JD est maintenant médecin titulaire et goûte à ses nouvelles responsabilités en accueillant ses internes en chef sympa, mais le docteur Cox encourage ces derniers à lui désobéir. Dans un autre hôpital, Elliott tente de s'acclimater mais ne peut s'empêcher de revenir au Sacré-Cœur. Pendant ce temps, Carla essaie d'avoir un enfant avec Turk...

Persuadé de manager au mieux ses internes gagnés par la peur de la hiérarchie, JD tente en vain de démontrer l'efficacité de ses méthodes décontractées aux docteurs Cox et Kelso. Compatissante, Jordan se fait duper par Sam le drogué. Dans un autre hôpital, Carla apporte un peu de réconfort à Elliott perdue dans sa nouvelle fonction. Pour chacun, le rite de passage doit pourtant s'accomplir pour se faire accepter des autres.

En préparant son anniversaire, J.D. retrouve une liste de choses qu'il voulait faire avant ses trente ans. Il commence par s'inscrire à un triathlon. Pendant ce temps, Elliot découvre un nouvel aspect de Jake qui l'inquiète. Quant à Turk, il accepte d'opérer un patient hypnotisé plutôt qu'anesthésié dans le but d'impressionner ses supérieurs...

J.D. est chargé de présenter le docteur Kelso lors d'un dîner de Gala et tente donc de découvrir quelque chose de positif à dire à son propos. Pendant ce temps, le docteur Kelso et le docteur Cox se battent pour obtenir un traitement expérimental pour leurs patients respectifs. Quant à Carla et Turk, ils aident Elliot à récupérer son ancien travail à l'hôpital...

Paige, la sœur du docteur Cox, vient rendre visite à son neveu pour son baptême. De son côté, Turk découvre que faire un bébé n'est pas aussi excitant qu'il ne l'imaginait. Alors qu'Elliot aide Turk à comprendre Carla, J.D. et le concierge deviennent bons potes...

J.D. se méprend sur la cause de la joie d'une vieille femme, croyant qu'elle veut arrêter son traitement. De leur côté, Turk et Elliot tentent de découvrir la cause des douleurs d'un patient. Quant à Carla, elle a bien du mal à organiser la photo de groupe annuelle

Comme dans le magicien d'Oz, J.D. tente de retourner chez lui et Turk est à la recherche d'un nouveau cœur pour un patient. Pendant ce temps, Carla a peur de ne pas avoir le courage de devenir mère, tandis qu'Elliot pense qu'elle n'a pas assez de cervelle pour mener une session de questions-réponses à l'hôpital. Le concierge, quant à lui, tente de rendre la circulation dans l'hôpital plus aisée

J.D., Turk et Carla sont interrogés à propos de la mort mystérieuse d'un patient. Ce jour-là, J.D. et Turk étaient à la poursuite d'un autre patient, Elliot était traumatisée par la découverte du fait que son petit-ami était marié, et Carla embrigadait des employés de l'hôpital dans l'achat groupé de billets de loterie...

J.D. est embêté par le fait que Julie ne rit jamais. Elliot l'encourage à révéler ses sentiments à Julie, et Turk tente de résoudre le problème avec un peu de psychologie. De son côté, Carla est contrariée lorsque le concierge appelle une nouvelle infirmière «la jeune Carla sexy». Elle craint d'autant plus d'être trop âgée pour être mère...

J.D., qui n'a pas encore surmonté sa récente rupture, a une folle envie de tuer Keith, soudainement devenu l'interne parfait et donc parfaitement détestable. De plus, l'un des patients favoris de l'équipe est dans le coma. Alors que le concierge et le docteur Cox gèrent la nouvelle en allant boire au bar, Turk suggère à J.D. et à Elliot de se trouver des connaissances pour éviter les nuits solitaires...

Le docteur Kelso est furieux de découvrir qu'il y avait un «squatteur» à l'hôpital. Il ordonne au concierge de se débarrasser de l'oiseau en question, mais le concierge est si attaché à l'animal qu'il le garde en secret. De son côté, J.D., toujours plus énervé contre Keith, tente de faire renvoyer son interne, mais les choses ne se passent pas comme prévu...

