Für Jim läuft es nicht gut: Er wurde in den uniformierten Dienst degradiert und nach einer Handgreiflichkeit mit einem Kollegen gefeuert. Kurzerhand bittet er Gothams neuen König, Pinguin, um Hilfe. Der macht ihm einen unmoralischen Vorschlag. Indes dringen Bruce und Alfred in die geheimen Kellergewölbe von Bruces Vater ein. Dort findet Bruce einen Brief seines Vaters, in dem steht, dass er sich auf seinem Lebensweg entweder für Glück oder die Wahrheit entscheiden muss …

Galavan stellt eine Truppe aus Verbrechern zusammen; die Maniax sollen für Chaos und Schrecken in der Stadt sorgen. Bei einem Angriff auf das Gotham City Police Department wird Commissioner Essen getötet. Jim wird indessen von Barbara aus dem Revier gelockt. Bruce sucht im Computer seines Vaters nach Geheimnissen von Wayne Enterprises. Alfred hingegen hat Angst um seinen Schützling und zerstört aus Sorge den Rechner.

Nach dem Massaker im Gotham City Police Department ist Gordon auf der Jagd nach Jerome. Die Spur führt zu dessen Vater. Als Bullock und Gordon ihn aufsuchen wollen, finden sie ihn jedoch tot auf. Bei einer Wohltätigkeitsgala ermordet Jerome den stellvertretenden Bürgermeister. Als er schließlich auch noch Bruce zu töten versucht, bringt Galavan den Attentäter um und wird so zum Helden des Abends. 

Penguin ist auf der Jagd nach dem Drahtzieher, der hinter dem Arkham-Ausbruch steckt. Schließlich wird er von Galavan eingeladen. Dort erfährt er nicht nur mehr über dessen dunklen Pläne, sondern auch, dass er die Kandidaten, die sich zur Wahl des Bürgermeisters stellen, ermorden soll. Derweil stellt sich auf dem Revier ein neuer Polizeichef vor. Captain Barnes rekrutiert für eine neue Spezialeinheit des GCPD einige Abgänger der Polizeiakademie.

Penguin versucht weiterhin einen Weg zu finden, seine Mutter zu befreien und gegen Galavan vorzugehen. Während er in dessen Auftrag mehrere Brandanschläge plant, kommt ihm eine Idee, wie er Galavan den Garaus machen kann. Galavan bittet indes Jim um Unterstützung bei seiner Wahlkampagne. Der lehnt zuerst ab, ändert jedoch seine Meinung, nachdem ein Kollege bei einem Einsatz ums Leben gekommen ist. Jim wird klar, dass er Rückhalt von der Politik benötigt, um Dinge zu ändern

Penguins Plan, Butch bei Galavan einzuschleusen scheint zunächst aufzugehen, bis Butch beim Spionieren erwischt wird und somit zwischen die Fronten gerät. Indes hilft Selina Bridgit an Geld zu kommen, damit sie die Stadt verlassen kann. Gemeinsam überfallen sie eine Untergrundauktion. Allerdings werden sie von einer Überwachungskamera gefilmt, sodass Jim Gordon Selina auf die Schliche kommt …

Penguin wird von Butch in das Lagerhaus, in dem seine Mutter gefangen gehalten wird, gelockt. Dort wartet Galavan bereits auf ihn, und Tabitha tötet Penguins Mutter vor dessen Augen. Als dem wütenden Penguin die Flucht gelingt, lässt Galavan den Ausnahmezustand ausrufen und fordert seine Verhaftung. Indessen verbringen Bruce und Silver viel Zeit miteinander. Selina ist skeptisch, und bei einem Besuch bei Bruce offenbart Silver ihre dunkle Seite … 

Jim Gordon will Theo Galavans Pläne schnellstmöglich vereiteln. Doch der Schurke ist ihm einen Schritt voraus, denn die von ihm manipulierte Barbara Kean lockt Gordon in eine Falle. Edward Nygma möchte derweil die Leiche von Miss Kringle im Wald vergraben. Dabei trifft er auf Penguin, der sich versteckt hat und ihn um Hilfe bittet.

Gordon und Barnes suchen nach Galavans Verhaftung in dessen Wohnung nach Beweismitteln. Dabei werden sie von Eduardo Flamingo angegriffen, einem gefährlichen Auftragskiller, der von Tabitha engagiert wurde. Penguin kommt derweil in Nygmas Wohnung wieder zu Bewusstsein, wo sich Nygma um seine Wunden kümmert. Bruce lädt Silver ein, weil er hofft, dass er von ihr Informationen über den Mörder seiner Eltern erhalten kann. Alfred ist nicht besonders begeistert von Bruces Vorgehen.

Galavans Anhörung vor Gericht steht an. Er wird schließlich freigesprochen, weil Aubrey James seine Aussage widerruft. Der wütende Gordon greift daraufhin Galavan an und wird verhaftet. Derweil schmiedet Bruce mit Selinas Hilfe einen Plan, um Silver endlich zum Reden bringen. Kommt Bruce tatsächlich endlich hinter die Identität des Mörders seiner Eltern?

