Рэймонд Рэддингтон, беглый сотрудник американских спецслужб, ставший крупным авторитетом в преступном мире и много лет успешно скрывавшийся от правосудия, неожиданно объявляется в Вашингтоне и добровольно сдается властям. Он заключает с ними сделку: в обмен на неприкосновенность Рэддингтон обязуется снабжать ФБР сведениями о тех, кто входит в так называемый «Черный список» – самых опасных преступниках международного масштаба. Рэймонд выдвигает ряд условий, главное из которых – сотрудничать исключительно с Элизабет Кин – агентом-новичком. Его выбор крайне подозрителен, да и сама Элизабет в замешательстве, ведь они с Рэдингтоном не знакомы. Меж тем эксцентричный информатор передает Кин сведения о готовящемся теракте, который собираются осуществить Ранко Замани и «Химик».

Служебная проверка не выявляет никакой связи между Элизабет Кин и Рэддингтоном, для сотрудничества с которым сформирован специальный отдел, размещенный в засекреченном убежище в здании бывшей почты. Отделом руководит Гарольд Купер. Элизабет помогают опытный агент ФРБ Дональд Ресслер и эксперт из ЦРУ Мира Малик. Кин не в восторге от необходимости общения с Рэймондом, ведь он ведет себя странно и, похоже, знает о ней то, о чем она даже не догадывается. В частности, дает понять, что ее муж Том – не тот, за кого себя выдает. Следующей персоной из «Черного списка» становится террорист по прозвищу «Фрилансер», цель которого – активистка по борьбе с торговлей людьми.

Том, оправившийся после ранения, нанесенного Замани, возвращается домой, но Элизабет пока не решается расспросить его о тайнике, найденном в доме. От тягостных мыслей ее отвлекает операция по поимке преступника по имени Ву Джин, убивающего в Китае американских агентов под прикрытием. Рэддингтон, выторговавший накануне себе в помощники своих старых друзей Лули и Дэмбэ, вновь оказывает неоценимую помощь, но расскажет ли он правду о том, почему его выбор пал на агента Кин?

Расследуя исчезновения нескольких свидетелей, способных разоблачить главу нарко-картеля, Лиз обращается к Рэддингтону. От информации, которой он располагает, зависит жизнь человека, похищенного прямо из зала суда. Но прогноз Рэя неутешителен: скорее всего, в деле замешан «Суповар» — наемный убийца, жертвы которого исчезают бесследно. Пока агент Кин рискует жизнью, Том, чувствующий нарастающее напряжение в их семейных отношениях, пытается исправить ситуацию.

Работа в спецотделе ФБР держит Элизабет Кин в постоянном напряжении: начальство относится к ней с подозрением, коллега Ресслер неприкрыто «ревнует» к доверительному отношению со стороны Рэддингтона, а тот, в свою очередь, ведет себя галантно и заботливо, всячески подчеркивая свое особое отношение к ней. Подозрения насчет двойной жизни Тома усиливаются. В ходе нового расследования агентам спецотдела необходимо перехватить опасную посылку, которую должен доставить заказчику загадочный «Курьер», и успеть спасти жизнь молодого парня Сэта. У них есть лишь 20 часов.

Лиз вызывает Тома на откровенный разговор. Он уверяет ее, что несколько паспортов с его фотографией, крупная сумма денег и пистолет, из которого был застрелен русский шпион, являются чьей-то провокацией. В рассказах мужа о нескольких поездках обнаруживается много нестыковок. Чтобы оправдаться, Том предлагает пройти проверку в ФБР. В ходе допроса выясняется, что он подозрительным образом пересекался с террористкой Джиной Занэтакос, которая готовит взрыв «грязной бомбы». Без связей Рэддингтона вновь не обойтись.

Подозрения с Тома сняты, и супруги Кин работают над укреплением подорванных отношений. Лиз привлекают к расследованию теракта в метро: злоумышленник распылил в вагоне смертельно опасный вирус. Какие цели преследует Фрэдерик Барнс, сведения о котором также нашлись в обширной коллекции Рэддингтона? Тем временем Лули выполняет для Рэя необычный заказ.

