恋人とのドライブ中に起きた不慮の事故により、窃盗とひき逃げの罪で起訴された空条徐倫。無実を訴えたものの、恋人と弁護士に裏切られ「州立グリーン・ドルフィン・ストリート重警備刑務所」に収容される。15年の実刑に絶望する徐倫だったが、父から贈られたペンダントに触れたことにより、不思議な力が目覚めていて…

徐倫の刑務所生活が始まった。しかし、同じ監房の囚人・グェスの常軌を逸した行動によって、徐倫は窮地に追い詰められていく。グェスは徐倫のペンダントによって、不思議な力・スタンド能力が目覚めていたのだ！グェスの能力で身体を小さくされた徐倫は、自らのスタンド「ストーン・フリー」の能力でグェスに立ち向かうが…

徐倫は刑務所内で、野球帽をかぶった謎の少年と出会う。少年は徐倫に「面会人と会ってはならない」と警告する。刑務所内にいるはずのない少年の存在に違和感を覚える徐倫だったが、翌日、少年の言葉通り面会人が訪れる。その人物こそ、徐倫の父・空条承太郎だった…

数年ぶりに再会した父・承太郎から、すべてはDIOの元部下であるジョンガリ・Aによって仕組まれた事件だったと聞かされた徐倫。承太郎の話に戸惑う暇もなく、ジョンガリ・Aのスタンド「マンハッタン・トランスファー」が徐倫を襲撃する。

面会室で目を覚ました徐倫と承太郎。二人は敵のスタンドに夢を見させられながら、ゆっくりと身体を溶かされていた。どこまでが現実で、どこからが夢だったのか。承太郎のスタンド「スタープラチナ」の能力で面会室から脱出した二人に、新たな敵の影が忍び寄る。

謎のスタンド「ホワイトスネイク」の能力によって、承太郎は自身のスタンドと記憶を具現化した2枚の「DISC」を奪われ、仮死状態となってしまった。徐倫は父の命を救うため、刑務所内に戻りDISCを取り戻すことを決意する。一方そのころ、スタンド能力に目覚めたエルメェス・コステロの前に、異常な男囚・マックイイーンが現れる。

農場で二人の囚人が行方不明になった。徐倫とエルメェスは捜索チームに立候補する。徐倫たちの目的は、農場のトラクターのタイヤに隠されているホワイトスネイクのDISC。しかし捜索中、エルメェスが奇妙なことに気づく。5人いたはずの捜索チームに、なぜか6人いるのだ。チームに違和感が広がるなか、やがて看守の姿も消え…

突如湿地帯に現れ、徐倫たちに襲いかかる正体不明のスタンド。徐倫とエルメェスは本体を突き止めるため、ほかの3人の囚人たちを問い詰めるが、どこか様子がおかしい…。スタンドの正体は、ホワイトスネイクによって知性を与えられたプランクトンの集合体「フー・ファイターズ」だった。高い知性をもつ強敵に、徐倫とエルメェスが挑む。

死んだ女囚・エートロの姿を借り、徐倫たちと行動を共にすることになったF・F（フー・ファイターズ）。ある日、運動場で徐倫とF・F（フー・ファイターズ）がキャッチボールをしていると、女囚・ミラションが現れ、「100回まで続かない方に100ドル」と賭けを持ちかけてくる。徐倫たちは警戒しながらもその誘いに乗るが…

新たな敵、ラング・ラングラーのスタンド「ジャンピン・ジャック・フラッシュ」の攻撃を受け、身体が無重力状態となってしまった徐倫とウェザー・リポート。無重力はさらに真空状態を作り、二人を絶体絶命のピンチに陥れる。ウェザー・リポートの天候を操る能力で雲のスーツを作り、それを纏うことでなんとか耐えしのぐが……。

