Doggett’ın İkinci Müdür Kersh’e karşı yürüttüğü soruşturma çıkmaza girdiğinde ajanlar suyun altında kalabilen güzel bir kadınla tanışır.

Doggett, İkinci Dünya Savaşı döneminden kalma bir gemide yürütülen bilimsel deneylerle bağlantısı olan insanüstü güçlere sahip bir kadına dair gerçekleri ortaya çıkarmaya çalışır.

Ajanlar, bir akıl hastasıyla birkaç tuhaf satanist cinayet arasında bağlantı kurmaya çalışır.

Reyes, Doggett’ı ağır yaralayan katilin dünyamıza başka bir boyuttan geldiğini düşünmektedir.

Bir gencin kafatası, budalaca bir akrobasi gösterisi sırasında içine göçer. Buna sineklerin yol açtığı anlaşılır. Üstelik bu sinekler kafasını içten yemiş gibi görünmektedir.

Scully, çocuğunun bebek William’la aynı dünya dışı niteliklere sahip olduğuna inanan bir çiftle tanışır ve karanlık bir işçi Scully’yi, Mulder’la iletişime geçmeye ve onu gizlendiği yerden çıkarmaya ikna eder.

Ajan Doggett, rüşvet ve şiddet olaylarına sık rastlanan bir Meksika kasabasında, gerçek kimliğine dair hiçbir şey hatırlamaz hâlde uyanır.

Reyes, bir yüzyıl kadar önce işlenmiş, kurbanların diri diri derisinin yüzüldüğü tüyler ürpertici bir dizi cinayette bir şekilde rol oynadığını hisseder.

Kanada’da faaliyette bulunan dini bir grup Scully’nin Afrika’da keşfettiğine benzer bir uzay gemisini gün yüzüne çıkardığında bebek William’ı öldürme planı harekete geçer.

Scully umutsuzca oğlunu ararken, dini bir grubun üyeleri ise Tanrı’nın fiziksel alametini barındırdığına inandıkları bir uzay gemisine ulaşmak için hazırlık yapmaktadır.

Ajan Reyes geçirdiği araba kazasında yaralanınca kendini yaşam ve ölüm arasındaki dünyada kapana kısılmış hâlde bulur. Hayata tutunmak için tek umuduysa iki dünya arasında köprü kurabilen bir hastane çalışanıdır.

Doggett’ın 13 yıl önce hapse atılmasına yardım ettiği bir katil DNA testi sonucu aklanınca Doggett, katil tekrar saldırıya geçmeden onu umutsuzca tekrar hapse göndermeye çalışır.

Reyes nümeroloji yardımıyla birkaç kadın cinayeti arasında bağlantı kurmaya çalıştığında o ve Scully, katil olma ihtimali bulunan gizemli bir dama oyuncusuyla mahsur kalır.

İnsan bedenine sığınıyor gibi görünen tuhaf yaratıklara dair bir dosyanın merkezinde küçük bir oğlan vardır.

Yalnız Silahşörler; Morris Fletcher ve bir Süper Asker hakkındaki bir dosyada Reyes’le Doggett’ın yardımına koştuklarında Yves Adele Harlow’ın izine rastlarlar.

Ajanlar, X-Files ofisine gizlice girerken yakaladıkları korkunç yaraları olan bir adamı gözaltına alır ve Fox Mulder olduğuna inandıkları gerçek kimliğini ortaya çıkarmaya çalışır.

Suçu açığa çıkarmak konusunda gizemli içgüdülere sahip bir FBI subayı, Doggett’ın oğlunun aydınlanmamış cinayetine ışık tutar.

Bir dizi tuhaf ölümle “The Brady Bunch” televizyon dizisindeki evin birebir kopyasında yaşayan bir adam arasında bağlantı kurulduğunda ajanlar, “noktaları birleştirmeye” çalışır. Üstelik Bradylerin kendisi de bu evin bir parçasıdır.

Mulder, Knowle Rogrer’i öldürmekle suçlanarak ABD ordusu tarafından yargılanır ve onun hükûmet komplosu ve dünya dışı yaşamın varlığına dair iddialarını doğrulayan bir grup savunma tanığının ifadesini dinler. Mulder, dostlarının yardımıyla hapishane hücresinden kaçar ve hükûmet komplosuna dair gerçeğe ışık tutabilecek bir adamın peşine düştüğü bir yolc

Mulder, Mount Weaver ordu karargâhına izinsiz giriş yapmaya çalıştığında bir Süper Asker’le savaşır ve Süper Asker ölür. Mulder tutuklanır, askeri mahkemede cinayetten suçlu bulunur ve zehirli iğneyle ölüme mahkûm edilir. Ama Skinner, Doggett ve Reyes onu hapishaneden çıkarır ve Scully ile birlikte ülkeyi terk etmesini söyler. Mulder gerçeği aramaktan vazgeçmek istem