被无法与人类沟通的异生物·奇居子破坏的太阳系，只剩下一小部分的人类尚存活。他们为了生存制作了如同小行星般巨大的宇宙播种船希德尼娅，并在宇宙中进行旅行。

经过了1000年后，时值希德尼娅出航纪元1009年，由地下层部培育的少年谷风长道自祖父死后而来到上层市区。并入学巨大人型兵器“卫人”的操控师训练学校，这也是谷风长道首次与外界人接触。

令谷风长道首次抱有异性意识的女性是星白闲，谷风长道首次的友人是无性别的科户濑伊札那，令谷风长道意识到挫折的少年是岐神海苔夫。

在和各式各样的训练师一同度过校园生活的谷风长道，获得了首次的任务。虽然不是非常艰难的任务，但在谷风长道和队友们面前，突然出现了奇居子。遭遇沉寂了100年后的突袭，作为人类的谷风长道将如何抉择？

关乎人类存亡的战斗由此开始了。

En original animeserie om Nagate, en ung dreng af ringe stand, der er født i et samfund af genetisk modificerede mennesker. For 1000 år siden flygtede de fra Jordens undergang og bor nu på det store rumskib Sidonia. Da det viser sig, at Nagate er en dygtig pilot, bliver han en af Sidonias elitesoldater i kampen mod de fremmede, formskiftende Gauna-monstre, der vil udrydde menneskeheden. Serien er baseret på den populære japanske mangaserie.

対話不能の異生物・奇居子に破壊された太陽系。かろうじて生き残った人類の一部は、小惑星を船体とした巨大なる宇宙船シドニアで繁殖しながら宇宙を旅する道を選んだ。それから約1000年の時を経たシドニア出航紀元1009年。最下層部でひっそりと育てられた少年・谷風長道が、祖父の死を期に街へ出る。長道は人型巨大装甲・衛人の操縦士訓練学校に入学することになり、そこで初めて祖父以外の人間と触れあっていく。長道が初めて異性と意識する少女、星白閑。長道の初めての友人となった男でも女でもない人間、科戸瀬イザナ。長道の活躍に苛立ちを覚える少年、岐神海苔夫。様々な訓練生たちと学校生活を送る中、ついに長道たちに初任務が下される。それは決して困難な任務ではないはずだった。しかし長道たちの前に突如、奇居子が出現。100年ぶりとなる脅威との遭遇に、人類は、長道は、何を選択するのか？人類の存亡をかけた戦いが今、始まる――。

대화가 불가능한 외계 생명체, 가우나에 의해 파괴된 태양계. 간신히 살아남은 인류의 일부는 소행성을 선체로 한 거대한 우주선 시도니아에서 번식하며 우주를 여행하는 길을 택했다. 그로부터 약 1000년의 시간이 흐른 서기 1009년, 시도니아 출항. 최하층부에서 조용히 자란 소년 '타니카제 나가테'는 할아버지의 죽음을 계기로 도시로 나간다. 나가테는 인간형 거대 갑옷인 '모리토'의 조종사 훈련학교에 입학하게 되고, 그곳에서 처음으로 할아버지가 아닌 다른 인간을 만나게 된다. 나가테가 처음으로 이성으로 의식하게 되는 소녀, 호시지로 시즈카. 나가테의 첫 친구가 된 남자도 여자도 아닌 인간, 시나토세 이자나. 나가테의 활약에 짜증을 느끼는 소년, 쿠나토 노리오. 다양한 훈련생들과 함께 학교생활을 하던 중, 드디어 생도들에게 첫 임무가 주어진다. 그것은 결코 어려운 임무가 아니어야 했다. 100년 만의 위협에 직면한 인류는 과연 어떤 선택을 하게 될까? 인류의 생존을 건 싸움이 지금 시작된다.

Тысячу лет назад неизвестная раса Гауна уничтожила Солнечную систему. Эти гигантские, практически неуязвимые существа не обладали разумом. Выжившие земляне покинули Солнечную систему на космических кораблях «Сидония», благодаря чему человеческий род был спасён. В своих странствиях по космосу, спасаясь от преследования инопланетных существ, люди научились создавать пилотируемые механизмы для собственной защиты. Вся жизнь Нагатэ Таникадзэ прошла в одиночестве на космическом корабле. После того как его обнаружили, стало ясно, что он обладает талантом управлять боевыми механизмами. Он начал учиться пилотированию и теперь вместе с коллегами-пилотами ведёт тяжёлую и опасную войну против Гауна, сражаясь за выживание человечества.

Далеке майбутнє. Тисяча років минуло після знищення Землі гігантськими інопланетними монстрами під назвою Ґауна. Залишки людства переховуються на борту величезного корабля Сідонія, який був створений із частини планети. Головні захисники ковчега – Хранителі – бойові роботи з озброєнням, яке здатне знищити ворога. Танікадзе Наґате, який від народження жив у нижніх секторах Сідонії разом зі своїм дідом, кожного дня тренується на застарілих тренажерах, мріючи стати пілотом Хранителя. Коли закінчується їжа, Танікадзе змушений піднятися у верхні сектори, де його і хапають та відправляють на навчання пілотуванню Хранителем. Він разом з іншими пілотами вступає у вкрай небезпечну війну проти Ґауна та бореться за виживання людства.