Nacque da un'idea di Fatma Ruffini e Salvatore De Pasquale, in arte Depsa. Va in onda dal 1992, seppur con interruzioni anche di due o tre anni tra un'edizione e l'altra. La trasmissione fu, sin dalla prima edizione, molto popolare, tanto che è entrato nel linguaggio comune dire, "Sei su Scherzi a parte!", nel momento in cui, una "vittima" si trova in una situazione assurda e paradossale, durante la quale non sta effettivamente accadendo nulla di serio e preoccupante. Nello schema del programma, gli autori si mettono d'accordo con alcuni complici per organizzare uno scherzo alla "vittima" prescelta. Il programma televisivo è un erede diretto del famoso show statunitense Candid Camera[1] nel quale, per attirare un pubblico maggiore, le vittime degli scherzi sono personaggi presi dal mondo dello spettacolo, del cinema, della musica, del giornalismo e della politica, tutti più o meno famosi.

La prima edizione del programma andò in onda a partire dal 9 febbraio 1992 su Italia 1, e venne condotta da Teo Teocoli e Gene Gnocchi. Dal 1993, per via del successo ottenuto, il programma venne spostato su Canale 5. Nel 1997 ritorna su Italia 1 e nell'edizione successiva, due anni dopo, nel 1999, ritorna su Canale 5, per l'undicesima edizione. Il 2 aprile 2012, dopo una pausa di ben tre anni e mezzo, venne trasmessa la dodicesima edizione, totalmente rinnovata, condotta da Luca e Paolo: la prima novità fu costituita dalla diretta. Inoltre, nel corso di ogni puntata, vennero incluse le parodie di storici giochi televisivi a quiz e a premi, e la cosiddetta Top 5 degli scherzi storici dal 1992 al 2009, andati in onda sia su Canale 5 che su Italia 1. All'interno del programma vi sono inoltre spin-off, come la parodia delle serie televisive, Ai confini della realtà (1959) e The Twilight Zone (2002/2003), intitolata Ai confini della Fico, con la vittima dello scherzo Raffaella Fico, Scherzi a parte by Night e Sexy a parte.

Dopo altri tre anni di pausa, nel 2015 il programma ritorna in onda con due sole puntate in un'edizione rivoluzionata e cambiando nome in, Le Iene presentano: Scherzi a parte. Gli scherzi, realizzati dalla redazione de Le Iene, vengono mostrati interamente durante la loro preparazione e realizzazione prima della messa in atto. Il programma cambia completamente rispetto alle passate edizioni: non presenta scherzi in studio o ballerini, ma solamente il pubblico seduto attorno a Paolo Bonolis che introduce i video degli scherzi con dei brevi monologhi comici e, successivamente, ospita le vittime degli scherzi in studio intervistandole seduti entrambi su di una panchina.

Dopo altri 3 anni di pausa, il programma torna in onda nel 2018, dal 9 al 30 novembre per 4 puntate, nuovamente con la conduzione di Paolo Bonolis.