Après le crash du vaisseau de Planet Express, Leela se trouve dans un coma irréversible. Alors Fry crée un robot à son effigie à partir des caméras de surveillance de Planet Express. Mais les choses se corsent quand elle se réveille.

Leela et Zapp doivent aller détruire une « Sphère de la Mort » qui détruit des planètes, dont la prochaine est la Terre . Hélas, ils furent repérés et leur vaisseau fut détruit. Puis, lorsque Leela et Zapp se réveillent, ils sont sur une planète inconnue où ils sont forcés de vivre comme Adam et Ève.

Après que toute l'équipe de Planet Express est allée acheter le nouvel « eyePhone » dans un MomStore, Fry et Bender se lancent dans un concours pour avoir un million de « followers » sur Twitter. Mais Fry a des difficultés à relever son pari, et pour gagner, il devra faire une action lourde de conséquences…

Après un désaccord entre Kif et Amy sur les fréquentations de cette dernière, Kif décide de la quitter. Lors d'une soirée destinée à lui remonter le moral, Bender passe son temps à se moquer d'elle si bien qu'ils passent la nuit ensemble, ils se découvrent vite des sentiments respectifs, et essayent de cacher leur relation robosexuelle, taboue en l'an 3000.

Après une prestation remarquée de Fry à un jeu télévisé, le professeur essaye de lui montrer les grandes inspirations de la science dont Leonard de Vinci. Mais en observant attentivement la Cène, ils découvrent que l'un des apôtres dessinés n'est autre qu'un robot. La compagnie se rend à Rome pour résoudre ce mystère.

Après une reconstitution de la guerre sithile, l'équipe se plaint de ses nombreuses blessures sous l'œil de Bender se moquant des humains, affirmant qu'il est parfait et immortel, quand il mourra son unité de sauvegarde sera transféré dans autre corps. Mais l'on découvre que Bender n'a pas d'unité de sauvegarde et se retrouve mortel, accompagné d'Hermès il se lance à la poursuite de l'inspecteur l'ayant approuvé alors qu'il était condamné.

C'est l'anniversaire de Leela, Fry l'a invité au restaurant, mais arrive en retard et rate le déjeuner. Pour se faire pardonner, il l'invite à un autre restaurant en promettant d'être à l'heure, mais quand il se prépare à partir, le professeur lui demande de l'aider à tester sa machine à aller dans le futur. Mais suite à une erreur de calcul, ils se retrouvent en l'an 10 000.

Après 12 ans passés en tant qu'interne, Amy peut finalement passer son doctorat de physique appliquée. Mais un chat présent dans la salle lui fait perdre tous ses moyens, y étant allergique. Pendant ce temps Nibbler demande à ce qu'on le traite comme un être intelligent quand un chat arrive et captive tout Planet Express excepté Amy et Nibbler qui vont essayer de sauver leurs collègues de l'emprise des chats.

Le professeur se confronte à des créationnistes reniant la théorie de l'évolution et prétendant que la terre a 7000 ans. Finalement, la théorie créationniste est acceptée de tous et le professeur quitte la planète avec son équipage sur une planète inhabitée, où quelques robots retraceront l'évolution.

L'empereur Nikolai de Robo-Hongrie fait une visite à New New York, et Bender projette de lui voler sa couronne en ayant besoin des capacités physiques de ses équipiers, mais ils refusent. Pendant ce temps, le Professeur et Amy finissent une machine pour échanger de corps mais après avoir échangé une fois, ils ne peuvent plus ré-échanger. Les choses se compliquent lorsque, Bender se fait arrêter dans le corps d'Amy par l'empereur, que le professeur dans le corps de Bender fuit dans un cirque et que Leela prend le corps du professeur pour tester les sentiments de Fry.

