捜査チームの解散から2年。それぞれに別の道を歩んでいたメンバーは、かつての仲間が任務中に大ケガを負い、ある陰謀が明るみに出たのをきっかけに、再び集結することになる。

謎の組織が企てた、高品質なマイクロチップの特許に関わる一家拉致事件を受け、クーパー、レスラー、アラム、パクたちは再び捜査の最前線に立たされる。

自分の将来について、難しい選択を迫られるアラム。レッドは、イタリアの大聖堂から盗まれた聖遺物の件で、過去に因縁のある犯罪者のひとりと再会する。

捜査チームは、盗まれたものを本来の持ち主に返し、盗んだ者に裁きを下す犯罪者を追う。一方、ある晩の記憶がないクーパーは、その間に何があったのかを突き止めようとする。

盗まれたエネルギー兵器と軍事技術をめぐる事件を捜査するレッドとチーム。同じ頃、クーパーとパクがそれぞれに抱える個人的な問題は、困難さを増していく。

しばらく動きが見られなかったギャング一家が殺人事件を起こす。捜査チームは、組織の突然の復活の背後に、ひとりのセラピストの存在があることに気づく。

レスラーはなぜ、鎮痛剤に依存することになったのか。レスラーが公私ともに大切なものを奪われるきっかけとなった2年前の悲劇と、その後の出来事が回想で描かれる。

薬物の過剰投与で死亡したプロテニス選手の一件を調べ始めた捜査チームは、ある邪悪な医師とスポーツ賭博組織にたどり着く。一方、レスラーの依存との闘いもまだ続いていた。

レッドの組織の主要メンバー3人が、組織的攻撃により立て続けに殺害され、デンベの身が危険にさらされる。同時に、デンベがFBI捜査官になるまでの出来事が明らかになる。

逮捕された仲間を助け出そうとするレッド。同じ頃、傍受や追跡が不可能な犯罪者向けの闇の携帯電話ネットワークについて捜査を始めたチームは、意外な事実にたどり着く。

レッドは、リズが死亡した当日の経緯についてさらに詳しく調べようとする。チームは、かつて各国の政府のために働いていた暗殺者集団に関する捜査を始める。

ダークウェブで闇の株式市場を仕切る人物を追うチーム。レッドは、リズに付けられた追跡装置を見つけるために極端な手段に出る。同じ頃、クーパーに脅迫者から連絡が入る。

レッドは、ある人物の葬式で旧友と再会する。一方、高級エスコートサービスの顧客が相次いで死亡した事件を捜査するチームがたどり着いたのは、予想外の容疑者だった。

パナベイカー上院議員の息子の妻が失踪し、捜査を始めたチームは、ある不穏なパターンが存在することに気づく。レッドは、真実をつかむためにどこまでやるのかを思案する。

脅迫者を追跡する過程で、ある大学院生を保護拘置下に置いたクーパー。ところが、レッドとチームがその大学院生の行方を捜し始めたことで、窮地に立たされる。

捜査チームのメンバーの身柄が拘束され、アラムが渋々リーダー代行を務めることになる。レッドは、ブラックリストの犯罪者を捕まえる代わりに逃すよう、チームに異例の指示を出す。

レッドは、およそ不可能に思える金庫破りがなぜ行われたのかを調査する。同じ頃、チームメンバーの1人が、メキシコのカルテルのリーダーに拉致される。

リズの死をめぐる謎がいよいよ深まるなか、レッドはかつての仲間がまだ生きている可能性を探ることに。一方、捜査チームは幻覚剤のディーラーを追跡する。

爆発に巻き込まれた大切な相手に付き添い、気遣うレッド。その頃、リーダーとしての責務と重圧で精神的に不調をきたしたアラムは、少々変わったセラピーを試すことにするが...。

リズの死の真相を追い続けるレッドは、関与が疑われる地下銀行の存在に気づく。そして飛行機内を拠点とし、常に移動しているその銀行を着陸させるようチームに依頼する。

ついに、自分たちを裏切った人物が誰であるかを突き止めたレッドと捜査チーム。リズの殺害を背後で指揮していた張本人を追い詰め、捕らえるべく動き出す。

共通の裏切り者を相手に追跡劇が大詰めを迎えるなか、真っ向から対立するレッドとクーパー。一方その頃、捜査チームに関する重大な秘密が危険な人物の手に落ちようとしていた。