ผู้การช่างประปาได้มายังโลกเนื่องจากถูก มอนิ่งสตาร์ แจ้งว่า ทั้ง 3 ได้แอบอ้างทำตัวเป็น ช่างประปา แล้วทำตัวผิดกฎ ทั้งนี้ มอนิ่งสตาร์ ทำเพื่อจะแก้แค้นทั้ง 3 ที่ได้นำพลังความสุขของเขาไป แต่กลายเป็นทำให้เขามีพลังมากขึ้น และเขาได้ตั้งชื่อใหม่ว่า ดาร์กสตาร์ โดยเขาจะดูดพลังแห่งความมืดไป และทำคนๆนั้นแก่ลง และ เหนื่อย หรือ ตายไป

เบ็น กับ ไฮบรีด ได้เข้าไปอยู่ในอีกมิติแห่งเวลาที่ส่งเขาไปยังดวงดาวทะเลทราย ที่มีแต่สัตว์ร้ายหน้าตาประหลาด คอยจะฆ่าทั้ง 2 ทั้ง 2 จึงต้องต้องร่วมช่วยกันสู้เพื่อออกไปจากดาวนี้ และ ทำให้ความคิดของไฮบรีดเปลี่ยนไปในทางที่ดีขึ้นกับ เบ็น(เบ็นได้ตั้งชื่อไฮบรีดตัวนั้นว่า ไรน์นี่ แต่ความจริงไฮบรีดที่มายังโลกมีหลายตัว)

อัลบีโด่ เอเลี่ยนสายพันธุ์ กัลวิ่น(เกรย์ แมตเตอร์) ได้มาตามหาเบ็นโดยมีจุดประสงค์ที่จะให้เบ็นถอดออมนิทริกซ์ออก เป็นเพราะว่าเขาได้แอบสร้างออมนิทริกซ์อีกอันหนึ่งขึ้นมา และพอเขาสวมมันทำให้ DNA ของเขาเชื่อมโยงกับเบ็น จึงทำให้อัลบีโด่กลายร่างเป็นเบ็น โดยเขาต้องการออมนิทริกซ์ของเบ็นเพราะเนื่องจากออมนิทริกซ์ของเบ็นนั้นมี DNA ของกัลวิ่นอยู่ แต่เบ็นปฏิเสธ(ถ้าเบ็นให้ออมนิทริกซ์เบ็นจะต้องเสียมันไปตลอดกาล) จึงทำให้ เบ็น และ อัลบีโด่ ได้ปะทะกัน โดยทั้ง 2 ต่อสู้กัน จนออมนิทริกซ์ 2 อันติดเข้าด้วยกัน แอสมัสได้ออกมาห้ามไว้แล้วบอกว่าออมนิทริกซ์สามารถมีได้แค่อันเดียวเท่านั้นอัลบีโด่จึงถูกส่งกลับดาวและได้เข้าคุก เนื่องอัลบีโด่จากมีพลัง และ นิสัยทุกอย่างเหมือนกัน จึงทำให้ครั้งนี้เบ็นได้เรียนรู้ในการสู้กับตัวเอง

บิ๊ก ชิลล์ ร่างเอเลี่ยนที่อยู่ในออมนิทิกซ์เกิดมีอาการผิดปกติขึ้นมา จึงทำให้เบ็นมีนิสัยเปลี่ยนไป และ ไม่รู้ตัวว่าตนทำอะไรไปตอนเปลี่ยนร่าง เขาจึงขอให้จูลี่ ช่วยบันทึกจดจำเพื่อให้เบ็นรู้ว่า เขาทำอะไรลงไปบ้าง ในตอนท้ายเบ็นรู้ตัวว่าได้ตัวเองเป็นแม่กำเนิดลูก ในทุกๆ 80 ปีของเอเลี่ยนเผ่าพันธุ์ บิ๊ก ชิลล์ จึงทำให้เบ็นทำตัวเหมือนผู้หญิง (แม่)ในตอนแรกเพราะเหตุนี้

เควินได้ไปขอความช่วยเหลือจาก คูเปอร์ ยอดอัจฉริยะด้านเทคโนโลยี(จากภาคแรก)ให้มาซ่อมแซมวงแหวนมิติ แต่กลับกลายเป็นทั้ง 3 คนต้องช่วยเหลือคูเปอร์แทน คูเปอร์ถูกดีเอ็นเอเลี่ยนจับไปเป็นเวลานานและถูกกดขี่ทุกอย่าง และเบ็นได้รู้ว่าเหล่ากองทัพดีเอ็นเอเลี่ยนได้สร้างกองทัพที่ถูกล่องหนไว้ในเมืองร้างที่กำแพงด้านซ้าย ที่เขาเคยมาที่นี่

