Continua la batalla entre Super Vegeta y Cell, y a pesar de que este saca su máximo poder es incapaz de hacerle algún daño a Vegeta, mientras eso Krilin que llevaba el control para destruir a los androides, encuentra a Número 18 y Número 16, sin embargo el ya se ha enamorado de Número 18 por lo cual decide soltar el control que servía para destruirla. 

Cell motiva a Vegeta a que le deje perfeccionar su cuerpo, ya que seria un error derrotar a un rival tan débil como lo es Cell en ese momento y a pesar de que Vegeta acepta, Trunks se opone incondicionalmente, lo cual genera un enfrentamiento entre este y Vegeta. Trunks logra enfrentarse ante Cell luego de haber atacado a su padre, sin embargo Cell ataca con un Taiyōken, abriéndose paso y absorbiendo finalmente a Número 18, con lo cual Cell logra completar su desarrollo. 

Vegeta se ha dado cuenta de que no tiene oportunidad de vencer a Cell y de una forma desesperada decide atacar con todo su poder a Cell con su técnica más poderosa llamada Resplandor Final (Final Flash), pero es completamente inútil ya que Cell logra regenerar su brazo perdido tras recibir el ataque, Cell ataca a Vegeta y lo deja inconsciente, luego de eso, Trunks libera su poder oculto y comienza una pelea de igual a igual contra Cell. 

Trunks supera el poder de un super saiyajin y el de su padre Vegeta pero Cell supera a Trunks, con este poder Cell decide abrir su propio torneo de artes marciales. 

Tras haber terminado la pelea con Cell, Trunks le cuenta a Krillin y Vegeta lo ocurrido y luego se marchan hacia la Corporación Cápsula junto con Número 16 que pide ser reparado. Mientras tanto, Cell crea la plataforma del torneo y luego se dirige hacia un estudio de televisión para anunciar sobre el Torneo de Cell. 

Goku y Gohan terminan su entrenamiento en la habitación del tiempo, mientras Bulma y su padre intentan reparar a #16 para que ayude a los guerreros Z en el torneo de Cell. En tanto tras la salida de Goku y Gohan (convertidos en super saiyayin) comen un gran banquete y consiguen trajes nuevos, luego Goku se pone al día enterándose de todo lo sucedido y va donde se encuentra Cell para pedirle que no mate a más personas en los días anteriores del torneo. Tras esto Goku y Gohan se van a ver al maestro Karin, aunque Goku afirma que no tiene posibilidades de vencer a Cell; Vegeta y los demás se dan cuenta de que Goku y Gohan pueden estar convertidos en super saiyayin pacíficamente al igual que en su forma normal. Goku le enseña al maestro Karin su nuevo poder de pelea, entonces el maestro le dice a Goku que su poder no es suficiente para derrotar a Cell. 

Bulma y su padre continúan reparando a #16, en tanto Goku, Gohan y Krilin se van de pesca y después junto con Milk van a la despoblada ciudad ya que todos han huido tras escuchar del torneo de Cell, allí Goku y los demás escuchan en la radio que las fuerzas armadas atacaran a Cell, lamentablemente Cell aniquila fácilmente a toda la fuerza. Mientras tanto, en el templo sagrado Piccoro a salido de la habitación del tiempo y Vegeta ha entrado nuevamente, justo entonces llega Goku quien le pide a Piccoro separarse de Kamisama para que regresen las esferas del dragón. Luego de que Piccoro le dice que es imposible, Goku decide ir con Kaiosama para que le diga donde están los namekusein para pedirle a uno que sea el nuevo Kamisama. 

Kaiosama le dice a Goku la dirección en la que se encuentran los namekusein, así Goku llega al planeta usando la teletransportación y al llegar Goku es reconocido por derrotar a Freezer y entonces le dice al patriarca sus intenciones, por lo que este dice que Dende es el indicado para ser el nuevo guardián de la tierra, luego Goku lleva a Dende al templo sagrado. Después va con Gohan y Krilin para que se reúnan con Dende, entonces Dende procede a revivir las esferas del dragón por medio de una figura de Shenlong. Dende les dice que las esferas podrán revivir a más de una persona por deseo y serán en total 2 deseos. Goku va donde Bulma, la cual ya terminó de reparar a #16, para pedirle el radar del dragón para reunir las esferas. Mientras tanto un luchador de la tierra llamado Mr. Satán asegura que vencerá a Cell. Los 10 días han terminado y los guerreros Z van al torneo de Cell, pero antes Dende les dice a los guerreros que quienes ya han revivido una vez con las esferas no volverán a revivir. 

El Torneo de Cell ha comenzado, pero el engreído de Mr. Satán y sus discípulos quieren pelear primero para demostrar que Cell es un debilucho, y (como era de esperarse) terminan siendo derrotados de una forma vergonzosa. Tras haber sucedido eso, Goku decide pelear primero con Cell. 

