Han pasado tres meses desde que un poseído Gul Dukat asesinara a Jadzia Dax y las cosas han cambiado considerablemente en la estación espacial Espacio profundo 9, donde Kira Nerys está temporalmente al mando de la estación. Mientras, el capitán Benjamin Sisko está en la Tierra buscando alguna forma de comunicarse con los Profetas, cuando recibe la visita de Ezri, una joven trill que se ha convertido en la nueva huésped de Dax.

Ezri se une a la tripulación formada por Sisko, su hijo Jake y su padre Joseph, partiendo hacia el planeta Tyree en busca del Orbe bajorano del Emisario. A su llegada al planeta descubren que es un enorme desierto, y Sisko guiado por extrañas visiones empieza a caminar hasta un punto en el que se detiene y cava en la arena.

A su llegada a la estación Espacio profundo 9, Ezri se encuentra con reacciones de todo tipo entre los antiguos amigos de Jadzia y de su marido, Worf. Esto se suma a la gran cantidad de recuerdos de vidas pasadas que están asaltando su mente desde el momento de la unión.

El capitán vulcaniano Solok, compañero y rival en la academia de la Flota Estelar de Sisko, llega a Espacio profundo 9 para realizar las reparaciones necesarias en su nave tras meses de batallas. Una vez allí, reta al capitán a un partido de béisbol en la holocubierta, lo que hace que Sisko deba preparar en dos semanas a un equipo competitivo de entre la tripulación, con el inconveniente de que ni siquiera conocen el deporte.

El grupo de genios genéticamente creados con el que el doctor Bashir compartió una investigación tiempo atrás escapa de su hospital y se dirigen a Espacio profundo 9 con la intención de pedir al doctor que encuentre una cura para su compañera Sarina, que está en un permanente estado catatónico.

Odo acude a una reunión secreta en la que descubre que la persona que ha contactado con él es el Vorta Weyoun, que le comunica su intención de desertar del Dominio, y pide asilo diplomático en el seno de la Federación a cambio de desvelar importante información confidencial que podría decantar la balanza a favor de la Flota Estelar en la guerra.

Worf recibe la visita de Kor, un veterano héroe de guerra, que le pide ayuda debido a que por su incontrolable ambición de poder se ha forjado numerosos enemigos dentro del Imperio, lo que le impide ser asignado como comandante de ninguna nave klingon. Worf se pone en contacto con el general Martok que, pese a sus reticencias, se verá obligado a aceptarlo como tercer oficial en su nave insignia.

Durante una misión de transporte de suministros a las tropas de la Federación que mantienen el control en una estación de comunicaciones del Dominio capturada por la Flota Estelar, Sisko observa como las tropas no solo tienen que resistir ante los ataques diarios del enemigo, sino que además son víctimas de minas antipersonas ocultas en el subespacio. Debido a la importancia de su misión allí, Sisko decide permanecer junto a ellos el tiempo que sea necesario.

Una antigua profesora de Kira Nerys y actualmente religiosa bajorana llamada Vedek Fala visita a la mayor en la estación Espacio profundo 9, dónde le ofrece un extraño cristal que la transporta a Empok Nor, donde se reúne con un Gul Dukat muy diferente al que ella conocía.

Tras haber perdido una pierna en un combate, Nog regresa a EP9 para pasar el tiempo necesario de su recuperación. Pese al buen funcionamiento mostrado por la pierna artificial que se le implanta, el trato con el resto de la gente se hace muy difícil para el joven ferengi, que decide escudarse en la holocubierta durante el tiempo que esté de baja, eligiendo el programa de Vic Fontaine.

Al descubrir el capitán Sisko que se ha perdido todo contacto con Miles O'Brien mientras este realizaba una misión secreta en Nueva Sydney, encarga a Ezri Dax que acuda en su búsqueda, dado que su familia posee una estación de minado en ese sistema.

El Gran Nagus Zeq es secuestrado durante un contacto comercial que estaba llevando a cabo en el universo alternativo. La doble de Erzi informa a Quark que la Alianza lo asesinará a menos que él les entregue un dispositivo de ocultamiento, que el ferengi se ve obligado a robar de una nave klingon y llevar al otro universo junto con Rom.

