W pierwszym odcinku trzeciej serii Kalifornijskie Biuro Śledcze bada przypadek porwania znanego prawnika i lobbysty. Dyrektor biura chce przydzielić sprawę Patrickowi. Ten jednak ma wątpliwości na temat swoich dalszych związków z tą jednostką po spotkaniu twarzą w twarz ze swoim największym wrogiem, seryjnym mordercą Red Johnem.

Kiedy szwagier Jane'a, Danny Ruskin, wraca do miasta i wplątuje się w śledztwo, dotyczące zabójstwa, Patrick musi sięgnąć do swojej szemranej przeszłości i pomóc Danny'emu mimo osobistych zastrzeżeń.

Patrick Jane kolejny raz próbuje zmierzyć się z przywódcą sekty Bretem Stilesem, który ma dla niego informacje na temat Red Johna i zaginionej jasnowidzki Kristiny Frye.

Jane razem ze śledczymi bada sprawę zabójstwa mężczyzny skazanego za gwałt i zabójstwo, który po dziewięciu latach wyszedł z więzienia na podstawie wyników badań DNA.

Zespół Kalifornijskiego Biura Śledczego oraz Patrick Jane wkraczają do świata wyścigów konnych, po tym jak znalezione zostaje ciało zamordowanego dżokeja, a podejrzanych nie brakuje.

Na terenie pilnie strzeżonej posiadłości, należącej do bogatej rodziny, dochodzi do zabójstwa oraz zaginięcia. Sprawa nie daje spokoju Patrickowi Jane'owi oraz reszcie zespołu Kalifornijskiego Biura Śledczego.

Jane oraz towarzyszący mu śledczy cudem unikają śmierci, kiedy dochodzi do wybuchu w budynku, w którym badali sprawę gróźb śmierci. Tymczasem między Lisbon a miliarderem Walterem Mashburnem znowu zaczyna iskrzyć, kiedy spotykają się przy kolejnej sprawie.

Kiedy Patrick Jane zostaje porwany, Lisbon oraz zespół Kalifornijskiego Biura Śledczego skrupulatnie przeglądają sprawy przez niego prowadzone, żeby wytypować podejrzanych. Dochodzą jednak do wniosku, że jest ich zbyt wielu.

Patrick Jane przyjmuje pomoc ze strony miejscowego astrologa Ellisa Marsa, żeby rozwiązać zagadkową sprawę potrójnego morderstwa dwóch policjantów i narzeczonej ratownika medycznego.

Kalifornijskie Biuro Śledcze rozpoczyna dwutorowe działania w celu wykrycia zabójcy mężczyzny przebranego za Świętego Mikołaja. Patrick Jane przenika do grupy Anonimowych Alkoholików, a Rigsby i Van Pelt przepytują członków stowarzyszenia zrzeszającego Mikołajów. Z kolei po śmierci aresztowanej przez Biuro osoby, J.J. LaRoche musi przesłuchać członków zespołu.

Patrick Jane i zespół Kalifornijskiego Biura Śledczego wkraczają do świata sportów walki, kiedy podczas jednego z wydarzeń MMA zostaje znalezione ciało kobiety, mającej związki z jednym z zawodników. Tymczasem śledczy wydziału wewnętrznego LaRoche koncentruje swoją uwagę na Rigsbym, który jest zmuszony prosić Cho o wielką przysługę, żeby nie stracić pracy.

Kalifornijskie Biuro Śledcze podejmuje współpracę z profilerką kryminalną dr Montague, żeby rozwiązać sprawę podwójnego morderstwa. Jane odczytuje to jako wyzwanie do udowodnienia, że jego metody są znacznie lepsze.

Van Pelt musi zmierzyć się z krytyką, a jej pozycja w ramach Kalifornijskiego Biura Śledczego robi się niepewna, kiedy ginie świadek, do którego ochrony została przydzielona.

Kiedy współczesny poszukiwacz złota zostaje znaleziony martwy niedaleko kopalni tego kruszcu, a Lisbon doznaje kontuzji na wstępnym etapie śledztwa, agentka Hightower pierwszy raz rozpoczyna pracę w terenie w towarzystwie Patricka Jane'a.

Kalifornijskie Biuro Śledcze bada przypadek zabójstwa sprzedawcy antyków, którego ciało znaleziono w muzeum. Dowody wskazują, że sprawcą może być osoba z ich zespołu.

Na polu golfowym znalezione zostaje ciało lekarza. Zespół Kalifornijskiego Biura Śledczego szuka sprawcy wśród personelu szpitala oraz jego pacjentów. Tymczasem LaRoche przejmuje kierownictwo w Biurze, a jego pierwszą decyzją jest mianowanie Cho dowódcą zespołu.

Patrick Jane i zespół Kalifornijskiego Biura Śledczego próbują znaleźć zabójcę mężczyzny, który twierdził, że padł ofiarą porwania przez kosmitów, a którego ciało znika z furgonetki koronera. Tymczasem Van Pelt w wolnym czasie szuka odpowiedniej sukni ślubnej. W roli arystokratycznej teściowej ofiary występuje gościnnie Frances Conroy.

Patrick Jane postanawia udowodnić, że piękna, ale przewrotna swatka (w jej roli gościnnie Morena Baccarin) jest winna śmierci męża, którego ciało znaleziono w porcie jachtowym.

Patrick Jane musi zająć się dwoma nieudanymi włamaniami. Podczas jednego zamordowany został właściciel warsztatu. Drugiego próbował dokonać Donny Culpepper, były podejrzany, któremu Jane zlecił dostanie się do domu LaRoche'a.

Kiedy strażnik więzienny zostaje zamordowany przed sklepem jubilerskim, Patrick Jane podejrzewa, że sprawcą jest jeden z byłych osadzonych. W efekcie Rigsby musi sprawdzić, co o zabójstwie może wiedzieć jego ojciec.

Zastrzelona zostaje młoda skrzypaczka. Patrick Jane przesłuchuje w tej sprawie jej kolegów z orkiestry symfonicznej. Z kolei Cho poznaje młodocianego kieszonkowca.

W podwójnym odcinku finałowym trzeciej serii zdemaskowany zostaje informator Red Johna wewnątrz Kalifornijskiego Biura Śledczego. Patrick Jane mierzy się z nim twarzą w twarz w wybuchowym pojedynku, który okazuje się mieć szokujące konsekwencje.

W podwójnym odcinku finałowym trzeciej serii zdemaskowany zostaje informator Red Johna wewnątrz Kalifornijskiego Biura Śledczego. Patrick Jane mierzy się z nim twarzą w twarz w wybuchowym pojedynku, który okazuje się mieć szokujące konsekwencje.