Eureka održava komemoraciju za Holly Marten. Fargo i Zane tajno pokušavaju vratiti Hollynu "svijest" iz glavnog računala virtualne Eureke. Ali nakon što je u GD instaliran novi nadzorni sigurnosni program MO-a, to nije lako. Osobito kad se u GD-u počnu pojavljivati čudne sile, naoko povezane s Carterovim novim "moćima".

Koná se smuteční obřad na uctění památky Holly a zároveň se na její počest otevírá observatoř. Jo přijde divné, že to Fargo tak dobře zvládá. Ten totiž díky Zanovi navštěvuje Holly v matrixu. Jenže přijela speciální jednotka, která má nainstalovat nový bezpečnostní systém a odvést vše, co souvisí s Astraeus projektem. Jack se nabídne Henrymu, že bude jeho testovacím subjektem při zkoumání zeta vln.

Fargo is convinced that Holly is still inside of the Matrix computer, but the DOD is determined to wipe its hard drive clean -- losing Dr. Marten forever.

Un nouveau système de sécurité développé par le département de la Défense est installé, sous la surveillance du major William Shaw, dans le complexe de Global Dynamics. Ce dernier annonce son souhait de récupérer la matrice virtuelle. Fargo et Zane tentent alors d'extraire la conscience de Holly de la matrice d'Eureka. De son côté, Jack s'amuse de son nouveau pouvoir. Il peut, en effet, déplacer des objets par la pensée...

Major Shaw erhält den Auftrag, bei General Dynamics ein Sicherheitssystem namens PanOp zu installieren. Außerdem soll er alles beschlagnahmen, was in Zusammenhang mit der Entführung der Astraeus steht – so auch den Photonen-Plasma-Computer, in dem Holly immer noch eingeschlossen ist. Um Holly zu retten, spielt Zane den entsprechenden Teil auf eine Partition des Hauptcomputer. Doch wenig später ist die entsprechende Partition leer…

פארגו משוכנע כי הולי עדיין בתוך מחשב המטריקס, אבל משרד הבטחון נחוש למחוק את הכונן הקשיח לחלוטין - מה שיגרום לאובדנה התמידי של ד"ר מרטין.

Fargo biztos abban, hogy Holly még mindig a Mátrix számítógépben van, de a Védelmi Minisztérium továbbra is törölni akarja a merevlemezeket - örökre elveszítve ezzel Dr. Martent.

I piani romantici tra Carter e Allison si ritrovano complicati da un sottomarino e tocca a loro due salvare l'equipaggio, sempre che lei riesca a mettere in ordine il disastro causato alla Global Dynamics.

Jo organizuje w Global Dynamics pogrzeb Holly. W czasie uroczystości w siedzibie pojawia się major Shaw, który ma za zadanie skonfiskować wszystkie urządzenia z laboratorium Beverly oraz założyć w GD system bezpieczeństwa bezpośrednio połączony z Waszyngtonem. Zane i Fargo, którzy wierzą, że Holly nadal jest w systemie, chcą mu przeszkodzić. Wtajemniczają w sprawę Allison i Jo. Henry chce kontynuować badania Grace nad falami Z, które uaktywniły się w mózgach wszystkich osób podłączonych do matriksa. Shaw formatuje komputer w którym "żyje" Holly. Fargo jest zrozpaczony. Niespodziewanie w GD wszystkie urządzenia zaczynają wariować.

Глобал стоит на ушах из-за похорон доктора Холли Мартин. Кроме того, прибывают люди в военной форме и пытаются установить новую систему безопасности. Фарго пытается связать Холли с реальным миром через интерактивный проектор голограмм, но возникает системная ошибка которая может стереть Холли навсегда. Холли пытается спасти себя, зайдя в компьютеры Глобал. Подумав, что они потеряли её, она пишет сообщение с помощью лазера. Холли сохраняется в памяти компьютера Сары.

Fargo está convencido de que Holly aún se encuentra dentro del ordenador Matrix y trata de impedir que reformateen el disco duro provocando su desaparición.