道場に鳴り響く乾いた音―。

そこには、稽古に励む幼い銀時と、それを笑顔でいなす松陽の姿あった。

松陽はこれからの銀時に対して、“あること”を楽しみにしていると告げる。

時が経ち、銀時は松陽に瓜二つの『虚』と対峙することになる。

そして―。

先の黒縄島からの真選組局長の近藤勲の奪還の件により、以前にも増してかぶき町には居づらくなった万事屋一行。そんな中、桂の計らい(?)により地下都市アキバに潜伏しアキバで支店を開くことになる。

そこに訪れた意外な来客により、『虚』の正体について語られることに―。

今井信女の口から語られたのは、『虚』がアルタナによって生まれ、不老不死の存在であり、“宇宙で最も危険な生物”であると。

そして、吉田松陽という人物は、虚と同じ存在であることも―。

信女の話を受け銀時、桂は戸惑う。しかし、桂は銀時に「お前に二度も師を斬らせるわけにはいかないからな」と告げて立ち去る。

一方、虚は元老院を失った春雨を手なずけようとしていた。勢力の拡大を目論む虚の前に一人の男が現れ、事態は思わぬ方向へと進展する。

そして、誰も居なくなった万事屋銀ちゃんの机の上には見知らぬ封筒が置かれてあった―。

神楽の後を追い、快援隊や鬼兵隊の残党らと合流をした万事屋一同。地球を出発した銀時達を待ち受けていたのは、喜々の軍勢であった。それをあっさりと撃退した銀時達の姿を見た万斉は、自ら “秘密の場所”を教える。

その場所とは、捨てられた惑星『烙陽』。奇しくもそこは、神楽の故郷でもあった。

時を同じくして消息不明の神威をさがして、星海坊主も烙陽の地に辿り着く。そして決意を決めた神楽は、ある人物の墓標の前に立ち――。

神楽の故郷である烙陽に降り立った銀時たちを待っていたのは、虚に率いられる春雨の猛攻であった。

銀時、桂、坂本の奇襲により辛くも窮地は脱したが、圧倒的な兵力差に変わりはない。散り散りになった三人の前に立ちふさがるのは、『三凶星』と呼ばれる猛者たちである。

桂の前には、海王星の猩覚。猩覚のすさまじいパワーに押される桂であったが、決意を固める。一匹の侍（えてこう）になることを――。

そして、今まで語られなかった桂の過去が明らかになる。

范堺に掌握されてしまった快援隊船団。坂本と陸奥は、范堺を見つけ出し操られた船員達を助けるべく、自ら快臨丸内を詮索することを決めた。そうしてふたりは、操られた船員に襲われた喜々を助ける。

なぜ助けたとのかと問う喜々に対し、坂本は「一度国を背負った君主が簡単に死ねると思うな」と言い放つ。そんな中、喜々に異変が――。

かつて攘夷戦争時代に銀時と馬董は、一度だけ戦場で刀を交えていた――。

馬董は、侍である銀時との戦いが忘れられず再び闘うことを待ちわびていた。しかし覚えていた容姿は、銀時とは似ても似つかない姿である。それは“パクヤサ”といい、銀時に憧れ舎弟になった者の姿だった。コケにされたと激高する馬董に対し、銀時は坂本の仇である馬董に密かな闘志を燃やしていた。

白熱した銀時と馬董の戦いがはじまる!!

銀時、高杉、桂、坂本、かつて攘夷戦争をともに闘った四人がふたたび戦場に集った。劇的な再会……と思いきや、顔を合わせるなり罵声を飛ばし合うことに。そんな再会を遮る様に、虚率いる奈落・春雨の軍勢が襲いかかる!!

その頃、星海坊主は春雨の追撃を圧倒的な力で捻じ伏せていた。しかし、星海坊主の眼前にはさらなる春雨の増援と、第一師団長の獅嶺が立ち塞がる。

そこには、消息不明になっていたあの人物の姿が――。

神威は自らの父親である星海坊主に対し、殺意を込めた拳を振り上げた。“宇宙最強の親子喧嘩”へと発展したふたりの激闘は、もはや誰にも止められないかに見えた。だが彼らの家族である神楽だけは違っていた。神楽は、身をもって闘いをいさめようとするのだった。

しかし次の瞬間、閃光の如く現れた虚により戦況が一気に変貌した。星海坊主は義手の左腕を一瞬にして斬られてしまった。闘いの中で、星海坊主は虚がアルタナにより力を得ていることに気づく。

そして星海坊主にとっては、アルタナの力を持つ人物に出会うのは初めてではなかった。

それはいったい誰なのか!?

神威は神楽に、母である江華が『アルタナの暴走を受けて生まれた変異体』であったことを告げる。そして二人の母親を殺したのが、父親である“星海坊主”であるということも――。

星海坊主と江華の間には神威と神楽が生まれ、家族4人はひっそりと生活していた。ある日、神威は、江華が徨安の星では生きていけない身体であることを知ってしまい、母親を苦しめているのは自分たち家族であると感じはじめる。

神威は意を決し江華を連れ出そうとするが、そこに星海坊主が現われて事態が急変する。

星海坊主、神威、神楽、江華それぞれの家族の想いとは。

そして、星海坊主対虚の戦いの行方は!?

満身創痍で倒れた星海坊主に襲いかかる神威―。その前に立ちはだかったのは、他でもない銀時であった。

銀時は、神威に対し『本当の名前』を思い出せと語り木刀を抜く。神威の圧倒的な力に押される銀時ではあったが、神威自身は違和感を持ちながら闘っていた。その違和感とは、銀時は護るものために闘い、そして自分と戦い続けて限界を越えていく戦う姿であった。

神威は、戦いに割って入った神楽の存在により、ためらってしまう。その隙に銀時は、渾身の一撃をうけてしまうのだった。

そんな戦いの最中、夜兎の血に飲まれた神威は不敵な笑みをこぼすのであった――。

妹・神楽の拳の前に倒れた神威は、銀時らとの闘いで知った己の弱さ、その先に見えた本当の「最強(つよさ)」を求め、再び海賊へと戻っていく。そして父・星海坊主もまた、自分たちはどこまで行っても家族なのだと、思い知るのであった。

一方そのころ、同じく戦線を離脱していた高杉らは、朧と対峙していた。そこで繰り広げられる闘いの中で、朧と虚の深い関係性が語られる。そしてそれは吉田松陽の弟子である、銀時たちが育った「松下村塾」にも繋がっていて・・・。

銀時たちと松陽が出会う少し前のこと。朧は松陽によってその命を救われ、「松下村塾」創設をともにした一番弟子だった。銀時たちと同じ道を歩むことのできなかった朧の悲しみや憎悪もまた、松陽の死に繋がっていた。

高杉との死闘で散った朧は、吉田松陽の過去、そして虚の恐るべき計画が進んでいることを明かす。その事実を知った銀時、桂、坂本、そして高杉は、それぞれが新たな決意をするのであった。

「虚」の目的とは何なのか。「吉田松陽」は銀時に何を託したのか。

舞台は全ての始まり「侍の国」へ―。