Рэддингтон просит у Купера доступ к базе данных ФБР в обмен на консультацию по криминальной группировке под названием «Генерал Лудд», ответственной за взрыв пассажирского самолета и ряд других громких преступлений. На Лиз сваливается новое испытание: ее отец при смерти, и ей необходимо успеть повидаться с ним. Рэй навещает умирающего Сэма в больнице. В его поведении многое проясняется.

Куперу становится известно, что на жизнь Рэдингтона готовится покушение. Ресслер разыскивает информатора в Европе и срочно доставляет его в убежище. Рэй не на шутку обеспокоен: с ним хочет свести счеты Энсло Гэррик — безжалостный убийца, глава хорошо вооруженной банды наемников, которая славится умением брать штурмом самые неприступные укрытия. Несмотря на все принятые ФБР меры, Гэррик и его бойцы врываются в здание спецотдела.

«Почта» захвачена. Несколько агентов убито. Купер, Мира и Дэмбэ взяты в заложники. Рэддингтон и раненый Ресслер, укрывшиеся в пуленепробиваемой камере, оказываются в безвыходном положении: Дональд истекает кровью, а Гэррик шантажирует Рэя, угрожая убить всех его коллег, если тот не сдастся. Вызвать подкрепление могут лишь Лиз и Арам, но и их вот-вот обнаружат бойцы Энсло. Араму необходимо применить свои таланты, чтобы разблокировать систему сигнализации.

Чудом уцелевший после нападения Гэррика Рэддингтон вынужден скрываться от его высокопоставленных нанимателей, но не теряет из виду Лиз, которая начинает подозревать, что Рэй — ее настоящий отец. Его аналитические способности должны помочь ей выйти на след маньяка по прозвищу «Добрый самаритянин». Тем временем Гарольд Купер, уверенный в том, что напавшие на засекреченный объект бандиты получили информацию от одного из его коллег, начинает внутреннее расследование.

Элизабет и ее коллеги идут по следу очередного преступника из «Черного списка» по прозвищу «Алхимик», обладающего виртуозными навыками по фальсификации личности тех, кому необходимо скрыться от правосудия. Рэддингтон продолжает поставлять информацию ФБР, одновременно предпринимая собственные шаги по раскрытию лазутчика, виновного в гибели агентов и его помощницы Лули. Ресслер встречает свою старую любовь, а Том Кин знакомится на вечеринке с Джолин, которая готова помочь ему разобраться в семейных проблемах. Но новая знакомая мужа Лиз не так проста, как кажется.

Супруги Кин пребывают в предвкушении радостного события: усыновления ребенка, которое они так долго планировали. По несчастливому совпадению, следующее расследование Элизабет связано с международной организацией, которая за большие деньги находит бездетным парам в Америке младенцев для усыновления. Рэддингтон рассказывает Лиз о том, что «Кипрское агентство» забирает малышей не из детских домов, а похищает их у родителей. Спецотделу предстоит найти доказательства преступной деятельности агентства.

Том и Лиз в очередной раз пытаются наладить отношения, висящие на волоске после несостоявшегося усыновления ребенка. Старая знакомая Рэддингтона, обольстительная авантюристка Мэделин Прэтт, вовлекает его в опасную игру. На этот раз Рэю самому понадобится помощь Лиз и спецотдела. Сделка обещает быть взаимовыгодной — информатору, как обычно, есть что предложить взамен. Купер, обеспокоенный загадочным исчезновением Фаулер, подозревает худшее и намерен докопаться до истины.

В полицию поступает худой измученный человек, который брел по автотрассе в зимний день и не мог объяснить, куда хотел доехать. Неизвестный, переживший психическую  травму, оказывается заместителем прокурора, пропавшим 12 лет назад. Рэддингтон высказывает Элизабет Кин предположение о том, что несчастный провёл все эти годы в плену у «Судьи», существование которого долгое время считалось мифом. Следы ведут в центральное книгохранилище исправительных учреждений. Рэддингтон нанимает  человека для слежки за Джолин Паркер, которая тем временем встречается на учительской конференции с Томом Кином и делает ему недвусмысленные авансы.

