Gowron lässt die Klingonische Flotte vor Bajor zusammenziehen, um so eine Bedrohung aus dem Gamma Quadranten abzuwehren. Die vielen Klingonen sorgen jedoch auch für Probleme, selbst wenn General Martok Sisko gegenüber erklärt, mit ihm Seite an Seite gegen das Dominion zu kämpfen. Die Sternenflotte versetzt Worf von der Enterprise nach DS9, da er dort Sisko helfen soll, mit den Klingonen fertig zu werden.

Trotz der Warnung Siskos, dass die geplante Invasion der Klingonen auf Cardassia die Föderation aufs Spiel setze, gehen die Schiffe von General Martok zum Angriff über. Mit einer List gelingt es der Mannschaft der DS9 in letzter Sekunde die Cardassianer zu warnen. Dennoch sind die Klingonen in der Übermacht. Ohne die Hilfe der Defiant wäre der Kampf verloren.

Jake Sisko ist schon ein alter Mann, als eine junge Frau, an seine Türe klopft. Sie ist ein großer Fan seiner Bücher und will mehr über ihn wissen. Er beginnt seine Geschichte zu erzählen und startet mit dem Tod seines Vaters. Als Benjamin Sisko bei einem Manöver in den Subraum gezogen und für tot erklärt werden musste, war Jake gerade 18 Jahre alt. Seither versucht er ihn zu finden.

Bashir und O’Brien sind unterwegs in ihrem Runabout. Ein Signal lockt sie zu einem Planeten, wo eine Energiewelle sie zur Landung zwingt. Eine Gruppe Jem’Hadar nimmt die beiden gefangen. Ihrem sofortigen Tod entrinnen die DS9-Männer nur, wenn sie den Jem’Hadar aus ihrer Abhängigkeit vom Dominion helfen: Von dort nämlich bekommen die Krieger eine Droge, ohne die sie sterben müssen.

Die Ravinok, ein altes cardassianisches Schiff mit bajoranischen Gefangenen, ist vor sechs Jahren verschwunden. Nun will ein Freund Kiras es entdeckt haben und sie deshalb treffen. Da will Gul Dukat höchstpersönlich Kira begleiten. Bald stellt Kira fest, warum: Dukats uneheliche Tochter war auf dem verschollenen Schiff. Er will sicher gehen, dass sie tot ist. Oder sie selbst töten.

Alte Liebe rostet nicht: Als eine Abordnung Trill-Wissenschaftler auf der DS9 eintrifft, um ein künstliches Wurmloch zu erzeugen, ist auch Dr. Lenara Kahn darunter. Sie war einmal mit Dax’ Wirt Torias verheiratet und die beiden haben noch starke Gefühle füreinander. Doch unter den Trill ist es untersagt, eine Liebe aus einem früheren Leben wieder aufleben zu lassen.

Sisko, Kira, Worf, Dax, O’Brien und Quark treffen sich mit den Karemma im Gammaquadranten, als sie von Jem’Hadar-Schiffen angegriffen werden. Die Defiant wird schwer getroffen. Sisko ist verletzt. Die Crewmitglieder befinden sich in einer schwierigen Situation, die sie aber alle enger zusammenrücken lässt. Da übernimmt Wolf die Führung und es gelingt die Flucht.

Quark hat von seinem Cousin Gaila ein Shuttle geschenkt bekommen. Obwohl Quark seinem Verwandten nicht traut und Angst hat, das Schiff könne sabotiert sein, will er Nog damit zur Erde bringen. Bei der Landung gibt es dann tatsächlich die erahnten Probleme. So landet die Besatzung unvorhergesehen in der Vergangenheit und verbreitet Angst unter den noch primitiven Menschen.

Das Unglück geschieht beim Beamen von einem sabotierten Runabout auf die DS9: Sisko, Kira, Worf, Dax und O’Brien können nicht mehr rematerialisiert werden. Bei dem Versuch, ihre bald verblassenden Muster auf dem Computer der Raumstation zu speichern, geraten sie in das neue Holosuite-Programm, das Dr. Bashir gerade spielt. Wird es gelingen sie ins wirkliche Leben zurückzuholen?

Mithilfe eines Wechselbalgs ist es dem Dominion gelungen, einen schweren Anschlag auf der Erde zu verüben. Die Föderation ist bedroht. Sisko, vorübergehend Sicherheitschef der Sternenflotte auf der Erde, und Odo sollen die Täter überführen. Doch einfach ist das nicht: Der Präsident unterstellt der Föderation erst Panikmache. Am Ende steht sogar Siskos Vater unter Verdacht.

Eine Reihe von Stromausfällen erstreckt sich über die ganze Erde und macht sie wehrlos. Für Sisko und Odo ist klar: Sabotageakte der gesuchten Wechselbälger, die mit dem Dominion gemeinsame Sache machen. Aber stecken nicht die „Red Squad“ dahinter? Als Sisko erfährt, dass Leyton eine Diktatur plant und der Präsident in Gefahr ist, wird es höchste Zeit ihn zu warnen.

