Gates corre sul luogo dell'esplosione dopo aver scoperto che nell'ambulanza c'era Pratt, non Sam. Pratt, ferito dall'esplosione, viene portato d'urgenza al Policlinico dove lo staff del Pronto Soccorso lavora per stabilizzarlo. Alla fine, Pratt muore in seguito alla rottura della carotide. Nel frattempo, Abby ha sbagliato la diagnosi di un paziente e parla dei suoi progetti di lasciare Chicago insieme a Luka. Anspaugh fa sapere che Pratt sarebbe diventato il capo del pronto soccorso. Morris cerca di riprendersi dopo la morte di Pratt.

Un nuovo gruppo di borsisti ed il nuovo capo del Pronto Soccorso arrivano al Policlinico per il loro primo giorno di lavoro mentre un bio terrorista con una borsa piena di Ricin viene medicato per una gamba rotta.

Abby ottiene un lavoro a Boston e prova a lasciare il Policlinico senza far sapere la novità, ma lo staff le dimostra quanto mancherà a tutti. Abby dice addio e parte per Boston con Luka e suo figlio.

Insoddisfatta per l'operato dei borsisti, la Banfiled decide di iniziare un nuovo sistema. Ogni borsista avrà un mentore: Daria è assegnata a Gates, Ryan a Morris e Tracy a Brenner. Brenner dice a Tracy come vuole procedere ma lei insiste nel fare le cose a modo suo.

Sam è occupata dai suoi studi per un esame di farmacologia e Gates si sente trascurato. Un litigio a scuola finisce con un accoltellamento, con Brenner che cura la vittima e cerca di scoprire la verità nascosta dietro a questa storia. Morris ha una sorpresa per Neela. Gates resta bloccato nella tromba delle scale insieme ad un ragazzino silenzioso nella notte di Halloween.

Chaz, now a med student, begins his ER rotation. Morris takes him under his wing and shows him some risky procedures, endangering a patient and raising Banfield's ire. Neela becomes upset when Banfield questions her authority and skills in front of her intern. Gates invites Sam and Alex to move in with him and Sarah.

While out for a mind-clearing run, Banfield encounters a desperate situation and finds herself trying to rescue a young girl from drowning in a nearby lake. Painful memories of her son in mortal danger and Dr. Greene's heroic attempts to save him are triggered during the experience. Meanwhile, Gates attempts to pull some strings to help out a homeless war veteran, and the interns continue to struggle in the ER.

Sam gets frustrated with Gates when he gets obsessed with finding a homeless war hero. Neela is upset at her intern after he gets the entire surgery department into a lawsuit. A husband and wife come into the ER after someone tried to burn down their home. Brenner loses his cool with a patient and it gets physical.

As a snowstorm hits Chicago, Sam's son Alex crashes a car and ends up in critical condition in the ER. Neela gives a deposition in the malpractice suit against her. Banfield and Morris are both at a medical conference in Omaha, and when the snow cancels all flights out, they share a memorable and surprising evening.

A package for Morris from his deceased father is delivered to the ER. Sam has some anxiety over Alex being removed from the ventilator. A woman with a high-risk pregnancy worries that she will be deported. An old friend returns to celebrate the holidays.

When a drug deal goes bad, two brothers sustain serious injuries and are brought to the ER. Tensions continue between Gates and Sam, coming to a head when Tony is the last to know Alex is about to be released from the hospital. Neela has to tell a young girl with sickle cell anemia that she must have an operation, and the case leads her to consider specializing in pediatric surgery. A feisty patient takes Morris into her confidence. Banfield ponders her choices about expanding her family.

Neela has recurring dreams about trying to save a girl with sickle cell anemia. In them, she also goes to an attending interview and sees an old colleague, has conversations with Ray, welcomes Brenner back from Australia, and assists Gates and Banfield in trying to save a "dream runner" who jumped out of a window during his sleep.

Morris faces a complicated case involving a young girl hit while riding her bicycle. Gates finds it very difficult to let go of his feelings for Sam. Neela becomes quite flustered when Brenner returns from Australia.

Gates and Morris tend to an elderly man who was assaulted on the street. Sam 's sister shows up unexpectedly. Brenner and Dubenko clash while treating a mother thought to have late-stage cancer. Dr. Morgenstern returns to the ER to assist a former mentor who is seriously ill.

Un'automobile si scontra con un'ambulanza nel parcheggio del pronto soccorso. Brenner si prende cura della bambina, che era nell'auto, in attesa del padre che però l'abbandona. Gates cerca di aumentare il suo indice di gradimento fra i pazienti cercando di convincere un uomo a farsi operare. Morris va all'appuntamento con l'agente Claudia, ma invece di un'uscita romantica si ritrova a dover impersonare Super Gary a una festa di compleanno per bambini.

It's Valentine's Day. Dr. John Carter is back at the County. Brenner and Neela are getting closer. Dr. Banfield is having a hard time trying to have a baby. And Puck and mushrooms may not be a good combination.

La dottoressa Banfield va ad un incontro come primo passo verso l'adozione di un bambino. Carter torna a lavorare al pronto soccorso ma Gates non si fida della sua esperienza. Morris è impegnato con due pazienti troppo osservanti delle regole. Arriva al pronto soccorso la madre di Sam che non la riconosce. Brenner pensa che una bambina subisca abusi dalla famiglia affidataria e non si sente compreso da Neela.

A camera crew shooting footage for a documentary interviews members of the ER staff. Detective Claudia Diaz is brought in, critically injured with gunshot wounds. Neela laments the lack of communication between her and Brenner. Sam struggles to reconcile with her mother. Carter's condition worsens quite suddenly.

Un vecchio amico e mentore di Carter, Peter Benton, gli fa visita nel momento del bisogno, mentre è ricoverato in attesa di un trapianto. A Seattle Doug Ross e Carol Hathaway, nel frattempo divenuta medico, convincono una nonna, interpretata da Susan Sarandon, a consentire alla donazione degli organi del nipote. Doug, conversando con Neela, ricorda i tempi in cui era a Chicago.

Neela prova il suo valore quando si scontra con Dubenko su come procedere su due casi chirurgici. Brenner ha un momento di autoanalisi sulla sua dolorosa infanzia. Neela lascia il Policlinico per raggiungere Ray a Baton Rouge.

The ER doctors and nurses help out at Camp Del Corazon, a camp for kids who have had open-heart surgery, working alongside the camp counselor.

As Carter prepares to open a new facility for the underprivileged, some old friends/colleagues gather. Rachel Greene, Mark Greene's daughter, applies for an internship at County.