Clark salva Lana dalla tempesta, ma scopre che la sua astronave è stata scoperta. Nel frattempo Jonathan è rimasto sepolto sotto le rocce insieme al reporter che ha scoperto il segreto di Clark. Lex è preso dai sensi di colpa nei confronti di suo padre che è rimasto ceco durante la loro lite.

Clark scopre un nuovo potere: la capacità di emettere un raggio laser dagli occhi. Mentre cerca di imparare a controllarlo, riceve la notizia del matrimonio di Lex con la nuova insegnante del liceo, Desiree Atkins.

Pete trova l'astronave di Clark il quale è costretto a rivelare la sua vera identità. Il dottor Hamilton rimane contagiato da una forma di psicosi per via delle meteoriti e si scontra con Pete, contagiandolo. Nel frattempo Lana deve fare i conti con i progetti matrimoniali di sua zia che la porterebbero a trasferirsi lontano da Smallville. Lex, infine, cerca di abituarsi ai cambiamenti che suo padre sta apportando nella sua vita.

Clark scopre gli effetti di un nuovo tipo di meteorite: mentre quella solita, contenuta nei frammenti di meteorite, lo indebolisce e lo priva dei suoi poteri, i frammenti rossi alterano la sua personalità, riducendo a zero le inibizioni e la morale. Ovviamente Clark lo scopre nel modo peggiore, causando dei seri problemi finanziari alla sua famiglia e in generale comportandosi da irresponsabile. Nel frattempo il comportamento di Lionel comincia a dare sui nervi a Lex il quale decide di porre un limite ai cambiamenti che suo padre sta attuando nel castello.

Lana è perseguitata da un nuovo spasimante indesiderato, un ragazzo imprigionato nel seminterrato dai suoi genitori, che di notte evade per lasciare messaggi d'amore sulla tomba dei genitori di Lana. Nel frattempo Lionel assume Martha come sua assistente personale.

Il padre di Martha, William, arriva in città dopo molti anni di silenzio e la visita non è delle più piacevoli. Clark sta indagando insieme a Chloe su una serie di morti misteriose che rigaurdano i cittadini più anziani di Smallville. Il nuovo preside arriva al liceo e fa sentire sin da subito la sua presenza.

Ryan torna a Smallville e anche stavolta è nei guai. Clark deve salvarlo dalla Summerholt Research Facility, dove Ryan è in cura con il Dottor Garner, che in realtà sta eseguendo degli esperimenti su di lui. Nel frattempo Nell lascia Smallville, lasciando Lana a prendersi cura di se stessa, e Lex cerca di espandere e incrementare la fabbrica di fertilizzanti, ma viene ostacolato dal sindaco.

Uno studente di Smallville, Ian, ha l'abilità di creare cloni di se stesso e usa il suo potere per uscire contemporaneamente con Lana e Chloe. Lex ha uno scatto d'ira che lo porta davanti al giudice il quale lo obbliga a frequentare un corso di comportamento dove fa la conoscenza di una dottoressa che lavora all'ospedale di Smallville.

Clark fa la conoscenza di una ragazza Nativa-Americana e i due si rendono conto di essere fortemente attratti l'uno dall'altra. Kyla porta Clark a visitare le grotte sacre della sua tribù dove le pareti sono ricoperte di pittogrammi che raccontano la storia di un uomo caduto dalle stelle. Nel frattempo una creatura dalle sembianze animalesche sta attaccando gli operai della Luthor Corp e Martha e Lionel potrebbero essere le prossime vittime.

Whitney ritorna a Smallville, ansioso di riprendere la sua relazione con Lana, ma le cose non sono come sembrano. Lex comincia ad avere dei sospetti sulla dottoressa Bryce e la fa pedinare; alla fine scopre che Helen si è incontrata con Lionel a sua insaputa.

Lex assume delle persone per impiantare dei microfoni nell'ufficio di suo padre, ma la situazione gli sfugge di mano quando i tre uomini prendono Lionel e Martha in ostaggio. Clark si introduce nell'edificio e cerca un modo per salvarli senza farsi scoprire.

Lionel è colpito da un proiettile mentre si trova nella biblioteca del castello e i primi indizi identificano Jonathan come primo sospettato.