J.D. et le docteur Cox passent par les cinq stades de la tristesse lorsque l'un de leurs patients préférés va de plus en plus mal. De son côté, Carla oblige Turk à venir à des soirées entre couples. Quant à Ted, il a finalement un moyen de renverser la situation et de se venger du docteur Kelso après que celui-ci l'a renversé avec sa voiture

J.D. ne supporte plus Keith, et il n'est pas le seul. Les autres internes ont appris la relation de Keith et d'Elliot et ne voient pas ça d'un très bon œil. Pendant ce temps, le docteur Cox se vante d'avoir été nommé meilleur médecin de la ville par un magazine local. Le docteur Kelso le charge donc de s'occuper du patient le plus difficile de l'hôpital pour qu'il arrête de se croire le meilleur

J.D. propose aux médecins de faire des choses spéciales pour leurs patients, mais lui-même n'est plus sûr de pouvoir se raser la tête pour une personne qui est sous chimiothérapie après avoir rencontré une femme qui aime bien ses cheveux. De leur côté, Carla et Turk tentent d'être moins stressés pour avoir de meilleures chances de devenir parents, mais leur travail les en empêche...

Turk découvre que Carla attend un bébé avant qu'elle-même ne s'en aperçoive. J.D. lui conseille d'avertir tout le personnel de l'hôpital pour faire la surprise à Carla. Mais quand il découvre que Carla veut annoncer la nouvelle elle-même, Turk doit rattraper sa gaffe...

Alors que J.D. réorganise son horaire dans le but de passer plus de temps avec Turk, celui-ci est frustré de ne plus avoir assez de temps pour lui maintenant que J.D. est toujours là. Pendant ce temps, le docteur Cox et Jordan sortent avec Elliot et Keith, tandis que Carla tente d'aider le docteur Kelso qui pleure la mort de son chien...

Dan, le frère de J.D., vient faire une visite surprise à l'hôpital, et Elliot découvre que J.D. lui a dit qu'elle l'appréciait toujours. De leur côté, Carla et Turk paniquent lorsqu'ils commencent à évoquer des noms de bébés. Quant au docteur Cox, qui a insulté le fils du docteur Kelso, il est obligé d'aider Ted dans son travail d'avocat de l'hôpital...

Turk prétend que le docteur Cox n'est pas assez cool. Or, celui-ci lui reproche exactement la même chose... Loin de leur friction, le concierge cherche son heure de gloire auprès de tout le personnel hospitalier pour montrer qu'il sert à quelque chose...

JD essaie d'inviter à déjeuner le docteur Cox, mais en vain ; celui-ci est davantage préoccupé par ses trois patients en attente de greffe. Dans le service, Elliot et Carla découvrent que Todd a menti au sujet de ses conquêtes féminines...

Le docteur Cox déprime et se met à boire suite au décès de ses trois patients greffés. Carla mobilise ses collègues pour le soutenir. Étonnamment, JD est le seul à s'y soustraire. En chirurgie, Turk a des difficultés à se faire au sentimentalisme du docteur Stone...

J.D. a l'impression que les mêmes événements arrivent encore et encore à l'hôpital. Pendant ce temps, le docteur Cox a repris le travail, mais Elliot trouve qu'il a perdu toute confiance en lui. Quant à Carla, elle ne supporte plus Turk : elle est frustrée par sa grossesse qui l'empêche de faire de nombreuses choses, tandis que Turk peut tout faire comme avant...

JD fait un drôle de pari avec une femme urologue, Kim Briggs. L'enjeu ? Un patient qui a besoin d'une intervention chirurgicale risquée... Loin de ces préoccupations Elliott songe sérieusement à se séparer de Keith mais Carla, très sensible depuis qu'elle est enceinte, refuse cette possibilité

J.D. prévoit de sortir un soir avec le docteur Kim Briggs, mais Elliot n'arrête pas de lui mettre des bâtons dans les roues. De leur côté, Perry et Jordan donnent toutes les anciennes affaires de Jack à Carla. Plus tard, quelqu'un annonce une grossesse totalement inattendue