Goku ha subido a luchar contra Cell, aunque el decía no poder derrotarlo, Goku se encuentra en una pelea inimaginable, los poderes de ambos parecen incrementarse cada vez más y más, pero lo que se creía que era el límite de ambos no lo era, solo se encontraban jugando, ya que aún no habían comenzado a luchar en serio. 

Goku y Cell continúan con su épica batalla, con un poder que hace temblar la Tierra, parece que ambos tienen el mismo poder. Para no acabar con esta pelea Cell destruye el cuadrilátero y Goku se ve obligado a usar todo su poder en un Kamehameha, al hacerlo destruye la mitad superior de Cell, pero este se regenera, ambos han perdido gran parte de su poder, pero de todas maneras pueden llevar la pelea a un nivel inimaginable. 

Sigue la pelea entre Goku y Cell aunque ambos están debilitados, pero el que está más perjudicado es Goku y decide rendirse de la pelea. Elige a Gohan como el siguiente y último contrincante que peleará con Cell. Gohan muestra el resultado de su entrenamiento y empieza a pelear con Cell. 

Gohan rehúsa pelear con Cell, ya que si él se enfada sus poderes ocultos serían suficientes para matarlo. Entonces Cell intenta hacerlo enojar a la fuerza pero no sirve así que va hacia a sus amigos, le quita a krilin las semilla del ermitaño y decide atacarlos pero aparece número 16 y lo sujeta. 16 intenta explotar junto con Cell ya que tiene una bomba en su interior. 

Numero 16 intenta autodestruirse junto con Cell pero no puede entonces Krilin le dice que le habían quitado la bomba por su seguridad, en unos segundos Cell lo destruye. Como Gohan aún no logra enfardase, Cell libera desde su cola a los Cell Juniors y les ordena atacar a Goku y a los demás. A pesar de eso, Gohan no puede enfadarse hasta que la cabeza de número 16 le dice que libere toda su furia escondida y en ese momento Cell lo aplasta y finalmente Gohan expulsa toda su furia. 

Gohan expulsa todo su poder. Le quita a Cell las semilla del ermitaño y empieza a matar uno a uno a los Cell Juniors rápidamente, mientras que los demás quedan asombrados por el poder de Gohan. Trunks le da de comer las semillas a los demás; después comienza la pelea entre Cell y Gohan. Los golpes y ataques de Cell no le hacen nada a Gohan a pesar de que ninguno peleaba en serio. 

Cell libera todo su Ki para derrotar a Gohan, y luego de eso le da un golpe, que para sorpresa, no le causa ni un rasguño, Gohan contraataca y con dos simples golpes le causa un gran daño, Cell se enfada y entra en desesperación, comienza a atacarlo con el Kiensan, Makankosappo y con un Kamehameha con todo su poder, pero es inútil. Luego de eso, Cell comete el mismo error que cometió Trunks e incrementa su poder perdiendo velocidad, Gohan lo ataca otra vez y debido a el daño causado, el cuerpo de Cell no soporta más la forma perfecta y expulsa a Número 18, Cell vuelve a su forma anterior, pero, comienza a inflarse y comenta que será el fin de todos. 

Cell decide auto-destruirse para acabar con la Tierra, Goku decide usar la teletransportación para sacrificarse llevando a Cell al planeta de Kaio Sama, luego de eso Cell explota y Goku, Kaio Sama, Bubbles y Gregory mueren, pero el núcleo celular de Cell queda intacto y vuelve a regenerar su cuerpo, y al tener sangre Saiyajin su poder aumenta, Cell regresa a la Tierra con la teletransportación y mata a Trunks, Vegeta se llena de ira y ataca a Cell con todo su poder, pero, no logra dañarlo, Vegeta es atacado y luego de eso Gohan lo cubre y recibe el ataque de Cell que logra romperle el brazo a Gohan dejándolo muy mal herido. 

La batalla final ha comenzado, Cell decide destruir la Tierra con un Kamehameha, pero Gohan decide no contraatacar, sus ganas de luchar han desaparecido porque se cree culpable de la muerte de su padre, pero Goku desde el otro mundo lo anima a seguir luchando para vengar su muerte, Cell y Gohan se lanzan el Kamehameha y aparece la imagen de Goku al lado de Gohan. Los demás guerreros ayudan a Gohan atacando a Cell, pero sus esfuerzos son inútiles y Cell los ataca solo con su Ki, para sorpresa de todos Vegeta ataca a Cell con su máximo poder y logra debilitarlo, en ese momento Gohan libera su máximo poder y logra acabar con Cell. 

Cell ha sido derrotado por Gohan quien ahora es el ser más poderoso del universo, luego de eso, los guerreros Z se dirigen hacia el templo de Dende para que lo curen a Gohan y luego usar las esferas del dragón para revivir a todas las personas asesinadas por Cell, pero como era de suponerse, Goku no pudo regresar ya que había sido revivido una vez, el decide quedarse en el otro mundo junto con Kaiosama. Mientras tanto en la Tierra, Trunks se despide de sus padres y amigos para regresar a su futuro.