ラング・ラングラーを退けた徐倫とウェザー・リポート。しかし徐倫は目的地である中庭を目前にして、プッチ神父と遭遇してしまう。プッチ神父が黒幕だと知らない徐倫は、彼に中庭へ行かせてほしいと懇願する。仲間の存在を警戒したプッチ神父は徐倫を見逃すが、すでに新たな追手を中庭に向かわせていた。残り時間はあとわずか。徐倫はスピードワゴン財団にDISCを渡すことができるのか？

サヴェジ・ガ―デン作戦の成功以後、エルメェスの姿を見かけないことが気になった徐倫は、彼女の過去を調べ始める。どうやら、彼女はある目的を果たすため、自ら刑務所に入ってきたらしい。一方、当のエルメェスは数日来ある男を監視していた。徐倫はF・F（フー・ファイターズ）とともにエルメェスに真意を尋ねるが、取りつく島もなく追い返されてしまう。

エルメェスは姉・グロリアを殺したスポーツ・マックスに復讐をするため、スタンド『キッス』を使い、奇襲をかける。しかしマックスのスタンド『リンプ・ビズキット』の反撃を受け、防戦一方に。徐倫とF・F（フー・ファイターズ）があらわれ、エルメェスに加勢するも、リンプ・ビズキットの能力である『みえない死骸』を前に、３人は次第に追い詰められていく。

スポーツ・マックスを倒した徐倫は、騒ぎを起こしたことを理由に、『厳正懲罰隔離房』に収監されてしまう。しかし、徐倫はホワイトスネイクに関係する『骨』の行方を追うため、わざと罰を利用して懲罰房に潜入していたのだった。F・F（フー・ファイターズ）は、危険な状況に置かれている徐倫を助けに行くべく、『屋敷幽霊』にいるもう一人の男・『ナルシソ・アナスイ』に目を向けるが……

厳正懲罰隔離房で『骨』を探す徐倫。しかしスポーツ・マックスが倒され、DISCを見られたことに感づいたプッチ神父から、スタンド使いが送り込まれる。スタンド『サバイバー』の能力で闘争心を上げられた看守と囚人により、懲罰房は『ファイトクラブ』と化し、各所で戦闘が始まる。看守・ウエストウッドに襲われる徐倫だが、戦闘中に相手もスタンド使いであることに気がつくも、謎の能力を相手に防戦一方に……

ウエストウッドに辛くも勝利した徐倫。周りを見渡すと既に他の囚人同士の戦闘も終わっていた。異様な形で倒れている囚人と、勝ち残っていた数名の囚人。そのうちの一人『ケンゾー』は、ホワイトスネイクに送りこまれたスタンド使いだと自ら明かす。徐倫が戦闘態勢に入ったその時、忍び寄っていたF・F（フー・ファイターズ）がケンゾーに奇襲をかける。

プッチ神父に送り込まれたケンゾー VS F・F（フー・ファイターズ）の戦いが始まった。ケンゾーのスタンド『ドラゴンズ・ドリーム』の能力がわからず、一方的に攻撃を受けるF・F。戦うにつれ生命線の水分が、少しずつ削られていることに気が付いた徐倫は、アナスイに助けを求めるも断られてしまう。『ドラゴンズ・ドリーム』の突破口を見つけたF・Fは戦いに必要な水分の補給を試みるも……

ケンゾーを退け、『骨』をもって逃げた小男を追う徐倫たち。小男を見つけ『骨』を奪い取ろうとするも、辺りには囚人たちが倒れており、その体からは『植物』が生えていた。そして、そばに近づこうとする徐倫の顔にも……。一方、隠れてその様子をうかがっていたDアンGは、『植物』の原因は『骨』に関係しているのではないかと考えていた……

懲罰房から脱出する際に徐倫が見つけた異形の生命体、『緑色の子供』。そして、それを飲み込んだ敵スタンドらしき『ヨーヨーマッ』。一見従順な素振りを見せるヨーヨーマッと徐倫たちを乗せたボートは湿地帯を進んでいく。だが、徐倫たちが本当に恐れるべきは看守たちの追手ではなく、ヨーヨーマッの見えないスタンド攻撃だった……