กลุ่มอัศวินอมตะ ต้องการเทคโนโลยีต่างดาวขั้นสูงเกินวิทยาการมนุษย์มาใช้เพื่อทำลายเผ่าพันธุ์มังกร ที่เคยหลุดหนีไปได้โดยเบ็นช่วยไว้ในตอนนั้น แต่เขาต้องการผู้ที่สามารถควบคุมวิทยาการขั้นสูงนี้ จึงต้องพึ่งชิพ จึงได้ตามล่าชิพ เมื่อชิพถูกจับไป ทำให้พวกเบ็นต้องมาช่วย ซึ่งชิพนั้นถูกควบคุม ไมโครทำให้ชิพตกอยู่ในการควบคุมของกลุ่มอัศวินอมตะ และชิพถูกใช้งานให้แปลงเป็นอาวุธอันตราย เพื่อกำจัดพวกเบ็น แต่จูลี่ สามารถควบคุมไม่ให้ชิพทำตามคำสั่งของกลุ่มอัศวินไว้ได้

เบ็นถูกพ่อแม่กักบริเวณ เนื่องจากพ่อแม่เห็นเบ็นต้องไปเสี่ยงกับการกอบกู้โลก โดยห้ามติดต่อกับเพื่อนๆทั้งสิ้น ทำให้ต้องให้เควินรับมือคนเดียว เนื่องจากเกวนก็ถูกกักบริเวณเช่นเดียวกัน เพราะเบ็นโบ้ยความผิดให้เกวน ในระหว่างที่พ่อแม่เบ็นถามถึงต้นเหตุ

เฮเลน และ แมนนี่ เหล่าช่างประปารุ่น Junior ได้ขอความช่วยเหลือให้พวกเบ็นมาช่วยที่มิตินอล แต่เบ็นของอาสาไปมิตินอลคนเดียว โดยให้เกวนและเควินอยู่ข้างนอกไว้คอยดูแลโลก ซึ่งเบ็นเจอกับฝูงเอเลี่ยนที่เข้ามาทำร้ายและขโมยของ เพราะโดนศัตรูเก่าวัยเด็กของเบ็นนามว่า ดร.เอนิโม่ แต่เขาได้เรียกตัวเองว่า นาวอยด์ ซึ่งเขาได้แข่งเกร่งขึ้นจากเดิมมาก เพราะได้แหล่งพลังงานจากที่ขโมยมาใช้ ทำให้เบ็นต้องรวมตัวกันทำเป็นทีมเวริค โดยเจอปู่แม็กซ์ ที่ทุกคนต่างเรียกว่า ท่าน "ประแจ"ที่ตกเข้ามาอยู่ในมิตินอล จากตอนที่ระเบิดตัวเองกับไฮบรีดเพื่อพลีชีพ เข้ามาช่วยเหลือด้วยการถล่มฐานทัพ นาวอยด์ ในครั้งนี้ด้วย

ไทเลอร์ หนุ่มนักศิลปินที่ถูกตัวซีโนไซส์ครอบงำให้เป็นดีเอ็นเอเลี่ยนได้รับคำสั่งให้นำของไปส่ง ในระหว่างที่นำของไปส่ง ได้จำความได้ว่าตนเคยเป็นมนุษย์จึงได้พยายามหนีจากเหล่าดีเอ็นเอเลี่ยน และได้มาช่วยเหลือพวกเบ็น โดยบอกแผนการต่างๆที่ พวกไฮบรีดวางแผนที่จะทำลายร้างโลก และเขารู้เรื่องต่างๆเกี่ยวกับกลุ่มดีเอ็นเอเลี่ยนได้เป็นอย่างดี สุดท้ายเขาได้ออมนิทิกซ์ของเบ็นช่วยไว้ ให้กลับร่างมาเป็นมนุษย์ปกติอีกครั้ง