В Японии гибнет друг Ресслера Рэймо. Дональд вместе с товарищами и своей девушкой Одри приезжает поддержать его вдову. Никто из них не верит в самоубийство Рэймо, а после гибели еще одного коллеги становится ясно, что членов группы Ресслера методично убивает японский гангстер по фамилии Танида, которого они в свое время поймали и посадили в тюрьму. Джолин больше не притворяется перед Томом и раскрывает свои истинные намерения — проконтролировать его миссию, которая заключается в слежке за Элизабет Кин и Рэем Рэддингтоном.

Мистер Каплан находит трупы Джолин и следившего за ней и Томом агента. Рэддингтон анонимно заявляет в полицию, и чете Кин наносит визит детектив. Элизабет расследует убийство инженера, работавшего над секретным военным проектом по разработке дистанционного блока управления электронными устройствами. Рэй подозревает в причастности известного в узких кругах русского хакера и вывозит его в США. С помощью Арама Лиз удается вычислить адрес, куда неоднократно наведывалась пропавшая Джолин. Рискуя быть застигнутым врасплох, Том срочно уничтожает улики.

Несколько человек становятся жертвами убийц-камикадзе. Расследуя эти дела, Элизабет и ее коллеги выясняют, что все убийцы были тяжело больны, а после их смерти члены их семей получали солидную финансовую поддержку. Убедившись, что Том ведет двойную жизнь, Лиз просит Рэддингтона рассказать ей то, что ему известно об ее муже. Она начинает собственную слежку, тщательно скрывая свои эмоции перед Томом, который тем временем решил повторно сделать ей предложение. На вечеринку по случаю обновления брачных клятв приезжает «брат» Тома, личность которого Лиз также берет себе на заметку.

Американские спецслужбы вызволяют из исправительного лагеря в Китае женщину – специалиста по вирусным инфекциям. По прибытии в Вашингтон ее перехватывает криминальная группа братьев Павлович и увозит в неизвестном направлении. Том, заметивший на встрече со своим агентом в архиве слежку и поговорив вечером с Лиз, понимает, что его «легенда» провалена, и сбегает. Арам вычисляет местонахождение бандитов и похищенной ученой, Ресслер и Мира бросаются ей на выручку. Рэддингтон, воспользовавшись ситуацией, преподносит Элизабет сюрприз.

В Праге неизвестный англичанин ловко подставляет члена парламента Эмиля Душека, и тот попадет под  арест по обвинению в убийстве, которого не совершал. Рэддингтон, чьим деловым партнером был оскандалившийся чешский политик, обеспокоен тем, что кто-то планомерно наносит урон его бизнесу.   Он рассказывает Лиз о "Создателе Королей", который помогает своим клиентам добиваться успехов на политической арене, но может также и низвергнуть их. Как раз в это время карьера молодого конгрессмена Патрика Чендлера подозрительным образом набирает обороты, но цена его успеха — жизни невинных людей.

Элизабет Кин официально заявляет начальству о том, что ее муж Том — преступник, и подает заявление об уходе: узнав об обстоятельствах смерти Сэма, она не желает больше общаться с Рэддингтоном. Водитель инкассаторской машины умирает средь бела дня в банке от опасного вируса, модифицированного таким образом, чтобы он не передавался окружающим. Рэю удается убедить Лиз продолжить работу с ним, несмотря на ее неприязнь. Его жизнь снова под угрозой, а таинственный шеф Тома Кина по прозвищу Берлин готовит крупный теракт, первым этапом которого стала вербовка нескольких намеренно инфицированных смертельным вирусом человек для выполнения особого задания.

В Нью-Йорке в Ист-Ривер падает самолет для перевозки заключенных, на борту которого, предположительно, находился Берлин. В катастрофе уцелели пять человек, один из которых в больнице в тяжелом состоянии с отрезанной рукой; остальных допрашивают агенты ФБР. Все они в один голос утверждают, что человек в капюшоне, пристегнутый к конвоиру, командовал пилотами. Рэддингтона помещают в секретную тюрьму, но затем, по приказу Финча, дают ему сбежать. Рэю и  Лиз удается выйти на агента Берлина, который мстил Рэддингтону и пытался убить Миру и Гарольда. К нему же приходит и Том Кин...