Lrrr, souverain de la planète Omicron Persei 8 se fait remarquer par sa femme Ndnd pour sa fainéantise et ses faibles conquêtes. Il se décide à envahir la Terre le jour du Comic-Con et tombe en plein milieu du concours de costume, au lieu d'inspirer la crainte, il se fait féliciter pour son "merveilleux costume", suite à ses défaites Ndnd met Lrrr à la porte, désespéré il demande conseil à Planet Express pour regagner sa femme.

Planet Express se voit confier sa 100e livraison, pour célèbrer cet évènement, Bender organise la fête du millénaire. Mais, à une soirée pour la construction d'une université destinée aux mutants, Fry révèle accidentellement que Leela en est une. Elle se voit donc condamnée à vivre dans les égouts, mais Fry est prêt à devenir un mutant pour être avec Leela.

La société, au bord de la banqueroute, devient une compagnies de transport. Cependant le premier vol ne se déroule pas comme prévu et ils se retrouvent sur une planète peuplée d'individus asexués. Intrigués, l'un d'entre eux décide d'inverser les sexes des passagers.

Bender utilise la nouvelle machine du professeur pour se multiplier à l'infini, causant ainsi la disparition d'eau potable sur terre.

Bender pense que personne ne se soucie de lui et le traite comme un appareil électrique sans importance. Il décide de se suicider pour de bon. Après s'être suicidé, il se retrouve dans l'enfer des robots où il fait un pacte pour revivre. Mais ce pacte consiste à aller retravailler à Planet Express pour tuer son meilleur ami, Philip J. Fry, en lui faisant peur.

Fry, qui a intégré la police, reçoit une promotion et intègre le département des pré-crimes avec son coéquipier. Très vite, ils découvrent qu'il va tuer son meilleur ami Bender, commence alors une véritable course contre la montre jusqu'à la révélation finale.

Bender est témoin d'un crime commis par Don Bot. Il est alors placé, jusqu'au procès, dans une autre ville par le programme des protections des témoins. Il se fait remplacer, au Planet Express, par le robot au pinces de la mafia pour retrouver Bender et le tuer.

Leela retourne dans son orphelinat pour raconter une histoire aux orphelins mais cela ne leur plaît pas. Elle décide alors d'inventer une histoire à partir de vrais personnages.

Fry, qui a un deuxième boulot de nuit au musée des têtes, organise une fête avec ses amis dans le musée. Lors de la soirée, le professeur apprend par George Washington, qu'un de ses ancêtres était un traître, il décide donc de retourner dans le passé pour régler ce problème.

L'équipage se voit confier la mission de ramener sur terre une statue en hommage à la première équipe de livraison de Planet Express mystérieusement disparue dans le tétraèdre des bermudes. Mais lors du retour, l'obsession de Leela à tuer une mystérieuse baleine de l'espace (Möbius Dick) va les conduire à leur perte.

Fry trouve un monstre sur une planète qu'il va élever et renvoyer ensuite sur sa planète d'origine pour la repeupler.

Le professeur Farnsworth pense avoir attrapé l'hypermalaria et demande alors à Zoïdberg de l'euthanasier pour respecter le pacte qu'ils avaient conclu ensemble lors de leur première rencontre.

Fry attrape un rhume qu'il transmet aux autres membres de l'équipe. Le virus ayant disparu depuis 1000 ans, Planet Express est placée en quarantaine. Bender arrive à s'échapper et transmet le virus à la population de Manhattan. Le gouvernement décide alors d'éradiquer le virus en envoyant tout le quartier dans le soleil. Fry se rappelle alors d'une expérience sur le rhume qu'il avait réalisé en 1988 pour un concours de la NASA.

Cubert, trouvant Bender trop obsolète pour jouer à des jeux vidéo récents, décide d'optimiser le processeur du robot, commettant, par la même occasion, une entrave au contrat d'utilisation de Bender. M'man décide alors d'intenter un procès contre lui.

Fry, un livreur de pizzas new-yorkais, se réveille en 2999 après avoir été accidentellement cryogénisé durant un millénaire. Il tente de prendre un nouveau départ, dans un environnement peuplé d'extraterrestres et de robots.