Gli studenti del liceo di Smallville si comportano in modo strano e la loro imprudenza si trasforma ben presto in una faccenda seria quando alcuni di loro sfiorano la morte. Chloe e Pete vengono "contagiati" e usano un pezzo di criptonite rossa per far "rilassare" Clark.

Lex incontra per la prima volta Lucas, il fratello che suo padre gli ha nascosto per tutta la vita. Usando Lucas a sua insaputa, Lex cerca di ottenere il controllo della compagnia del padre, ma in realtà Lucas ha ben altri piani e ben presto Lex si ritrova senza neanche più il becco di un quattrino. Chiede asilo ai Kent i quali lo ospitano volentieri, ma Jonathan decide di approfittare dell'occasione per insegnare un po' di umiltà a Lex. Alla fine sarà Jonathan stesso ad imparare qualcosa di nuovo sul giovane miliardario.

Martha respira delle spore contenenti kriptonite e cade in coma. Anche Clark insipira le spore e perde temporaneamente l'uso dei suoi poteri. Lex continua le sue ricerche su Clark all'insaputa di Helen e cerca di impossessarsi della fiala contenente il sangue di Clark.

Clark si reca a New York per incontrarsi con il Dottor Swann, uno brillante scienziato che ha un messaggio per Clark proveniente dal suo pianeta natio. Lana e Chloe litigano per via di Clark e Lana decide di andare a vivere da sola.

Uno studente a scuola afferma di essere un alieno e lo prova grazie al raggio laser che anche Clark possiede. Clark sospetta che possa essere un altro abitante di Krypton; nel frattempo Helen chiede spiegazioni a Lex in merito alla stanza segreta dove sono custoditi gli indizi che ha raccolto su Clark.

Lana viene aggredita da uno studente universitario e Clark interviene mandando il ragazzo all'ospedale.

Nel frattempo, un uomo dal passato torna pericolosamente nella vita di Helen.

Clark s'imbatte in una banda di ladri dotati di una forza sovrumana; durante le indagini, Clark trova degli indizi che collegano la banda di criminali alla LexCorp. Chloe riceve un'offerta allettante da parte di Lionel Luthor, ma prima di accettare valuta attentamente i rischi impliciti nell'essere alle dipendenze di un Luthor. Lana invece rivece la visita di Henry Small e i due cominciano a gettare le basi per costruire un rapporto.

Lana è perseguitata dal fantasma di una cara amica d'infanzia, Emily. Lo "spirito" però sembra avere degli strani legami con Lionel Luthor. Lionel inoltre, sta cercando di mettere le mani sulla caverna indiana e di intromettersi nei progetti matrimoniali di suoi figlio.

Il Dottor Walden esce finalmente dal coma, ma si è risvegliato con dei superpoteri e con l'ossessione di uccidere Clark Kent. Lionel è interessato a questo nuovo sviluppo e cerca di saperne di più. Nel frattempo Clark comincia a sentire una voce che proviene dalla navicella; Helen e Lex coninuano a organizzare il loro matrimonio.

Clark è preso dall'angoscia, cosa fare? rimanere con la sua famiglia e con Lana o smettere di combattere e compiere il suo destino di essere supremo? Lex decide di non voler più avere segreti con Helen e le confessa di aver rubato la fiala dal suo ufficio. Helen, scioccata dalla notizia, va via annullando le nozze. Jor- El continua a tormentare Clark e alla fine lo mette di fronte a un ultimatum minacciando le persone a lui care. Lex racconta a Clark quello che è successo con Helen, anche se non scende nei dettagli e gli chiede di non informare ancora nessuno dell'annullamento delle nozze. Lana si sente in colpa nei confronti di Chloe per via di Clark; lei e Clark hanno deciso di dire tutto all'amica, ma è troppo tardi, Chloe li vede baciarsi e nella rabbia del momento decide di accettare la proposta di Lionel e comincia a indagare seriamente su Clark. Helen ritorna sui suoi passi e il giorno del matrimonio si presenta all'altare, Martha e Jonathan rimangono coinvolti in un incidente causato dall'onda d'urto provocata dalla navicella. Lex e Helen convolano a nozze e partono per la luna di miele ma durante il volo Lex viene drogato e l'aereo precipita in mare.