Scorpion es un desastre, hasta que llega el Agente Gallo pidiendo su ayuda. El aeropuerto de Los Angeles (LAX) adquirió un virus en la actualización perdiendo la comunicación con los vuelos,no pueden llegar a LAX por tanto necesitan una conexión fiable y van al restaurante donde Walter conoce a Ralph un niño genio y su mamá Paige.Ella los ayuda en su coordinacion y orden ¿Lograrán recuperar la conexión?

El equipo es llamado por el gobernador cuando su hija es víctima de biohacking y tiene sólo 24 horas de vida. La misión ha causado en Walter una herida pues recibe una carta con respecto a su hermana y el empeoramiento de la esclerosis múltiple de Megan. Toby se acerca a su ex - novia, y Cabe se acuerda de la pérdida de su propia hija mientras trabajan este caso.

Después de dar negativo en un ejercicio de entrenamiento militar ordenado por el Director Merrick , el equipo está decidido a demostrar su valía . Cuando la infraestructura de Internet se ve amenazada por ataques con bombas al azar alrededor de la ciudad , crean su propia operación para encontrar el bombardero . Cabe les quita la misión por desobedecer las órdenes , mientras que Paige intenta encontrar su lugar en el equipo .

El equipo de Scorpion quiere trabajar fuera del gobierno y aceptan un trabajo a pesar de las objeciones de Cabe. Viajan a Las Vegas para ayudar a un casino que está perdiendo dinero en las mesas de blackjack. Walter ve un atraco a punto de suceder , pero se le acusa de ser el autor intelectual del robo y es enviado a la cárcel. Sin embargo , su equipo es capaz de resolver el caso y exonerarlo

Un reactor nuclear en una central eléctrica de Los Ángeles, con un sistema desactualizado se acerca a un colapso catastrófico. Walter tiene que contar con la ayuda del genio Mark Collins, un ex miembro del equipo con problemas que lo llevó "por la madriguera del conejo", lo que él llama un estado disociativo de años de pensamiento inteligente, para resolver el caso.

Hetty Lange ayuda a los amigos de Scorpion a resolver un fraude de arte de alta gama.

El equipo de Walter y los demás integrantes de Scorpion intentan capturar a unos convictos escapados de prision.

Scorpion le pide a un artista de música ayuda después de que cree un algoritmo que puede producir canciones populares y pueden encontrar al asesino de un blogger de música.

El equipo Scorpion debe ayudar a proteger a la ex esposa de Cabe después de que ésta descubre evidencias que sugieren juego sucio en la muerte de un importante congresista.

El equipo debe recuperar tecnología de espionaje de un avión militar que fue derribado en Bosnia. Las hermanas de Walter visitan el garaje con Sylvester.

Sylvester se lesiona gravemente cuando se dispara accidentalmente un artefacto explosivo durante una investigación y el equipo Scorpion busca quién es el responsable.

Un niño de 10 años se queda atrapado en un agujero entre las piedras cerca de la playa y el equipo debe rescatarlo antes de que se llene de agua.

El equipo intenta ayudar a Ralph cuando es retenido por el FBI después de que su juego online revele la localización de una casa franca de la CIA.

El equipo trabaja con un ex agente del Servicio Secreto con una lesión, que intenta restaurar sus recuerdos para evitar un lanzamiento nuclear desde un sitio secreto estadounidense.

El equipo Scorpion se adentra de incógnito en un crucero para localizar y deshabilitar cohetes robados. Mientras tanto, el día de San Valentín se acerca; Toby y Happy ayudan a Ralph que está viviendo su primer flechazo.

El equipo viaja a México cuando un billonario tecnológico los contrata para rescatar a su hija. Además, Walter hiere los sentimientos de los demás tras dar una entrevista y no mencionar a ningún otro miembro del grupo.

Cuando un conflicto en Europa del este amenaza con escalar, el equipo es llamado para facilitar la paz secreta que prevendría una tercera guerra mundial.

Durante una misión para salvar a dos excursionistas perdidos, el helicóptero del equipo Scorpion se estrella, creando un violento fuego que se cernirá sobre ellos.

Para proteger a un testigo clave que está en camino de testificar contra un cártel de drogas, el equipo debe fugarse con la testigo y con los delicuentes pisándole los talones.

Walter por fin conoce el secreto de Cabe sobre la misión de Baghdad y amenaza con destruir al equipo Scorpion. Y la vida de Paige tiembla cuando Ralph pone su vida en peligro para ayudar al equipo.

El equipo esta destrozado y con un futuro incierto pero deben unirse una vez más mientras la vida de Walter corre peligro.