Eine vielfältige Gruppe von Rekruten ist in der FBI-Quantico-Basis zur Schulung angekommen. Sie sind die besten, die hellsten und die am meisten geprüften, so dass es unmöglich erscheint, dass einer von ihnen verdächtigt wird, den größten Angriff auf New York City seit 9/11 zu leiten.

Alex ist auf der Flucht und muss Liam und sein Team überlisten, um in ihre Wohnung zu kommen, für alles, was helfen könnte, ihren Namen zu klären. In einer Rückblende zum Quantico-Training haben die NATS die Aufgabe, eine Nadel im Heuhaufen zu finden und nach möglichen Bedrohungen für die nationale Sicherheit zu suchen.

In Quantico erhält Alex schließlich Informationen über ihren Vater und seine FBI-Vergangenheit, aber in Zukunft ist es ihre Mutter Sita, die eine Schlüsselrolle spielt, wenn Liam sie überzeugt, an einer Pressekonferenz im nationalen Fernsehen teilzunehmen und Alex zu bitten, sich zu stellen. Auch bei "Quantico" lernen die NATS die Kunst des Profiling und konzentrieren sich auf die Stärken und Schwächen ihrer Klassenkameraden, was letztendlich ihr Selbstvertrauen und ihre Kameradschaft herausfordert.

In Quantico haben die Rekruten die Aufgabe, eine Rettungsübung für Geiseln durchzuführen, die Alex erschüttert, so dass sie ihre Fähigkeit in Frage stellt und ob sie Quantico verlassen sollte. Während Alex in Zukunft weiter nach Hinweisen sucht und einen findet, der die Unschuld einer ihrer engsten Klassenkameraden in Frage stellt. Aber ist ihr Hinweis wirklich das, was sie denkt? Niemand ist das, was er zu sein scheint.

Die Auszubildenden verlassen den Campus zum ersten Mal, während sie ihren ersten Undercover-Einsatz absolvieren. Mit einem Abend voller unvorhersehbarer Ereignisse rücken Alex und Ryan näher, während die Fähigkeiten der Rekruten getestet werden. In der Zukunft beschließt Alex, ihre Seite der Geschichte zu erzählen und setzt sich für ihr erstes öffentliches Interview hin, so dass jeder zusehen kann, wer wirklich die Wahrheit sagt.

Die NATs lernen die Überwachung, indem sie sie mit Miranda und ihrem verstörten Sohn Charlie in die Praxis umsetzen. Shelby versucht, Caleb auf Distanz zu halten, aber Raina öffnet die Tür zu einer engeren Beziehung mit Simon. In Zukunft wird Alex geholfen, wenn sie versucht, sich in einen FBI-Computer zu hacken.

Es ist Halbzeitprüfung in Quantico, wo die NATS eine explosive Aufgabe erhalten, die dazu führt, dass einige Leute für immer nach Hause gehen. In Zukunft versucht Alex weiterhin, ihren Namen zu klären und findet Nimah und Raina, die mehr Fragen als Antworten liefern, so dass Alex und die Welt sich fragen: "Wem kann man wirklich vertrauen?"

In Zukunft wird das FBI-Computersystem gehackt und vertrauliche Dateien werden öffentlich zugänglich gemacht, was Alex zu dem Schluss führt, dass irgendwo in New York eine zweite Bombe im Spiel ist. Zurück in Quantico erhalten die Rekruten individuelle Aufgaben, nur um zu erkennen, dass sie alle im Rahmen einer Lektion verbunden sind, um das Gesamtbild zu betrachten.

In Quantico besuchen die NATS einen Kurs mit der Gastrednerin Dr. Susan Langdon. Dr. Langdon ist ein ehemaliger Agent und Profiler, der die Auszubildenden damit beauftragt, sich die Fälle von Serienmördern anzusehen, um das einzige Opfer zu finden, das nicht zu dem Fall passt, aber wenn Simon zu gut darin wird, Dinge zu finden, die nicht dazugehören, ist es sein Leben, das gefährdet wird. In Zukunft wird Alex von einem hoch entwickelten FBI-Team verhört, während Ryans Leben auf dem Spiel steht.

