Bei einer Schiffskontrolle werden Kate, Swain, 2 Dads und Dutchy in eine Schießerei verwickelt, in deren Verlauf Kate in Notwehr eine junge Frau tötet. Deren krimineller Bruder, Heath McGinley, schwört daraufhin Rache. Kate gerät in große Gefahr.

Dutchy lernt die hübsche Laurel Andrews kennen. Die beiden kommen sich näher und beginnen eine Affäre. Umso schlimmer ist es für ihn, als er erfährt, dass sie verheiratet ist. Doch Laurel schwört, dass sie nur Dutchy liebt und sich unter allen Umständen von ihrem Mann trennen will. Kurze Zeit später ist ihr Gatte tot und Dutchy gehört zum Kreis der Verdächtigen.

Ein Einwandererschiff wird skrupellos samt Ladung und Passagieren in die Luft gesprengt, um die wertvollen Gegenstände, die aus einem Bagdader Museum gestohlen wurden, später ungestört vom Meeresgrund zu bergen.

Bei der Überführung eines Strafgefangenen mit der Hammersley stirbt dieser unerwartet. Dr. Wallace, ein Arzt, der auf der Insel von der der Tote stammte, praktiziert, berichtet von einer kaum bekannten Krebsart. Diese wird von verseuchtem Wasser ausgelöst. Swain und Kate sind misstrauisch, bis die Todesursache des Häftlings festgestellt wird. Ein Wettlauf mit der Zeit beginnt.

Durch Dutchys Leichtsinn gerät eine Undercoveroperation, die eine Terrorgruppe ausschalten soll, in Gefahr. Wenig später wird Jim Roth, der als verdeckter Ermittler unterwegs war, schwer verletzt. Damit der Einsatz doch noch gelingt, springt Dutchy für Jim ein. Unterdessen steht Mikes Beziehung zu Kate auf dem Prüfstand.

Zwei Dads beobachtet zufällig einen Drogenschmuggel. Bei ihren Nachforschungen stellt die Crew der Hammersley fest, dass aufgrund der schlechten Fangsituation alle Fischer des Ortes für den lokalen Schmugglerring arbeiten. Die Drogendealer sehen ihr Geschäft gefährdet und nehmen Charge, Ryan und Bird gefangen.

Das Tauchboot der Wissenschaftlerin Tracey McQueen und ihres Mannes Jack ist manövrierunfähig. Als die Hammersley die beiden an Bord nehmen will, bittet Jack 2 Dads um Hilfe bei der Reparatur. Doch alles geht schief und das Forschungsboot versinkt. Nur Jack kann sich retten. Ein Wettlauf mit der Zeit beginnt, denn 2 Dads ist in dem Boot gefangen.

Die Hammersley soll vier Agenten an Bord nehmen. Doch der vermeintliche Routineeinsatz endet in einer Katastrophe. Durch eine Falle werden drei der Männer getötet, einzig Smith kann sich auf die Hammersley retten. Kurze Zeit später ist jedoch auch er tot. Der Verdacht fällt ausgerechnet auf zwei Dads.

Unter der Leitung von Dutchy nehmen Robert, zwei Dads und Bird an einer Übung auf einer einsamen Insel teil. Bird fühlt sich noch unsicher, da wird aus der Übung bereits bitterer Ernst. Ihre Freunde werden von zwei Serienkillern entführt und Bird bleibt nicht viel Zeit, um sie zu retten.

Die Hammersley stoppt ein illegales Fischerboot. Karno, der Kapitän des Schiffes, bittet jedoch um Gnade. Ohne Boot steht er bei dem Schwerkriminellen Horta Cheng auf der Abschussliste. Die Crew und Karno einigen sich auf einen Deal: Wenn er gegen Cheng aussagt, erhält er Schutz und sein Boot zurück. Doch es kommt anders als geplant.

Bei einer Bootskontrolle macht die Crew der Hammersley eine schreckliche Entdeckung. Fast alle Besatzungsmitglieder wurden auf grausame Weise getötet. Die Spur führt zu Garth Davidson, der für seine Brutalität bekannt ist. Auf dessen Schiff trifft Bird unvorhergesehener Weise auf Ryan. Er will nicht zur Hammersley zurück, sondern nun für Davidson arbeiten.

Die Crew der Hammersley stoppt ein Boot auf dem sie Menschenhändler vermutet. Es stellt sich heraus, dass die Besatzung radioaktiv verstrahlt ist. Die Ermittlungen führen die Crew zu einem weiteren Schiff. An dessen Bord befindet sich eine schmutzige Bombe. Doch es kommt noch schlimmer: Die Terrorspezialistin Madeleine Cruise scheint als Doppelagentin zu arbeiten.