Who's dead? Who's not? Our anti-heroes are left scattered and presumed to be dead as the corporations prepare for an all-out war. Buck up! We're in for one hell of a fight, team!

Après une attaque, les membres éparpillés de l'équipage du Raza se retrouvent et commencent à réunir des indices sur leur vie avant que leur mémoire ne soit effacée.

Après l'explosion de la station, Cinq et le Cdt Truffault ont réussi à s'échapper et ont été récupérées par un vaisseau de la Vokov-Rusi. Peu après, le Raza les prend à bord. Cinq s'inquiètent pour le reste de l'équipe mais elle n' pas le temps de faire de recherches qu'un vaisseau de la Ferrous Corp les attaque. Près des débris de la station, Deux et Six ont pu se réfugier dans le Maraudeur mais le vaisseau est endommagé, sa propulsion est morte tandis les systèmes de supports de vie s'arrêtent. Les deux survivants parviennent à appeler le Raza au secours mais le vaisseau subit actuellement de graves dégâts face au destroyer de la Ferrous. De plus, l'Androïde leur apprend que Nyx est morte lors du raid de Ryo pour s'emparer de l'« Hyper Flash ». Cinq a été sauvé par le Lt Anders et tout deux doivent se faire confiance pour lutter contre un drone de surveillance. Un commando de la Ferrous aborde le Raza mais il est annihilé et l'équipage utilise leur navette pour détruire le destroyer. Pendant ce temps, Deux qui s'est sacrifié en transférant tout l'oxygène restant à Six, hallucine et discute avec Nyx sur leur place et rôle dans le cosmos. Mais le Raza les secourent à temps. Une équipe de secours de l'AG arrive sur la planète mais le Lt Anders couvre Cinq et prétend être seul. Plus tard, il contacte le Raza et donne la position de Cinq.

Pendant ce temps sur Zairon, Ryo libère son ancien professeur Teku et le fait son conseiller royal, ce que désapprouve Mizaki.

Sur le Raza, un équipage réuni dîne ensemble tout en se demandant que faire. Trois et Six ne sont pas d'accord sur la conduite à tenir face à la guerre. Mais Deux veut venger la mort de Nyx, elle décide d'aller récupérer l'« Hyper Flash » et tuer Ryo.

Nach den jüngsten Ereignissen sind die Überlebenden der EOS-7 verstreut und versuchen, wieder zusammenzufinden. Die Lage ist kompliziert und es darf absolut keine Zeit verloren gehen. Ryo Ishida (Alex Mallari Jr.) avanciert derweil endgültig zum Feind seiner ehemals Verbündeten. Seitdem er zum Kaiser von Zairon geworden ist, spitzt sich die Lage immer mehr zu, so dass eine Eskalation unabwendbar scheint.

Los movimientos de Cuatro por llevar a cabo su plan y, por otro lado, los de la tripulación de la Raza decidiendo si luchan sólo por su supervivencia, o si se dedican a ayudar a los más débiles en la guerra, impulsan buena parte de la tercera temporada. Muchos de los asuntos introducidos en las dos primeras se retoman y profundizan, y sus protagonistas están ante el mayor desafío que han asumido hasta ahora.

Dark Matter también tiene por delante un interesante reto, el de dar un paso adelante y culminar el viaje que sus protagonistas iniciaron al despertarse amnésicos en el primer capítulo. ¿Pueden sobrevivir en ese mundo sin recurrir a sus viejas y sanguinarias tácticas? ¿Es posible que salgan adelante dejando completamente atrás sus pasados? ¿Y es beneficioso o dañino

Después de un ataque desgarrador, la tripulación de la Raza se reagrupa y comienza a reunir nuevas pistas antes de no recordar nada.