Odo ist eifersüchtig: Missmutig sieht er zu, wie sich Kira und Premierminister Shakaar immer besser verstehen. Deshalb kann Odo sich auch nicht auf seine Arbeit konzentrieren – obwohl er weiß, dass eine cardassianische Extremistengruppe ein Attentat auf den Minister plant. „Der wahre Weg“ will Shakaars Verhandlungen mit der Föderation auf DS9 stoppen. Und beinahe gelingt ihm das.

Dukat geleitet Kira zu einem Außenposten von Korma. Hier sollen geheime Informationen über die Klingonen ausgetauscht werden. Als sie dort ankommen, ist der Posten völlig zerstört und ein Klingonenschiff enttarnt sich. Mit einer List gelingt es, die Klingonen zu überwältigen. Auf deren Schiff finden sich wertvolle Informationen, die Dukat in einer einsamen Zukunft nutzen will.

Worf hat sich gegen Gowron und das Klingonenreich gestellt. Deshalb hat sein Bruder Korn inzwischen alles verloren: Stellung, Besitz und Ehre. Jetzt verlangt er von Worf ein Todesritual, damit er sterben und die Schande hinter sich lassen kann. Dax verhindert den Brudermord und will mit einem Vorschlag Korns Lebensfreude wecken. Doch schon bald will Korn sich selbst töten.

Quarks Personal fordert mehr Lohn. Rom gründet eine Gewerkschaft und organisiert einen Streik für die Rechte der Angestellten. Das ruft den gerissenen Ferengi-Finanzkommisar Brunt auf den Plan.

Das Wurmloch spuckt plötzlich ein über 2000 Jahre altes Raumschiff aus. An Bord befindet sich ein Mann, der behauptet, der bajoranische Poet Akorem Laan zu sein. Laan erzählt, die Propheten hätten ihn als neuen Abgesandten auserkoren.

Worf wird angeklagt, ein ziviles Transportschiff der Klingonen mit 400 Passagieren an Bord angegriffen und vernichtet zu haben. Die Klingonen verlangen seine Auslieferung. Auf Deep Space Nine kommt es zum Prozess.

Die Argrathi beschuldigen O’Brien der Spionage. Sie bestrafen ihn auf ihre übliche Weise: O’Brien wird die Erinnerung an eine 20-jährige Haftzeit eingepflanzt. Er wird mit den schrecklichen Erinnerungen nicht fertig.

Sisko erhält Besuch von seiner verstorbenen Frau Jennifer. Sie stammt jedoch aus einem Paralleluniversum und lockt Sisko und Jake nach Terok Nor. Dort brauchen die Rebellen Siskos Hilfe im Kampf gegen die Allianz.

Lwaxana flüchtet hochschwanger vor ihrem Mann und sucht Schutz bei Odo, dem sie in enger Freundschaft verbunden ist. Jake verfällt einer betörenden Frau. Sie befähigt ihn zwar als seine Muse, einen Roman zu schreiben, droht aber gleichzeitig sein Leben zu zerstören.

Odo verdächtigt Kasidy Yates der Kollaboration mit dem Maquis. Sisko verteidigt seine Geliebte, doch alle Beweise sprechen gegen sie. Während eines Geheimtreffens wird sie überführt. Dabei entgeht ihnen aber ein wesentlich gefährlicher Kollaborateur.

Ein Stoßtrupp der Jem’Hadar überfällt Deep Space Nine. Captain Sisko nimmt die Verfolgung auf. Unterwegs trifft er auf ein weiteres Jem’Hadar-Schiff, das die Täter verfolgt. Dessen Commander, der Vorta Weyoun, schlägt Sisko ein Büdnis vor.

Major Kira, Dr. Bashir und Dax entdecken einen bewohnten Planeten im Gamma-Quadranten. Alle Bewohner sind von einer tödlichen Krankheit befallen. Dr. Bashir ist voller Hoffnung, ein Heilmittel zu finden. Seine Versuche erweisen sich zunächst als Fehlschlag.

Quark ist todkrank. Um seine Schulden zu bezahlen, will er sich umbringen lassen, damit seine Überreste verkauft werden können. Er bekommt ein gutes Angebot und sagt zu. Da erfährt er, dass er doch nicht sterben muss. Der Käufer besteht allerdings auf Erfüllung des Vertrags.

Odo bricht unter Schmerzen zusammen. Dr. Bashir kann ihm nicht helfen. Der Arzt will ihn deshalb zu seinem Volk bringen. Während der Reise treffen sie auf die Gründer. Odo soll in seiner Heimat vor Gericht gestellt werden, weil er einen anderen Wechselbalg getötet hat.