Un teniente de la Flota Estelar llamado Ilario es encontrado muerto en sus apostentos, asesinado por el disparo del rifle TR-116, una arma experimental. Paralelamente, Ezri se tiene que enfrentar a la personalidad de uno de los anteriores huéspedes de Dax, Joran, que fue un asesino. Al despertar de su sueño recibe la noticia de que ha habido un segundo asesinato en la estación.

A su regreso de una conferencia Odo descubre que un intruso se ha ocultado en su lanzadera. Se trata de otro de los cientos de criaturas metamorfas que el Dominio esparció años atrás por toda la galaxia y que ha estado hasta ahora aislada del resto de miembros de su especie.

Durante una relajante estancia en el programa de la holocubierta que simula Las Vegas, en el salón de fiestas de Vic Fontain, el doctor Bashir y O'Brien se verán inmersos en una novela negra cuando un gánster hace presencia y trata de asesinar al cantante.

Poco antes de partir rumbo a Rómulo para asistir a una conferencia, el doctor Bashir recibe la inesperada visita del director de la Sección 31, el brazo más temido de la inteligencia de la Flota Estelar, que le pide que colabore con ellos obteniendo cierta información durante su estancia en el planeta principal del Imperio Romulano.

Mientras Sisko adquiere unas tierras en Bajor donde espera poder construir su soñado hogar recibe noticias de la desaparición de Worf tras una terrible batalla contra el Dominio. Cuando, por motivos estratégicos, se ve forzado a abandonar su búsqueda, Ezri roba una lanzadera e inicia la búsqueda por su cuenta, asaltada por los recuerdos del klingon que tenía la anterior huésped de Dax, Jadzia.

Kai Winn viaja a EP9 para ayudar a Sisko en los preparativos para su boda y le comunica que los Profetas le han advertido que deberá afrontar una dura prueba en el futuro. Poco después de su llegada a la estación Kai Winn tiene una largamente esperada visión de los profetas que le informan de que pronto llegará a ella una persona que le ayudara a liderar la restauración de Bajor.

Un giro inesperado modifica todas las estrategias calculadas para la guerra cuando el Dominio firma un acuerdo con los poderosos Breen, que desplaza fuera de su posición privilegiada a la Unión Cardasiana que ve peligrar su seguridad ante las condiciones impuestas por los Breen.

Mientras la recientemente formada alianza entre el Dominio y los Breen celebran sus aplastantes victorias en las primeras batallas, el líder cardasiano, Damar, planea secretamente un alzamiento para liberar su territorio de la ocupación del Dominio. Mientras, en Bajor, Gul Dukat convence a Kai Winn de que deben liberar a los espíritus Pah, los enemigos de los Profetas.

Ansioso por colaborar con el movimiento revolucionario impulsado por Damar contra el Dominio, el capitán Sisko ordena a la mayor Kira que aparte sus prejuicios ante los cardasianos y los instruya con sus conocimientos en el campo de la resistencia.

Mientras Kira colabora con Damar en la resistencia cardasiana, Odo regresa a EP9 aquejado de una enfermedad que está acabando con los miembros de su especie, por lo que el doctor Bashir empieza inmediatamente la búsqueda de una cura.

O'Brien y Bashir informan a Sisko que la Sección 31 podría tener en su poder una cura para la enfermedad que sufre Odo, dado que ellos habían sido los creadores de la enfermedad diseñada para exterminar a todo su pueblo. Sloan acude engañado por ellos a Espacio profundo 9, pero se negará por todos los medios a ofrecer su ayuda.

Mientras el capitán Sisko toma el mando de una nueva nave llamada también USS Defiant, Kira, Garak y Damar deben ocultarse ante la creciente presión que sufren del Dominio y Quark recibe un inesperado mensaje del Gran Nagus Zeq, que le informa de que lo va a nombrar como su sucesor para el cargo de Gran Nagus.

Mientras Kai Winn y Gul Dukat prosiguen con sus planes para acabar con los Profetas, los metamorfos descubren que el pueblo cardasiano se está levantando en armas contra ellos poniendo en peligro su estrategia en el Cuadrante Alfa, y anuncia severos castigos para los rebeldes.

Mientras Sisko, el almirante Ross y el general Martok ultiman la batalla final en el espacio, Kira y Garak lideran la resistencia cardasiana en la superficie del planeta, logrando adentrarse en el edificio principal hasta llegar a tomar el control de la sala desde la que la líder del Dominio y Weyoun estaban controlando sus fuerzas.