A principios de la década de 2050, formas de vida desconocidas, las "Células de Oracle", aparecieron repentinamente y comenzaron a "devorar" todos los objetos de la Tierra. La gente, sin saberlo, llamó "Aragami" por asombro, ya que devoraron todo y se diversificaron como formas de vida feroces. Las armas existentes fueron completamente ineficaces contra los Aragami, y la humanidad fue privada gradualmente de su hábitat. Un rayo de luz brilla sobre tales seres humanos. Se desarrolló un arma biológica "máquina de Dios" incrustada con células de Oracle, y se organizó una unidad especial conocida como "God Eater" para manipularla. En un mundo oprimido por dioses violentos, se levanta el telón de la interminable batalla de los "devoradores de dioses".

这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER（噬神者）”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。

于是，追求知性之极致的荒神，与追求物种延续的人类之间的战争便此展开。在破灭的尽头，究竟是神会先成为人，还是人会先成为神呢？

2050年代初頭、突如出現した未知の生命体｢オラクル細胞｣は、地球上のあらゆる対象を｢捕喰｣しはじめた。全てを喰らい、凶暴な生命体として多様に分化を遂げるその存在を、いつしか人は、畏怖を持って｢アラガミ｣と呼んだ。既存の兵器はアラガミの前に一切効果が無く、人類は徐々に生息圏を奪われていった。そんな人類に一筋の光明がさす。オラクル細胞を埋め込んだ生体兵器｢神機｣が開発され、それを操る特殊部隊、通称｢ゴッドイーター｣が編成された。荒ぶる神々に虐げられた世界で、｢神を喰らうモノ｣の明日なき戦いの幕があがる――。