Jim wurde von Penguin gerettet, und die beiden beschließen, Galavan gemeinsam den Garaus zu machen. Indes soll die von Galavan manipulierte Silver Bruce dazu bringen, sich in sie zu verlieben. Doch der durchschaut ihren Plan …

Gordon ist nach Galavans Tod nach Gotham zurückgekehrt und bekommt seinen Job wieder; der wahnsinnige Penguin wird derweil nach Arkham gebracht. Dort praktiziert auch ein gewisser Victor Fries. Der Wissenschaftler plant, seine todkranke Frau einzufrieren und ein Heilmittel zu finden, um sie dann zu reanimieren. Um die richtige Formel für das Einfrieren und Auftauen zu erforschen, entführt er Menschen und unterzieht diese Experimenten im Keller seines Hauses.

Die Jagd auf Victor Fries ist in vollem Gange. Der Plan, seine Frau als Köder zu verwenden, um ihn so nach Arkham zu locken, funktioniert. Allerdings ist Dr. Strange sehr interessiert an Fries’ Formel und verhilft ihm wenig später wieder zur Flucht. Alfred hat derweil den echten Namen des Mörders von Bruces Eltern herausgefunden. Bruce bittet daraufhin Selina, ihm eine Pistole zu besorgen.

Bruce und Alfred machen sich auf die Suche Matches Malone, der Bruce’ Eltern getötet hat. Als sich Alfred verletzt und ins Krankenhaus muss, ist Bruce auf sich allein gestellt. Schließlich findet er Malone; er entscheidet sich jedoch dagegen, ihn zu erschießen, da der Mann nur einen Auftrag ausgeführt hat. Bruce will den Auftraggeber zur Rede stellen. Derweil wird Penguins Behandlung nach einigen Tests durch Doktor Strange als beendet erklärt. 

Der rachsüchtige Nygma will Gordon um jeden Preis aus dem Weg räumen. Während Gordon einem vermeintlichen Kunsträuber und Bombenleger auf der Spur ist, tappt er in Nygmas Falle. Wenig später wird er wegen eines Mordes, den er nicht begangen hat, verhaftet und verurteilt. Indessen wurde Pinguin aus Arkham entlassen und trifft am Grab seiner Mutter auf seinen totgeglaubten Vater. 

Jim Gordon wurde verhaftet und sitzt im Gefängnis. Derweil versucht Bullock, die Unschuld seines Partners zu beweisen; allerdings kommt er keinen Schritt voran. Schweren Herzens bittet er schließlich Don Falcone um Hilfe. Penguin hingegen genießt sein neues Familienleben. Als sich herausstellt, dass sein Vater krank ist, beschließt Grace, den vermeintlichen Alleinerben Penguin aus dem Weg zu schaffen …

Bruce lebt mittlerweile mit Selina auf der Straße. Um Gordon aus seiner misslichen Lage heraushelfen zu können, muss er jedoch wieder nach Hause, wo er eine schwerwiegende Entscheidung treffen muss. Gordon ist weiterhin auf der Jagd nach der Person, die ihm den Mord an Pinkney angehängt hat. Er bittet Nygma um Hilfe …

Auf dem Computer seines Vaters Thomas stößt Bruce auf Hinweise, die ihn zu Karen Jennings und nach Pinewood führen. Karen war das erste Versuchsobjekt von Dr. Strange, das aber gerettet wurde. Gordon geht derweil weiterhin seinen eigenen Ermittlungen nach und erhält Unterstützung von der gerade aus Arkham entlassenen Barbara.

Galavan kann sich nicht mehr an seine Vergangenheit erinnern. Dr. Strange verleiht ihm daraufhin eine neue Persönlichkeit: „Azrael“, eine mythische Figur aus den heiligen Schriften von Galavans Familie. Dr. Strange beauftragt ihn, Gordon zu töten. Als Azrael in das Polizeirevier eindringt, kommt es zu einem Kampf zwischen Captain Barnes und Azrael. Dabei wird Barnes schwer verletzt …

Bullock und Gordon sind weiterhin auf der Suche nach Azrael. Die Spur führt zu Dr. Strange, doch der hat bereits alle möglichen Beweise gegen ihn vernichtet. Als Gordon und Bullock Tabitha um Hilfe bitten, führt sie die beiden in die Gruft der Dumas, in der ein legendäres Schwert liegt. Plötzlich taucht Azrael auf, der sich mithilfe von Tabitha an Teile seiner Vergangenheit erinnert und damit auch an seinen ursprünglichen Plan, Bruce Wayne zu töten …

Nachdem Barnes schwer verletzt wurde, wird Bullock zum Captain ernannt. Gordon, Bruce und Lucius überlegen sich, wie sie Selina aus Arkham befreien sollen. Ihr Plan geht allerdings schief und sie werden gefangen genommen. Dr. Strange erweckt indes mehrere Tote wieder zum Leben; allerdings fehlt allen jegliche Erinnerung an ihr früheres Leben. Lediglich Fish Mooney weiß, wer sie ist …

Gordon, Lucius und Bruce sind immer noch in Dr. Stranges Gefangenschaft. Der Rat, dessen Befehle Strange ausüben soll, besteht auf die Schließung von Arkham und die Tötung der Gefangenen. Als die Polizei vor den Toren Arkhams steht, wird sie jedoch durch einen Doppelgänger Gordons aufgehalten. Die Evakuierung der Gefangenen verläuft wie geplant – bis Fish Mooney ihre neuen Kräfte einsetzt. Wird Gotham der neuen Bedrohung standhalten?