L'hôpital du Sacré-Cœur accueille un nouveau médecin, la psychologue Molly Clock, sujette à des moments d'égarement. JD, que le Dr Clock appelle Johnny, entame sa dernière semaine d'internat et doit s'habituer à diagnostiquer seul ses patients quand il sera officiellement médecin. Turk et Carla, revenus de lune de miel, se rendent compte que le mariage est fait de concessions.

Molly travaille sur la résolution des conflits en milieu hospitalier et choisit le docteur Cox comme sujet d'étude. Pourvue de bonnes intentions, elle tente de réconcilier JD et Elliot, en compétition pour décrocher le poste de Chef des internes. Pendant ce temps, Cox, JD et le concierge essaient de résoudre le mystère de l'hôpital : comment extraire une ampoule du ventre d'un patient sans la briser ?

Apprendre soudain qu'ils sont toujours mariés sème la discorde entre Perry et Jordan, filant le parfait amour divorcés. Après une opération ratée, Turk perd confiance en lui. A l'inverse, JD, promu co-chef des internes, jouit pleinement de son statut de responsable. Pendant ce temps, Molly continue de distiller ses conseils psy à tout l'hôpital...

Briefant ses internes sur les risques d'erreur de prescription, JD prend soudain conscience qu'il pourrait un jour tuer un patient. Pour ne pas commettre l'erreur fatale, il évite de réaliser toute intervention délicate. Pendant ce temps, Elliot en veut terriblement à Molly. Puis, Carla culpabilise d'avoir perdu le chien empaillé de Turk et accepte l'aide du concierge pour le retrouver...

Elliot découvre que la vie de Molly est loin d'être aussi parfaite qu'on pourrait le supposer. Quant à Carla, réveillée toutes les nuits par Turk, elle tente de trouver un arrangement avec lui...

JD est sous le choc : Dan, qui vient de refaire surface, lui a annoncé que leur père était mort. Les collègues de JD sont là pour l'entourer et le soutenir, à l'exception du docteur Cox...

A peine remis de la mort de son père, JD surprend son frère Dan flirter avec Elliott. Pour briser le couple, Turk lui conseille de jouer l'homme au cœur blessé. Le docteur Kelso ne parvenant pas à soutirer illégalement des antidépresseurs au psychiatre, qui arpente les couloirs arborant un optimiste désarmant le docteur Cox à chaque passage ; l'un et l'autre s'allient pour miner le moral de Molly.

Neena Broderick, dont la réputation d'avocate requin précède le personnage autoritaire et sexy, fait pression sur JD pour que son père, hospitalisé, bénéficie des meilleurs soins. Et pendant que Turk met tout en œuvre pour éviter un patient hypocondriaque, Elliott tente de trouver une nouvelle orientation professionnelle pour Doug...

Toujours dans les couloirs du Sacré-Cœur, Neena attaque Turk pour le compte de M. Corman, patient hypocondriaque. Pour éviter d'être au centre des tensions entre Turk et l'avocate, JD essaie de rompre, mais Neena refuse. Quant à Elliot, elle cherche à prouver qu'elle a évolué professionnellement.

J.D. prend les choses en main pour retrouver un parent de son patient favori. Pendant ce temps, Elliot en a marre de ne pas être prise au sérieux. Elle découvre alors qu'elle peut obtenir ce qu'elle veut grâce à sa féminité et à l'aide de Carla et de Jordan...

Quand J.D. doit expliquer à un groupe d'étudiants en quoi consiste le métier de médecin, il choisit délibérément de laisser tomber les discours convenus et préfère leur raconter quelques-uns des meilleurs moments de sa carrière. Il met ensuite au défi les autres membres de l'équipe d'en faire autant, et chacun à son tour se met alors à raviver ses plus anciens souvenirs liés au monde médical. Pendant ce temps, Eliott est bien obligée de surmonter son malaise face aux enfants, lorsqu'elle doit sympathiser avec un petit garçon de dix ans dont le père est soigné dans le centre hospitalier.

Elliot commence à présenter J.D. comme le médecin le plus calme et le plus compétent. Pendant ce temps, une rencontre entre le concierge et Ted finit par un concours de chant a capella. Quant à Turk, il finit par prendre plus au sérieux son diabète lorsqu'il prend conscience des conséquences de sa maladie...

Un homme, blessé au cours d'une bagarre dans un bar, donne une leçon à Turk et J.D. sur la façon de vivre sa vie le plus intensément possible...

JD a le coup de foudre pour une fille rencontrée en boîte de nuit. Lorsqu'elle arrive à l'hôpital avec son petit-ami malade, JD hésite à rompre le sermon d'Hippocrate pour protéger la jeune femme d'une maladie sexuellement transmissible. Enfin, Elliot s'oppose au docteur Kelso sur le cas d'un de ses patients et le concierge exerce un chantage sur le docteur Cox...

Le soir de leur premier rendez-vous, rien ne se passe comme prévu pour Kylie et JD, finissant leur soirée en quarantaine à l'hôpital. Malgré tout, pour impressionner sa nouvelle petite-amie, JD accumule les mensonges. La même soirée, Turk apprend que Carla a eu un rendez-vous avec le docteur Cox...

Une alerte au virus diffusée dans les médias pousse de nombreuses personnes à consulter au Sacré-Cœur. En rencontrant son auteur de série préférée parmi les patients, JD laisse Elliot seule à la tâche et s'imagine sa vie à l'hôpital à travers les caméras d'une sitcom ; un monde idéal sans mauvaises nouvelles...

Alors que JD est jeté hors de l'appartement, Turk et Carla essayent de raviver la romance dans leur couple. De son côté, Cox a des raisons de croire que le fils d'un de ses amis est autiste.

J.D. se tourne vers le docteur Clock à la suite du désintérêt de Kylie. De son côté, Carla enrage de voir Turk appeler si souvent une ancienne petite amie.

Kelso tente de prouver qu'il a raison au docteur Cox, mais cela se retourne contre lui lorsqu'un patient refuse de l'écouter. Alors que J.D. et Turk font la fête, Carla tente de trouver du réconfort chez Elliot

J.D. sort Carla pour lui changer les idées, mais ils boivent trop et finissent par s'embrasser. Alors que le docteur Cox reçoit un marteau par accident, Elliot a des problèmes avec un patient qui a pris des pilules pour la forme.

Turk observe le silence face au dérapage de Carla et JD. A l'hôpital, le docteur Cox éprouve des difficultés à communiquer avec une adolescente épileptique et se résout à solliciter l'aide d'Elliott. Persécuté par le concierge, le docteur Kelso capitule et lui offre un nouvel uniforme de travail...

Entreprendre une thérapie de couple avec Carla n'est visiblement pas la solution pour Turk ; par conséquent, JD décide de déménager pour les laisser tranquille. Ce dernier prend d'ailleurs une véritable leçon d'humanité auprès d'une patiente âgée en fin de vie et de son voisin de pallier qui fait craquer Elliott...

Les sentiments d'Elliot sont partagés entre la fuite et l'engagement envers Jake avec qui elle sort. Le docteur Cox apprend à Turk comment gérer et soigner son ego ; tandis que le docteur Kelso et le concierge se disputent l'usage d'une voiturette pour se déplacer dans les couloirs de l'hôpital...

L'internat s'achève et d'importants changements se profilent pour les médecins du Sacré-Cœur. Ainsi, JD déménage pour s'installer seul dans un appartement et Elliott passe un entretien pour changer d'hôpital...