Con Clark en la Zona Fantasma, una cárcel Kriptoniana creada por Jor-El, Clark se encuentra sin poderes. Mientras tanto, Metrópolis es un caos. Zod sigue controlando el cuerpo de Lex y mantiene a Lana cautiva. Pretende convertir a la Tierra en un planeta parecido a Krypton.

Clark trabaja duro para reparar los daños causados por Zod y desarrolla lo que él cree es su primer resfriado. Sin embargo, pronto descubre que es un nuevo poder: “la super-respiración”. Lana se muda con Lex, quien cree ser perseguido. Pronto se descubre que tenía razón al ser secuestrado.

Todavía sintiéndose culpable por la destrucción que causó mientras fue Zod, Lex organiza un baile de disfraces para recaudar fondos. Mientras tanto, Clark y Chloe persiguen a una criatura que usa cuerpos humanos como ungüento para procrear y la persecución se intensifica cuando la criatura secuestra a Jimmy.

Mientras asiste a un asunto benéfico, Lois es testigo de cómo “La Flecha Verde” roba un colgante con un diamante de Martha y se propone hallar al hombre que hay tras el traje. Clark investiga por su cuenta y averigua quién es la “Flecha Verde”.

Cuando eran adolescentes, Lex y Oliver iban al mismo colegio, donde Oliver y sus amigos acosaban a Lex y a su amigo Duncan. Para ganar su confianza, Lex se puso en contra de Duncan, que terminó tirándose de la azotea.

Lex y Oliver vuelven al colegio a una reunión de antiguos alumnos. Cuando los compañeros de Oliver van muriendo violentamente en accidentes misteriosos, todo apunta a Oliver. Mientras tanto, Clark observa unas fotos de satélite que demuestran que se crearon otros cuatro cráteres el día que escapó de la Zona Fantasma, por lo que cree que no fue el único en escapar.

Clark se preocupa cuando averigua que Raya consiguió escapar de la Zona Fantasma y que ha venido a verle a Smallville. Ambos se sienten unidos y Raya le enseña cómo restaurar el poder en la Fortaleza de la Soledad, sin embargo Baern, un asesino que escapó de la Zona Fantasma, quiere vengarse por su encarcelamiento.

Clark descubre que la Flecha Verde resultó herida mientras intentaba salvar a una pareja, pero Oliver niega que le dispararan. Sin embargo, cuando empieza a comportarse de forma extraña, Clark y Chloe investigan y descubren que está tomando una super droga que hace que su cuerpo se cure a sí mismo, pero con efectos secundarios muy graves.

Mientras tanto, Lana descubre algo impactante que cambia su relación con Lex.

Clark descubre que un Zoner ha aterrizado en Seattle y que absorbe los huesos de las personas. Mientras tanto, un paciente con la habilidad de transformarse en diferentes frecuencias, escapa del laboratorio secreto de LuthorCorp y quiere vengarse de Lex, haciéndole prisionero de otro tiempo espacial, desde el que puede ver y oír a todos, pero nadie le ve.

Un inmigrante ilegal de la granja de Mc Nally le pide ayuda a Clark. Entonces descubre que su vecino mantiene secuestrados a inmigrantes para que trabajen en su campo. Viéndose a sí mismo como un inmigrante ilegal, Clark le pide ayuda a Martha para que un chico y su madre se puedan quedar en el país.

Después de que Lana le confiesa a Chloe que tiene sus dudas con respecto a casarse con Lex debido a sus sentimientos por Clark, la columnista del Daily Planet, Linda Lake, escribe una historia al respecto. Chloe investiga y averigua que tiene la habilidad de convertirse en agua para escuchar conversaciones secretas y escribir sobre ellas en su columna. Mientras tanto, Lois sospecha que Oliver es la Flecha Verde y le pide a Clark que le ayude a probarlo.

