulder la vanno cercando in questa fenomenale serie fantascientifica sulla loro ricerca di dare una spiegazione a ciò che è apparentemente inspiegabile. I loro strani casi includono avvistamenti Ufo, incontri alieni, rapimenti e praticamente tutto ciò che è paranormale.

アメリカ連邦捜査局に極秘に保管されている未解決事件ファイルーー人はそれをX-ファイルと呼ぶ。ダナ・スカリー捜査官はFBIのとある弱小セクション、X-ファイル課に転属を命じられた。そこで彼女が出会ったのは優秀であるが、「スプーキー(変人)」と渾名されるフォックス・モルダー捜査官であった。二人は反発しあいつつも共同してオカルティックな難事件に挑む。やがて彼らは米国政府が隠してきた極秘事項に肉迫するが、X-ファイル課は閉鎖に。スカリーとモルダーは引き離され、それぞれ異動させられてしまう。

Dwaj agenci z zupełnie różnych środowisk łączą siły, by rozwiązać sprawy, które FBI nazwało Archiwum X, dotyczące zjawisk paranormalnych i niewyjaśnionych. Obaj są zdeterminowani, by odkryć ukryte prawdy - jeden szuka odpowiedzi z innego świata, drugi szuka bardziej ziemskich, naukowych wyjaśnień. Razem dokonają odkryć, o których nikt z nich nigdy by nie pomyślał.

Fox Mulder (encargado de los Expedientes X desde 1990) es un agente especial del FBI fascinado por los sucesos paranormales y por el fenómeno ovni desde que su hermana desapareciera a los 8 años de edad. Después de estudiar psicología en Inglaterra ingresó al FBI en 1986 (habiendo terminado como el mejor de su promoción). En los Expedientes X –olvidados hasta que él da con ellos– descubre casos no resueltos de carácter grotesco: desapariciones y muertes inexplicables, avistamiento de ovnis, presencia de seres extraños... Cuenta con contactos en el Senado y con la ayuda ocasional de un trío de excéntricos expertos en informática y comunicaciones que se hacen llamar Los pistoleros solitarios.

Por otro lado, está Dana Scully, joven agente con una prometedora carrera. Es doctora forense y descarta el carácter paranormal de los Expedientes X. Es una científica y por tal condición trata de encontrar a todo, una explicación válida. Si bien puede resultar extraño que la Dra. Scully trabaje en expedientes de estas características, el hecho es que es asignada por sus superiores del FBI al departamento con el pretexto de aportar validez científica a los casos investigados por Mulder; pero el objetivo oculto es desacreditar el trabajo realizado en los Expedientes X.

Scully comienza a trabajar con Mulder en 1993. Por aquel tiempo, éste entra en contacto con un curioso informante: garganta profunda. Gracias a él, Mulder confirma sus sospechas de que existe una conspiración del Gobierno para ocultar evidencia de vida extraterrestre a la opinión pública. Los dos agentes comienzan a desatar el ovillo, a la par que se topan con casos que involucran a criaturas mutantes y actividad paranormal. Resolviendo estos casos, Dana y Fox van ganando confianza hasta llegar a tener una relación sentimental, aunque por la naturaleza de la serie se trata de un sutil amor platónico.36​ Ella empieza a creer un poco en lo inexplicable y a él no le sienta mal confrontar sus obsesiones con la dosis de ciencia de su compañera. Al poco tiempo forman ya un gran equipo.

Двоє агентів із дуже різним минулим об’єднують зусилля, щоб розкрити справи, названі ФБР «Секретними матеріалами», пов’язані з паранормальними або незрозумілими явищами. Обидва сповнені рішучості розкрити приховані істини — один шукає потойбічні відповіді, інша шукає більш земні наукові пояснення. Разом вони зроблять відкриття, про які ніхто ніколи не міг уявити.