Nachdem Großvater Max verschwunden ist, beschließen Ben und seine Cousine Gwen, Max’ letzten Job zu Ende zu bringen. Auf der Suche nach ihrem Großvater führt Magister Labrid sie zu einer Gruppe der ewigen Ritter, die Waffenhandel mit den DNAliens betreiben.

Auf der Flucht vor einem Drachen stoßen Ben und die anderen auf eine Armee der Ewigen Ritter. Magister Labrid wird getötet, als er versucht, Kevins Leben zu retten. Kevin schließt sich Ben und Gwen an, um ihnen bei der Suche nach ihrem Großvater zu helfen.

Alan wird wegen Brandstiftung und Sachbeschädigung verhaftet. Als der Sheriff sein Abzeichen konfisziert, löst er ein Signal aus, das Kevin, Ben und Gewn zu Alan führt.

Schließlich fangen Ben und Gwen an, Kevin zu vertrauen. Doch da beschließt Kevin, Max’ RV zu stehlen, in der Hoffnung, ihn gegen außerirdische Technologien eintauschen zu können.

Ben, Gwen und Kevin sind dabei, neue Mitglieder zu rekrutieren. Ein Junge namens Mike ist der Erste auf ihrer Liste. Ben und Gwen vertrauen ihm auf Anhieb, aber Kevin bleibt skeptisch. Wie sich herausstellt, ist Mike für die Attacke einer Gruppe von Zombie-Schulmädchen verantwortlich.

Gwens älterer Bruder Ken ist abgängig. Sie bittet Ben und Kevin um Hilfe bei der Suche nach ihm. Dabei stoßen die Freunde auf Parasiten, die Menschen in DNAliens verwandeln. Ken ist infiziert, aber Ben gelingt es, den Parasiten dank seines Omnitrix zu entfernen. Schließlich finden sie sogar Großvater Max.

Gwen trifft auf ihre Großmutter Verdona und ihr wird klar, woher ihre Kräfte kommen. Verdona möchte Gwen auf ihren Heimatplaneten bringen, wo sie lernen kann, ihre Kräfte vollständig zu kontrollieren. Aber Gwen weigert sich.

Nachdem sich Ben gegen TJ und Cash behauptet hat, beschließen die beiden, Kevins Auto zu demolieren, um ihren Ruf wieder herzustellen. Im Auto finden sie den Laser-Handschuh eines Roboters, den Ben und die anderen die Nacht zuvor besiegt haben. Als Cash den Handschuh anzieht, verwandelt er sich in den besagten Roboter.

Eine unbekannte Kreatur durchstreift eine verlassene Stadt. Alles, was das Wesen berührt, altert schneller als gewöhnlich. Ben, Gwen und Kevin treffen bei ihren Nachforschungen auf Paradox, einen Wissenschaftler der 1950er. Paradox’ Experimente mit Zeitreisen haben dazu geführt, dass er, ohne zu altern, seit 100.000 Jahren losgelöst von Zeit und Raum existieren konnte.

Die Ewigen Ritter brauchen Hilfe beim Kampf gegen einen Drachen, den sie 1.000 Jahre lang unter ihrem Schloss gefangen gehalten haben. Kevin organisiert ein Treffen zwischen Ben und den Ewigen Rittern, um ihnen zu helfen. Der erste Versuch, den Drachen zu töten, schlägt fehl. Ben stattet den Drachen mit einem Übersetzungsgerät aus. Es stellt sich heraus, dass der Drache ein Karten-Ersteller war, bevor er gefangen genommen wurde.

Kevin wird entführt, da er für einen Außerirdischen gehalten wird. Nachdem er gerettet ist, arbeiten Ben, Gwen und Kevin mit den Entführern zusammen. Ben muss feststellen, dass in der Vergangenheit immer wieder Unschuldige gefangen genommen wurden. Um den Fehler wieder gutzumachen, beschließt die Gruppe, die Betroffenen zu befreien.

Milleous hat vor, die Erde zu zerstören, weil seine Tochter Attea entführt worden ist. Ben verwandelt sich in eine neue Alienform, in der noch zwei weitere Persönlichkeiten stecken. Da sich die beiden nicht einig werden, kann sich Ben nicht mehr zurückverwandeln. Kevin und Gwen versuchen unterdessen, Ben zu beschützen und die Erde zu retten.