La Flecha Verde intenta conseguir refuerzos con Bart Allan, Aquaman, Flash y Ciborg vuelven a Smallville para ayudarle a echar por tierra el laboratorio secreto de LuthorCorp. Durante un asalto al laboratorio, Bart es capturado y torturado por Lex y Clark decide rescatarlo. Desgraciadamente es golpeado por un meteorito. Alarmada, Chloe acude a Oliver en busca de ayuda y se forma la “liga de la justicia” para rescatar a Bart y a Clark.

Clark es atacado y despierta en un asilo mental donde es atendido por el especialista, el Dr. Hudson, que le dice que lleva ahí desde hace cinco años debido a su elaborada fantasía de que tiene poderes extraterrestres. En este nuevo mundo, Martha está casada con Lionel Luthor, Chloe está incapacitada mentalmente y Lana elige a Clark en lugar de a Lex.

Lana le ruega que acceda a los tratamientos del Dr. Hudson para poder estar juntos, pero cuando un paciente anterior, John, le cuenta que el médico es un fantasma, tiene que matarle para volver a la realidad. Clark tiene que tomar la decisión más difícil de su vida.

Después de que Lois utilice la kriptonita roja en su lápiz de labios, se siente fuertemente atraída por Clark. Ambos se besan y ella le transfiere la kriptonita roja, por lo que el malvado Clark emerge rápidamente. Afectado por la piedra roja, Clark decide evitar la boda de Lex y Lana y secuestra a la novia.

Tras recibir una fotografía de sí misma cambiándose en su habitación, Lana se da cuenta de que alguien le está acosando. Mientras tanto, Jimmy termina su relación con Chloe porque, según él, ella no ha superado sus sentimientos hacia Clark.

Chloe encuentra a una persona afectada por la lluvia de meteoritos. El hombre, Tobías, es ciego pero puede descubrir quién tiene poderes. Chloe advierte a Clark del peligro y Lana, temerosa de que Tobías puede descubrir las habilidades de Clark, le promete un transplante de córnea. Sin embargo, no está preparada para la noticia que le dará Tobías.

Clark está preocupado porque Lana se case con Lex y Lana empieza a tener las mismas preocupaciones. El día de la boda, el doctor Langston amenaza con contarle a Lana la verdad sobre su bebé.

Clark y Chloe descubren a Titan, un Zoner y estrella de un club de lucha. Lois cree poder sacar una historia y decide investigar por su cuenta, pero es capturada y obligada a participar en la pelea contra Athena.

Cuando Lex descubre que la madre de Chloe, Moira, tiene el poder de controlar a los que han sido afectados por los meteoritos, decide desarrollar una droga para despertarla de su estado catatónico en el asilo y amenaza con matar a Chloe a menos que utilice su poder para ayudarle. Clark ayuda a Chloe a rescatar a su madre.

Cuando Jodi suelta una bomba en el laboratorio de Lex, Lionel resulta gravemente herido y Lex es secuestrado por ella. Jodi amenaza con explotar el laboratorio con Lex dentro a menos que le diga dónde se encuentra su marido. Clark decide intervenir para salvar a Lex, pero cae afectado por la kriptonita. Lex y Clark se dan cuenta de que si se quieren salvar, tendrán que ayudarse el uno al otro.

Tras una reunión secreta con Lionel, Lana es disparada en el Daily Planet por un francotirador misterioso. Jimmy es dejado inconsciente mientras estudiaba unas fotografías de los años 40 y sueña con que Lana es la mujer fatal que planeaba matar a su marido Lex, Clark trabaja como reportero en el Daily Planet y Lois es una cantante escultural de un bar, propiedad de Lionel. Mientras tanto, en el presente, Clark descubre por qué Lana se casó con Lex.

Lex ha estado intentando convertir a un militar, Wes, que supuestamente murió en Afganistán, en un super-soldado, inyectándole ADN mezclado con restos de meteoritos. Cuando un senador amenaza con contar el secreto, Lex manda a Wes para que lo mate, pero Lois es testigo del ataque y se convierte en el nuevo blanco del super-soldado. Mientras tanto, Clark intenta convencer a Lana de que abandone a Lex.