JD ed Elliot si stanno per baciare ma, quando JD riapre gli occhi, si accorge che lei si è alzata e riflette sul fatto che sposare Keith non sia la cosa giusta. Elliot lascia il suo fidanzato. Successivamente, in preda ai sensi di colpa, torna con lui. Keith crede che le cose tra loro si siano risistemate ma Elliot, più consapevole delle sue scelte, lo lascia una seconda volta. L'inserviente presenta la sua fidanzata a JD. Questi non può fare a meno di pensare alle parole di Turk, convinto che l'amico non provi reali sentimenti per Kim e che l'unico legame che li unisce è il bambino.

Kim arriva all'ospedale con le doglie ed esprime a JD il suo amore. JD dice a Kim che spera in futuro di poter ricambiare il suo sentimento ma, in questo momento, non riesce a provare lo stesso. Kim chiede a JD se l'unico motivo per cui stanno ancora insieme è il loro bambino, e lui, non riuscendo a mentirle, dice di non riuscire a risponderle. Kim allora caccia JD dalla sala parto, dicendo che tra loro è tutto finito. La figlia del dottor Cox ha bisogno di un'iniezione: il padre però si rifiuta di fargliela in prima persona perché non vuole che in futuro la figlia possa identificarlo con un'immagine dolorosa. Arrivato in ospedale, non riesce a darsi pace perché non trova una persona che ritenga in grado di fare una buona iniezione. Turk è ossessionato da un videogame e finché non lo finirà non si sentirà in grado di pensare alla figlia. Carla decide di aiutarlo a portare a termine il gioco. All'ospedale arriva una nuova infermiera, Shirley, che assomiglia moltissimo a Laverne ma solo JD se ne accorge. JD decide di tornare in sala parto anche contro la volontà di Kim perché vuole stare vicino sia a lei che al bambino. Dopo la sua nascita, Kim ringrazia JD per essere tornato in sala parto, ma conferma che la loro relazione è finita.

Dopo la nascita del piccolo Sam, tutti dicono a JD che lui ha paura di crescere e, quando suo fratello Dan viene a fargli visita dicendogli che deve crescere, JD non vuol accettare il fatto che Dan sia diventato più maturo di lui. Dan gli regala inoltre una monovolume che JD non vuol accettare per dimostrare di non aver bisogno dell'aiuto del fratello maggiore. Nel frattempo l'inserviente decide di diventare "ispettore ambientale" dell'ospedale dopo che Ted gli ha mostrato il film Una scomoda verità ma, dopo solo 36 ore, si arrende.

L'inserviente fa notare a JD che lui usa dei soprannomi per tutto il personale dell'ospedale perché non sa quali siano i loro veri nomi. I due fanno una scommessa: se JD non imparerà i nomi di tutto il personale dovrà fare il lavoro dell'inserviente per un giorno intero, mentre se vincerà l'inserviente farà veramente il suo lavoro per un giorno intero. Carla parla in spagnolo a Izzy per paura che le sue tradizioni latine vadano perse mentre Turk si accorge di non conoscere le sue radici. La famiglia del dottor Cox va via per un breve periodo e lui si rende conto che è solo e che ha bisogno che qualcuno gli stia vicino. Arriva addirittura a sostenere di essere diventato amico di JD pur di non mostrare ad Elliot che si sente solo. JD indovina tutti i nomi delle foto del personale ma l'ultima è quella dell'inserviente e nessuno conosce il suo vero nome.

Nel giorno del compleanno di Kelso, Elliot prova in tutti i modi a scoprirne la vera età per potergli organizzare una festa, ma nessuno sa qual è. Grazie all'aiuto dell'inserviente scopre che ha 65 anni. Il presidente della commissione ricorda a Kelso che alla sua età deve lasciare il posto di primario per andare in pensione. Il dottor Cox avrà problemi con i genitori di un suo paziente di 11 anni con la leucemia al quale loro non vogliono comunicare di cosa è malato.

ll dottor Kelso iscrive il Sacro Cuore su "RateYourDoc.org" un sito nel quale i pazienti possono votare il loro dottore preferito. Il dottor Cox e Turk faranno di tutto per far perdere il primo posto a JD; Carla prova ad immaginare perché la fidanzata dell'inserviente è innamorata di lui. Nel frattempo Elliot ha in cura una paziente affetta da SLA che tenta di andare in overdose di farmaci per potersi suicidare.

