Timmy si risveglia nel suo letto, e Cosmo e Wanda gli spiegano che ha sconfitto le tenebre e Jorgen gli ha cancellato la memoria. Timmy ne è molto felice, ma dopo una serie di avventure scopre che in realtà non ha affatto vinto le tenebre, anzi, ci è dentro. Cosmo, Wanda e Jorgen lo portano in salvo da tutti i suoi amici, ma il Capo Eliminatore li risucchia. Solo Cosmo, Wanda, Poof e Timmy riescono a salvarsi. All'improvviso ritorna Turbo Thunder, che decide di aiutare Timmy a trovare l'ultima bacchetta, mentre il Capo Eliminatore vuole far esplodere la Terra. Timmy e Turbo Thunder riescono a salvare il Fantamondo, quindi tornano sulla Terra per sconfiggere il Capo Eliminatore.

Confident and secure, Timmy feels great after defeating The Darkness as his world turns into a paradise for him; however, he soon discovers that it is all an illusion and that he didn't win, but is now living inside The Darkness. Now his family, his friends, and even his enemies on the outside must rescue him and help him find the third and final wand in order to defeat The Darkness once and for all.