Short episodes streamed on the anime's official site after every episode, giving background information about the show.

Short episodes streamed on the anime's official site after every episode, giving background information about the show.

Short episodes streamed on the anime's official site after every episode, giving background information about the show.

Short episodes streamed on the anime's official site after every episode, giving background information about the show.

Short episodes streamed on the anime's official site after every episode, giving background information about the show.

Short episodes streamed on the anime's official site after every episode, giving background information about the show.

Short episodes streamed on the anime's official site after every episode, giving background information about the show.

Short episodes streamed on the anime's official site after every episode, giving background information about the show.

Short episodes streamed on the anime's official site after every episode, giving background information about the show.

Short episodes streamed on the anime's official site after every episode, giving background information about the show.

Short episodes streamed on the anime's official site after every episode, giving background information about the show.

Short episodes streamed on the anime's official site after every episode, giving background information about the show.

Short episodes streamed on the anime's official site after every episode, giving background information about the show.

Last of the short episodes only available on Blu-Ray, giving background information about the show. Also can be titled "Special Edition".

子供たちにメッセンジャーの仕事を教えているエイミーたち。真面目な話をしているはずが、いつの間にか話は脱線し、廃墟船（またの名を幽霊船）に迷い込んだ女の子の怪談になってしまう。怖さの余り声をあげるサーヤとメルティ、そして子供たち。そんな時、ガルガンティア船団に近づく影があった。それは10年ほど前に無人になったとおぼしき廃墟船団だった。調査に赴くことになったのはレドとチェインバー、ペローズ、ピニオン、リジット。さらに彼らを追いかけてサーヤとメルティ、エイミーも廃墟船団へと行くことになる。手分けして船内を探索するメンバー。サーヤとメルティと行動をともにしていたピニオンが、幽霊に化けてレドとエイミーを驚かそうと提案をする。それに賛成するサーヤとメルティ。一方リジットは、調査をしながら、この船団がかつてガルガンティア船団と交流があったことを思い出す。それはリジットの淡い恋の思い出でもあった。

物語の発端は人類銀河同盟とヒディアーズの戦いにまで遡る。レドの搭乗したチェインバーがワームホールに吸い込まれた直後、クーゲルとストライカーもまたワームホールに飲み込まれた。その先に待っていたのは、太陽系第三惑星・地球。本隊との連絡も途絶え、海上に降り立ったクーゲルの目の前に現われたのは、少女リナリアだった。リナリアは海賊船団を統べる４姉妹の末の妹。跡目をめぐって姉たちに殺されるところだった彼女を助けたクーゲルは、神の御使いとしてあがめられ、船団に迎えられる。祭り上げられ戸惑うクーゲル。そんなクーゲルに好意を持つリナリア。一方、リナリアが神の御使いを連れて帰還したことで窮地に立たされた長女のオンデリアは、“神の御使い”の化けの皮をはがそうと、ある儀式を行う。それはヒカリムシを使ってクジライカを呼び出そうというものだった……。

強い絆を育んだマシンキャリバーのチェインバーとレドが別れを果たしてから半年余り。彼は船団ガルガンティアに残り、サルベージチームの一員として勤務しながら喪失した旧地球文明の痕跡を追い求める毎日を過ごしていた。ある日、元上官クーゲルの船団からリーマという少女がガルガンティアにやって来る。彼女と交流するうちに、波乱の満ちた過去を振り返り、改めて現在の自分と向き合うレド。そんな中、思わぬ事態が彼に降り掛かってくる。

Recap of season 1, told by Chamber.

沈没船から多くの資材を得たガルガンティア。旧文明の記録媒体が発見され、マシンキャリバーの祖となる戦闘機械の記録が残されていた。破滅を前にしても争い続けた人類の姿は、レドの心に影を落とす。一方、ガルガンティアは物資不足に悩まされ、人々の疲労もピークに達していた。対策を求められたリジットは、海上貿易拠点『竜宮城』への寄航を決定する。竜宮城で思い切り羽根を伸ばす船団住人たち。だが、平穏は長くは続かなかった。リーマがその本当の目的をあらわにし、レドとエイミーにある選択を突きつける。ガルガンティアに襲来する正体不明の船団。剥き出しの敵意に対し、リーマは強大な力を秘める謎の人型戦闘機械を起動させて…。