Carla rivela che Turk ha un solo testicolo allora lui cerca di dimostrare la sua virilità battendo a wrestling tutti gli altri chirurghi e poi anche JD. L'inserviente crea un giornale nel quale inserisce in prima pagina la sconfitta di JD contro Turk; in seguito, per vendicarsi del dottor Cox che gli dà dello stupido, scriverà un articolo con una finta intervista nella quale il dottor Cox rivela di sentirsi solo e di aver bisogno di esser continuamente abbracciato. JD inizia a pensare a come lo vedrà il figlio in futuro e, per questo motivo, sfida di nuovo Turk. Questa volta riesce a batterlo con una gomitata e poi fugge. Fino a quando i due non trovano un compromesso ispirandosi a Rocky. Elliot si accorge che il Dr. Kelso ha bisogno del suo aiuto per evitare il pensionamento.

Per far addormentare suo figlio Jack, il dottor Cox gli racconta una giornata tipica dell'ospedale trasformata in favola, che vede protagonisti il personale del Sacro Cuore trasformato in personaggi fantastici: nel villaggio Sacro Cuore ci sono una principessa (Elliot), l'idiota del villaggio (JD), e la strega a due teste Turla (Turk e Carla). Il gruppo cerca di sconfiggere un mostro che alberga nell'anima della dama di compagnia assieme al cavaliere Parsifal Cox tentando di sfuggire al malvagio Lord Oslek che vuole rinchiuderli nelle segrete; inoltre ci sono anche un gigante (l'inserviente), un mostro gobbo (Ted), la fatina Toddy (Todd) e le ninfe della foresta (due specializzandi). Il gruppo riuscirà a sconfiggere il mostro dopo aver trovato l'Anello d'Oro.

Nella realtà ospedaliera, questa storia altro non è che la cura verso una paziente con un male inspiegabile da parte del gruppo.

Si crede quindi che la malattia sia debellata, ma alla fine Cox dice a Jordan: "Diciamo che, beh, è così che la racconto". Questo fa intuire che alla fine la paziente sia realmente morta per la malattia.

Il dottor Cox non riesce a capire di cosa sia affetto un suo paziente e JD e Turk cercano di ridurre l'autostima del dottor Cox. Carla ed Elliot fanno di tutto per convincere il presidente della commissione a non far andare in pensione Kelso. Quest'ultimo passa tutta la giornata a parlare con uno specializzando di ciò che è stato per lui il Sacro Cuore. Cox intanto affida un campione delle urine del suo paziente a J.D. che, dopo aver parlato con Turk, lo dimentica sulla ringhiera dell'ingresso. Le urine esposte al sole diventano viola. Dopo aver fatto una ricerca con Google, i due scoprono che il paziente è affetto da porfiria acuta intermittente e trovano il modo di rinfacciarlo al dottor Cox. I rappresentanti riescono a convincere la commissione a ritirare la richieste di dimissioni ma con grande sorpresa Kelso decide di concludere egualmente la sua carriera con un sorriso stampato in volto.

Il dottor Cox è il nuovo primario provvisorio del Sacro Cuore dopo che Kelso ha deciso di andarsene in pensione, ed è ora sommerso da mille problemi, ma adora il suo nuovo titolo. La figlia di Cox, Jennifer, intanto, è costretta a un'operazione allo shunt cardiaco e quindi Perry non ha il tempo di fare altro. JD e Elliot prendono un appuntamento con un vecchio paziente di Elliot che deve ricevere un rimborso da parte dell'azienda farmaceutica Plomox, nell'attesa fanno uno scherzo ad un fast food e l'impiegato viene poi rapito. Ted, grazie all'inserviente, finalmente capisce che è ora di iniziare a pensare con la propria testa. L'inserviente decide inoltre di spostare nell'ex-ufficio di Kelso la sede del suo "Club dei Cervelloni" (BrainTrust) ma il nuovo Ted comincia a dargli problemi e dopo un'insurrezione forma i "Cervelloni Bollenti" (BrainBounch) assieme al Todd e comincia una lite tra i due gruppi, JD assistendo allo scontro parla a Sammy chiedendosi cosa succederebbe se Ted e l'inserviente avessero un figlio loro e da lì nasce una sit-com nella testa di JD: i "Custodi Legali" (Legal Custodian). Turk, ancora ha problemi con il fatto di avere solo un testicolo e rischia di perdere anche l'altro a causa di una bottiglia di champagne, Carla, preoccupata dal fatto che Turk potesse rimanere per sempre senza testicoli, decide di avere un altro figlio, ma Turk non è dello stesso parere.