W roku 2552 ludzie na planecie Madrigal walczyli o niezależność od Ziemi, ale fatalne spotkanie z obcym ​​Przymierzem komplikuje sprawę. Do walki dołączają Master Chief i jego drużyna super żołnierzy – Spartanów. Po bitwie Master Chief udaje się na swoją rodzinną planetę, Reach, z ocalałym z Madrigalu i tajemniczym obiektem, który odkrył na planecie. Ale kontrowersyjny rozkaz sprawia, że ​​John kwestionuje jego misję i siebie.

John zabiera Kwan do starego przyjaciela i dowiaduje się więcej o tajemniczym przedmiocie, który Przymierze i Makee są zdeterminowani ukraść. Wraz z rosnącym zagrożeniem ze strony obcych, dr Halsey ma plan radzenia sobie z nieprzewidywalnym zachowaniem Johna.

John poznaje swojego nowego partnera i odkrywa sekrety we własnej pamięci. Kwan chce wrócić na Madrigal, aby kontynuować walkę swojego ludu o niepodległość, ale Soren ma wobec niej inne plany. Makee inicjuje swój plan odzyskania obiektu z Madrigal, co ma śmiertelne konsekwencje.

Kierując się swoimi wizjami, John zabiera Halsey i Cortanę tam, gdzie wszystko się zaczęło, szukając odpowiedzi ze swojej przeszłości. Kwan wraz z Sorenem wyrusza na poszukiwanie armii. Tymczasem zachowanie Johna inspiruje innego Spartanina do rozpoczęcia podróży do samopoznania. Miranda odkrywa możliwy związek między artefaktem a czymś znacznie większym.

Kwan i Soren mają różne zdanie na temat wyczerpania i braku opcji. Mając w głowach wszystkich możliwość znalezienia tajemniczego Halo, John dokonuje straszliwego odkrycia, a wojna podnosi swój brzydki łeb.

Ocaleni z bitwy wracają do Reach. John konfrontuje się z doktorem Halseyem i kłamstwami z jego przeszłości. Wydaje się, że nowy więzień zna Johna lepiej niż on sam. Zdeterminowany, aby zrozumieć więcej, John wraca do tajemniczego artefaktu, który pokazuje mu coś naprawdę zaskakującego.

Podróż Kwan, aby odkryć „prawdziwy cel” jej rodziny, zabiera ją w głąb pustyni Madrigal. Soren ma obsesję na punkcie niedokończonych spraw.

John i Makee godzą się ze wspólną wizją. Halsey ma ostatnią szansę na ocalenie swojej misji i siebie. Gdy sprawy zaczynają się kumulować, każdy musi opowiedzieć się po jednej ze stron.

Pobity, pobity i zdradzony John 117 prowadzi Spartan w samobójczej misji odnalezienia Halo i ocalenia ludzkości. Ale za jaką cenę?