C'est un grand jour pour Michaela Quinn : quelques semaines après la naissance de sa petite fille Cathy, le docteur décide qu'il est temps pour elle de reprendre son travail dans la petite clinique de Colorado Springs.

Depuis qu'elle a repris son travail, Mike découvre qu'il est difficile de concilier sa vie professionnelle avec son rôle de mère. Quant à Sully, il doit lui aussi s'armer de patience pour retrouver l'épouse amoureuse et disponible qu'il a connue...

Un bébé meurt alors qu'il est confié aux bons soins de Mike. Les parents du nourrisson décident d'assigner le docteur Quinn en justice pour faute professionnelle...

Mike et Sully sont troublés par l'arrivée secrète d'une chanteuse de renommée internationale, Gilda Saint-Clair, qui souffre d'un mal de gorge pouvant être mortel. De son côté, Colleen Cooper, ayant des difficultés au collège, pense abandonner son rêve de devenir médecin pour devenir la dame de compagnie de Gilda.

Mike et Sully décident d'aider Teresa Morales, une jeune latino-américaine dont le mari a été lacéré par un lion des montagnes. Le docteur Mike tente de se lier d'amitié avec elle malgré l'hostilité des gens à l'égard des latino-américains...

Sully se voit offrir un nouvel emploi en tant que garde forestier au parc de Yellowstone, dans l'État du Wyoming. Mike est confrontée à un choix cruel : abandonner son métier et ses amis pour aller vivre au coeur d'un territoire sauvage et encore inexploré.

Jake et Preston se disputent la mairie de Colorado Springs et les deux hommes comptent sur l'appui du Dr Mike. Mais cette dernière est arrêtée pour avoir porté assistance à un indien blessé. Dorothy tente de faire libérer son amie.

Mike tente de réconcilier un père et son fils... Tout commence par l'arrivée surprise à Colorado Springs d'un vieux prospecteur, Luicus. Jack Slicker reconnaît son père, qui a déserté le domicile familial, il y a bien longtemps...

Le Dr Mike, Sully et Matthew acceptent de faire équipe avec le légendaire Marshall Elias Burch. Ils se lancent à la poursuite des hors-la-loi qui ont blessé Matthew au cours d'un hold-up.

Mike et les habitants de Colorado Springs se préparent aux vacances de Thanksgiving et à l'ouverture du nouvel hôtel de Preston. Mais ils ignorent l'approche d'une forte tempête qui pourrait mettre leur vie en danger.

Mike est confrontée à un problème racial : une école réservée aux enfants noirs est aménagée dans les faubourgs de Colorado Springs, mais aucun instituteur blanc n'accepte d'y enseigner. Grace et Robert tentent d'inscrire leur fils à l'école réservée aux blancs.

Plusieurs patients du docteur Quinn semblent atteints d'une maladie étrange qui les conduit immanquablement à la mort. Le docteur pense qu'un virus se propage dans son établissement..

Depuis que l'état de santé du révérend Johnson ne cesse d'empirer, Brian doute de sa foi en Dieu. Malgré le soutien moral et les soins prodigués par le Dr Quinn, le révérend, atteint de cécité, finit lui aussi par être en proie au doute.

Sully est farouchement opposé à la construction d'un barrage près de Colorado Springs. Il accepte d'accompagner un commando chargé de s'emparer d'un bateau transportant de la dynamite. Mais Sully, reconnu par des témoins, est arrêté et emprisonné.

En visite à Colorado Springs, l'oncle du Dr Quinn, Théodore, émet de sérieuses réserves quant aux capacités de sa nièce à élever une famille. Théodore, pianiste, a décelé en Brian des sensibilités musicales et souhaite l'emmener à Boston.

Le docteur Quinn s'inquiète de la tension grandissante entre Kid Cole et Ruth, et pressent un divorce. Mais elle finit par apprendre que Kid Cole est atteint d'une maladie incurable et qu'il souhaite épargner à sa femme la vision d'un homme mourant...

Colleen, reporter en herbe pour le journal de l'école, demande à Mike de lui raconter son intervention la plus mémorable. La jeune femme se replonge alors dans son passé et voit défiler les cinq années vécues à Colorado Springs, analysant ses échecs et ses succès.

Sully et Mike font face à de sérieuses difficultés financières et la question se pose de savoir comment payer le prochain loyer. Daniel Simon, le meilleur ami de Sully, arrive à Colorado Springs pour passer quelques jours de repos.

Sully s'est absenté quelques jours pour un travail, laissant Daniel seul avec le Docteur Quinn. Un huissier de justice se présente alors au domicile de Mike pour réclamer le loyer. Daniel, sans hésiter, le paye. Sully, de retour, s'aperçoit que Daniel est tombé amoureux de Mike.

Le docteur Mike est retenue en otage à son domicile par deux cambrioleurs, Brent et Houston, qui ont dévalisé les banques de la région. Sully, qui s'apprête à rentrer dans la demeure, est blessé par la balle de l'un des deux criminels. Malgré sa blessure, Sully va tenter de sauver le Dr Quinn.

Le docteur Quinn et les habitants de Colorado Springs attendent avec impatience l'arrivée du célèbre poète Walt Whitman. Mais le docteur Cook fait courir le bruit que ce dernier préfère la compagnie des hommes et la rumeur va bon train dans la petite ville.

Mike a du mal à reconnaître sa soeur Marjorie qui, depuis son enfance, s'est métamorphosée : elle est aujourd'hui une femme indépendante et libérée, qui a des idées sur tout.

Mike a toujours veillé avec soin à l'éducation de Brian. Ce dernier, avec son camarade Anthony, a formenté un « mauvais coup » qui a provoqué la colère des habitants de Colorado Spings. Mike demande à Sully de se comporter avec Brian comme s'il était son vrai père.

Sully n'hésite pas à défier le gouvernement, qui a défendu l'accès à la réserve Cheyenne, en organisant la fuite de Nuage dansant. Une action qui se solde par la mort de plusieurs soldats.

Les soldats sont à la poursuite de Sully et Nuage Dansant, dont les têtes ont été mises à prix...