スタンド『ヨーヨーマッ』を倒すために、徐倫・アナスイと別行動をし、本体のDアンGを追っていたF・F（フー・ファイターズ）。そこでDアンGを見張っていたプッチ神父を発見し、彼が『ホワイトスネイク』の本体だと知る。ホワイトスネイクの妨害を受けながらもDアンGを撃破するF・F。ヨーヨーマッが消滅すると共に、飲み込んでいた卵が割れて……

『緑の赤ん坊』の捕獲に成功した徐倫とアナスイ。一方、ホワイトスネイクとの戦闘で消滅したように見えたF・F（フー・ファイターズ）だったが、窮地に現れたウェザー・リポートの雨によって間一髪生き延びる。F・Fとウェザー・リポートは徐倫とアナスイのもとに向かい、４人は無事に合流を果たすが…

ウェザー・リポートに扮していたプッチ神父の襲撃から承太郎の記憶DISCとアナスイの命を守り、F・F（フー・ファイターズ）は消滅した。逃げたプッチ神父の野望を阻止するため、徐倫はグリーン・ドルフィン島からの脱獄を決意する。そこに『ミューミュー』と名乗る看守が、ホワイトスネイクからの伝言を持って現れて……

ミューミューのスタンド『ジェイル・ハウス・ロック』の能力で「覚えられる物事が３つまで」になってしまう徐倫。手に縫い付けた『エンポリオに会え』という文字を頼りに動き出す。だが、一方のエンポリオもミューミューのスタンド能力で窮地に陥っていた。記憶を失いながらも警備の目をかいくぐり、徐倫はエンポリオのいる隠し部屋までたどり着くが、それもまたミューミューの思惑通りであった。

プッチ神父を追ってグリーン・ドルフィン島からの脱獄に成功した徐倫たち。脱獄を知ったプッチ神父は、次の「新月」までの5日間、徐倫たちから遠ざかるため北へ向かうも、病院で起こった人質事件に巻き込まれてしまう。一方、徐倫たちに続き、脱獄に成功したアナスイ、ウェザー・リポートは何者かのスタンド攻撃を受けていることに気付く。

スタンド「自由人の狂想曲(ボヘミアン・ラプソディー)」の攻撃を受け体と心が分離してしまったアナスイは、自らの肉体を取り戻すべく、ウェザー・リポートとは別行動をとる。だが、ウェザー・リポートにも「自由人の狂想曲(ボヘミアン・ラプソディー)」は襲い掛かる。町から離れつつあるスタンド本体の位置を察知したウェザー・リポートは雨で道路を封鎖するも……

元恋人のロメオと再会した徐倫は、許しを請う彼からヘリコプターのキーを受け取り、プッチ神父が目指すケープ・カナベラルへと向かっていた。その道中、プッチ神父の存在を西の方角に感じ取る徐倫。進路を変更しようとしたその時、自分の意思とは無関係にまぶたがおりてくる奇妙な症状に襲われる。それはDIOの息子、リキエルのスタンド能力「スカイ・ハイ」の攻撃であった。

リキエルとの死闘を制した徐倫は、ウェザー・リポートがプッチ神父の実の弟という驚愕の事実を知る。その後、プッチ神父の気配を追って救急病院へとたどり着くが、そこで徐倫たちが見たものは、病室に深く掘られた巨大な穴。この中にプッチ神父が潜んでいると確信した徐倫は、それが罠であると知りつつ穴に飛び込む……

ヴェルサスのスタンド「アンダー・ワールド」の能力で、徐倫とエルメェスは墜落する飛行機の記憶の中に捕らわれていた。墜落まであと2分――刻一刻と迫る運命の時。徐倫が飛行機から飛び出して攻撃を仕掛けるも、記憶の外側にいるヴェルサスには届かない。外部からの助けを求めるため、徐倫はエンポリオへ連絡を取った。