เอเลี่ยนเผ่าพันธุ์ อาแร็กน่า พานิสคัส(สไปเดอร์มังกี้)นามว่า ซีเมี่ยน ได้มาเข้าช่วยต่อสู้กับเบ็นในตอนแรก เพื่อให้เบ็นเห็นความดีของเขา และอ้างว่าไม่รู้จักพวกศัตรูที่มาสู้ด้วย พร้อมบอกว่าตนกำลังลำบาก ทำให้เบ็นเชื่อใจ และรับความช่วยเหลือของเขา โดยการไปขโมย คริสตัล ที่อยู่บนดวงจันทร์ ซึ่งคริสตัลนี้เป็นศูนย์กลางพลังให้โลกมีความสมดุล แต่พวกเบ็นไม่รู้ และช่วย ซีเมี่ยนขโมยมันออกมา แต่ระหว่างการไปขโมย เบ็นรู้สึกเอ่ะใจ กับการกระทำของซีเมี่ยนต่างๆ และได้รู้ความจริง จากผู้ดูแลดวงจันทร์โดยเบ็นเรียกเขาว่า ลู เบ็นจึงต้องขัดขวางการกระทำของ ซีเมี่ยน โดยการหลอกล่อใส่คริสตัลลงกล่อง สุดท้ายซีเมี่ยนนำกล่องไปได้ แต่เปิดมาเป็นแค่ ที่หยอดหู เพราะเบ็นเก็บคริสตัลไว้อีกที่หนึ่ง

ดีเอ็นเอเลี่ยนได้รับคำสั่งในการขุดเจาะในเหมืองร้าง ซึ่งเป็นที่ๆเอเลี่ยนทั้ง 3 ตัวถูกจำศีลอยู่ในนี้เป็นเวลานาน ซึ่งมีเอเลี่ยนตัวหนึ่งได้หลุดออกจากการหลับใหลที่กระเปาะ และ ได้เข้าไปก่อกวนในเมืองโดยการขโมยสิ่งของต่างๆที่เธอพบและอยากได้มาทั้งหมด ซึ่งในตอนแรกนั้นพวกเบ็นคิดว่า เธอจะขโมยไปเพื่อสร้างของบางอย่าง แต่ในที่สุดก็ได้รู้ว่า เอเลี่ยนเธอคนนี้เป็นวัยเด็กเพศเมีย ขโมยของมาเพื่อเล่น พวกเบ็นจึงต้องพาเธอกลับไปในที่ๆเธอมา ในระหว่างที่พาส่งกลับ ก็ต้องปะทะกับเหล่าดีเอ็นเอเลี่ยนในในใต้เหมืองเช่นเคย

ดาวของแอสมัท เอเลี่ยนที่ฉลาดที่สุดในจักรวาลที่เป็นผู้สร้าง ออมนิทิกซ์ขึ้นมาได้ถูกยานอวกาศของพวกไฮบรีดบุก ทำให้ต้องหนีไปยังโลกมนุษย์ เพื่อเตือนพวกเบ็น โดยพาราดอกซ์เป็นคนพามา และได้อธิบายเรื่องราวต่างๆ แอสมัทได้ปลดล็อกตัวละครเอเลี่ยนทั้งหมดที่มีอยู่ในออมมินิทิกซ์ แต่ไม่เชื่อใจในตัวเบ็นว่าเบ็นจะสามารถกำจัดสิ่งเลวร้ายที่จะเกิดขึ้นได้ แต่เบ็นก็ได้ฝืน โดยการเรียกรวมพล เหล่าช่างประปา และ เพื่อนๆ[จูลี่,อลัน,คูเปอร์] โดยครั้งนี้เบ็นจำเป็นจะต้องมีคนช่วยจำนวนมาก จึงได้ปล่อย ดาร์กสตาร์ออกมา เพื่อร่วมช่วยด้วย และได้บุกเข้าไปในฐานลับของไฮบรีด ที่เมือง ลอส โซลีแดท จนบุกไปถึงประตูมิติที่เป็นแหล่งของไฮบรีด ทุกคนต่างช่วยกันพังประตูมิติ แต่ไม่สามารถพังได้เพราะมันแข็งแรงเกินไป จนสุดท้าย เบ็นต้องใช้เอเลี่ยนเวย์บิ๊ก ถล่ม แต่ไม่ทันเพราะ ไฮบรีดชั้นสูง(หัวหน้า) ได้ปล่อยยานของมัน ออกมาจากประตูแล้ว

ทุกคนต่างใช้ปืนทำลายรหัสพันธุกรรมของดีเอ็นเอเลี่ยน ที่คูเปอร์สร้างเลียนแบบจากออมนิทิกซ์ของเบ็นขึ้น และ จูลี่ อลัน คูเปอร์ พาราดอกซ์ แอสมัทแยกย้าย ช่วยกันยิงใส่ดีเอ็นเอลี่ยนเพื่อกลับมาเป็นคนปกติ ส่วนเบ็นเกวนเควิน บุกเข้าฐานที่ไฮบรีดอยู่ เพื่อหยุดยั้งคำสั่งที่ยานบุกโลก