In Quantico führt eine dringende disziplinarische Anhörung dazu, dass tiefe Geheimnisse verschüttet werden, während Alex in Zukunft heimlich mit ihrem Team zusammenarbeitet, um den echten Bomber zu finden, bevor ihre Zeit abgelaufen ist.

Die Terroristen, die für den Bombenanschlag auf die Grand Central Station verantwortlich sind, offenbaren sich schließlich, aber statt Antworten bleiben mehr Fragen. Zurück in Quantico erhalten die Rekruten ein paar wohlverdiente freie Tage für die Feiertage, aber nicht jeder ist oh so fröhlich, wenn Geheimnisse enthüllt werden und Linien und Unschärfen.

Alex befindet sich mitten in einer Anhörung im Kongress, um über die terroristischen Bombenanschläge auszusagen. Die überzeugte Elias handelte nicht allein, sie ist entschlossen, Antworten und die Wahrheit zu finden. Zurück in Quantico schließt sich eine neue Gruppe von NATS Alex und ihren Klassenkameraden an, was zu Spannungen und Konkurrenz zwischen den Gruppen von Auszubildenden führt.

In Quantico arbeiten die NATS für defensive Fahrstunden zusammen, während die Spannungen zwischen Liam und Drew explodieren, was zu schockierenden Eingeständnissen und Konsequenzen führt. In der Zukunft setzt sich Simon mit seiner neuen Realität nach dem, was passiert ist, auseinander. Auch wenn seine Freunde versuchen, ihm zu helfen, ist es ungewiss, dass er jemals wieder derselbe sein wird.

Eine Terrorzelle versucht, Quantico zu infiltrieren und zwingt Miranda und Liam, einen tödlichen Preis zu zahlen. Während Alex in Zukunft weiterhin Anweisungen vom Terroristen erhält - nur diesmal steht das Leben von Claire Haas auf dem Spiel.

In Quantico erhalten die NATS eine Trainingsübung, die für Shelby zu nah an der Heimat liegt. In der Zukunft findet Alex in Hannah einen unwahrscheinlichen Verbündeten, während sie weiterhin versucht, den Terroristen daran zu hindern, wieder zuzuschlagen.

In Quantico ist es die aktuelle Aufgabe des NATS, etwas über Menschenhandel zu erfahren, wenn Liam und Miranda sie herausfordern, die US-amerikanisch-kanadische Grenze ohne Reisepass zu überqueren. In der Zwischenzeit hilft Simon Alex weiterhin, den Terroristen zu finden, aber das setzt sein eigenes Leben in große Gefahr.

Bei Quantico untersuchen die NATs den Hintergrund des anderen, um festzustellen, wer eine hochrangige Sicherheitsüberprüfung erhält, und dabei lernen Alex, Shelby und Iris einige überraschende Wahrheiten über Drew, Will und Caleb. In der Zwischenzeit kontaktiert Alex Claire Haas, um ihre vermissten Freunde zu finden, und ist schockiert, als sie herausfindet, was mit Cale passiert ist.

Es ist Karrieretag in Quantico, wenn die NATS Vertreter verschiedener FBI-Zweigstellen treffen, um ihnen zu helfen, ihre zukünftigen Wege zu bestimmen. In Zukunft sucht Alex weiter nach dem Terroristen und entdeckt dabei einige bekannte Gesichter - darunter eines, das das Endspiel des Terroristen kennt.

Mit nur wenigen Wochen bis zum Abschluss werden die NATS in verschiedene Außenstellen geschickt, wo Alex und Ryan gemeinsam an einem Fall arbeiten. In der Zwischenzeit, in der Zukunft, nimmt Shelby und Caleb's Beziehung eine Wendung, und Alex weiß nicht, wem sie vertrauen kann, wenn sie neue Informationen über den Mann entdeckt, den sie liebt.

Die NATS sind begeistert, dass der Abschluss nahe ist, da sie sich darauf vorbereiten, Quantico zu verlassen und sich auf den Weg in die reale Welt für ihre neuen Aufgaben zu machen. In Zukunft erfährt Alex, dass jemand, der ihr in Quantico wichtig war, nicht der ist, der sie zu sein schien, da sie sich im Herzen eines weiteren möglichen Angriffs befindet.

Es ist Abschlusstag für die NATS von Quantico, während Alex und ihr Team in Zukunft gegen den Terroristen antreten werden.