En el año 2552, los humanos del planeta Madrigal han estado luchando por independizarse de la Tierra, pero un encuentro fatal con Alien Covenant complica las cosas. El Jefe Maestro John 117 y sus supersoldados «Spartans» se unen a la lucha. Después de la batalla, el Jefe Maestro se dirige a su planeta natal de Reach con un sobreviviente de Madrigal y un objeto misterioso que descubrió en el planeta. Pero una orden controvertida hace que John cuestione su misión y a sí mismo.

John lleva a Kwan ante un viejo amigo y aprende más sobre el objeto misterioso, que el Pacto y Makee están decididos a robar. Con la amenaza alienígena en aumento, el Dr. Halsey tiene un plan para lidiar con el comportamiento impredecible de John.

John conoce a su nuevo compañero y descubre secretos dentro de su propia memoria. Kwan quiere regresar a Madrigal para continuar la lucha de su pueblo por la independencia, pero Soren tiene otros planes para ella. Makee inicia su plan para recuperar el objeto Madrigal, con consecuencias mortales.

Guiado por sus visiones, John lleva a Halsey y Cortana de regreso a donde comenzó todo, en busca de respuestas de su pasado. Con Soren como protección, Kwan va en busca de un ejército. Mientras tanto, el comportamiento de John inspira a otro espartano a emprender un viaje de autodescubrimiento. Y Miranda descubre un posible vínculo entre el artefacto y algo mucho más grande.

Escapando y sin opciones, Kwan y Soren tienen diferencias de opinión. John hace un terrible descubrimiento.

Los supervivientes de la batalla regresan a Reach. John confronta a la Dra. Halsey. La nueva prisionera parece conocer a John mejor que él mismo.

El viaje de Kwan para descubrir el «verdadero propósito» de su familia la lleva a lo profundo de los desiertos de Madrigal.

John y Makee llegan a un acuerdo con su visión compartida. Halsey tiene una última oportunidad de salvar su misión.

Traicionado, John 117 lidera a los Spartans en una misión suicida para encontrar el Halo y salvar a la humanidad.