La mort de Mark affecte profondément le personnel des urgences. Romano est accidentellement amputé du bras gauche par les pales d'un hélicoptère. Abby reçoit la visite d'Eric, son frère, qui adopte un comportement étrange. Kerry annonce sa grossesse à Susan. Carter souhaite partir en mission humanitaire. La relation torturée entre Carter et Abby occupe une place centrale dans cette saison moins resserrée que les précédentes, qui se perd un peu dans le développement de nombreuses intrigues secondaires.

En la Novena temporada las aventuras amorosas de Carter en el trabajo pasan a convertirse en un problema que abarca las 24 horas del día. Las salidas por la noche de Kovac afectan su rendimiento en el trabajo. Weaver es promocionada para un trabajo fuera de E.R....pero Romano la reemplaza. No hay dudas de que Kovac y Carter deciden que ya es hora de un cambio y por eso se van a una misión a África. La historia del Hospital General es pan comido comparado con lo que les espera.