ヴェルサスにより記憶がよみがえったウェザー・リポートは、本来の荒々しい性格も取り戻していた。そして、無意識下で発動する彼の恐ろしい能力、悪魔の虹「ヘビー・ウェザー」が現れ、巻き込まれた人間はカタツムリへと姿を変えていく。一方、徐倫たちから逃げ切ったヴェルサスは、プッチ神父の求める「天国へ行く方法」を自分のものとするため、エンポリオを探し出し、承太郎のDISCを奪うことを目論む。

1972年、生まれたばかりのエンリコ・プッチには双子の弟がいた。しかしその弟は死んだ赤ん坊とすり替えられ、兄弟は他人として別々の人生を歩むこととなる。時は流れ、神学の道に進んだ若きプッチの前に現れた、DIOと名乗る不思議な男。この奇妙な邂逅の翌年、プッチは実の弟、ウェス・ブルーマリン（ウェザー・リポート）が生きていることを知る……

「ヘビー・ウェザー」によるカタツムリ化を止めるため、ウェザー・リポートのもとへ急ぐ徐倫たち一方、ウェザー・リポートはプッチ神父によってもたらされた悲劇に決着をつけることを考えていた。プッチ神父の接近を感じ取り、警戒するウェザー・リポートとアナスイだったが、「ヘビー・ウェザー」の対処法を知るプッチ神父は思わぬところから二人に奇襲をかける。

ウェザー・リポートのスタンド能力を封じ込めたDISCを託された徐倫は、プッチ神父を追ってケープ・カナベラルへとたどり着く。スペース・シャトルの打ち上げ施設があるこのエリアは、地球上でも「引力」が弱い場所。新月まであと2日――『天国の時』を待つプッチ神父の身体には異変が起こりはじめていた……

重力に逆らいながら進む徐倫たちを急襲する「ホワイトスネイク」と「緑色の赤んぼう」が合わさったようなスタンド。それは、プッチ神父に目覚めた新しい能力「C-MOON」。触れた物が裏返る能力に、徐倫たちは苦戦を強いられる。重力の底へ落とされるアナスイを救うため窮地に飛び込んだ徐倫の前に現れたのは……

「C-MOON」の一撃必殺のパンチを受け、裏返りながら姿を消した徐倫。しかし、徐倫の気配に気づいたプッチ神父は、「ジョースターの血統」と確実に決着をつけるため消えた徐倫の後を追う。そして、プッチ神父は確かに感じ取っていた。徐倫の生存だけでなく、もう一人のジョースター、空条承太郎がまもなくここに現れることを……

承太郎、エルメェスと合流した徐倫は、ついにプッチ神父を追い詰めた。しかし、承太郎の放った銛が神父を射貫こうとするその瞬間、「天国の時」がついに訪れる。プッチ神父から漏れ出す幾つものまばゆい光線。徐倫が気が付くと、神父の姿は消え、ケープ・カナベラルを混乱に陥れた重力の逆転は元に戻っていた。

プッチ神父の能力は完成した。新たなスタンド「メイド・イン・ヘブン」による超スピードの攻撃から戦況を立て直すため、「海(オーシャン)」へ決死の移動を図る徐倫たち。アナスイが囮となり、承太郎が「スタープラチナ」で時を止め攻撃を仕掛ける。しかし、プッチ神父の行動がわずかに早く、承太郎が目にしたのは徐倫に今にも突き刺さらんとする大量のナイフ……

全てを巻き込む「時の加速」は止まらない。やがて宇宙は一巡して……目を覚ましたエンポリオがいたのはグリーン・ドルフィン・ストリート刑務所。人類は世界の終点に到着し、新しい世界を迎えた。以前の世界からの因縁を断ち切るために現れるプッチ神父。絶体絶命の窮地に陥ったエンポリオは、徐倫が授けてくれたDISCを頭へ押し込んだ……