An ihrem 18. Geburtstag entdeckt die junge Clary Fray (Katherine McNamara), dass sie der übernatürlichen Gruppe der Schattenjäger angehört. Nachdem ihre Mutter entführt wird, muss sie sich in dieser beängstigenden neuen Welt zurechtfinden. Sie weiß jetzt, dass sie nicht nur ein Mensch, sondern auch ein Engel ist, mit der Aufgabe Dämonen zu jagen. Mit der Unterstützung ihres besten Freundes Simon versucht sie Antworten und vor allem ihre Mutter zu finden.

Das Institut ist in größter Alarmbereitschaft, als sich herausstellt, dass Valentine noch lebt und auf der Jagd nach dem Engelskelch ist. Jace wird klar, dass Clarys Erinnerungen der Schlüssel zu diesem und auch zu Jocelyn sein könnten. Nachdem sich allerdings zeigt, dass ihre Erinnerungen gelöscht wurden, hat das Team keine Wahl: Sie bringen Clary in die Stadt der Knochen, wo sie sich den mächtigen Silent Brothers stellen. Während Luke unterdessen weiterhin nach Clary sucht, versucht Simon mit dem neuen Leben seiner besten Freundin zurechtzukommen.

Simon wird im Hotel DuMort gefangen gehalten. Um ihn zu befreien bittet Clary ihr Team um Hilfe. Während sie sich auf die anstehende Mission vorbereiten, lernt Clary von Jace ein wenig mehr über ihre Kräfte. Isabelle wendet sich an ihre Lieblingsfee um Informationen zu erhalten und Alec hinterfragt Jace’ Motive und seinen Platz in ihrer Partnerschaft. Unterdessen ist Simon ziemlich verängstigt, als er sich der Anführerin des Vampir-Clans nähert.

Die Schattenjäger finden heraus, dass Magnus Bane, der höchste aller Warlocks in Brooklyn, möglicherweise weiß, wie man Zugang zu Clary’s Erinnerungen erlangen kann. Sie veranstalten eine Party, um ihn anzulocken. Simon scheint seit seiner Rückkehr aus der Unterwelt nicht mehr er selbst zu sein.

Die Anspannung zwischen Alec und Clary wird immer größer. Sie streiten über die Frage, wie man Valentine am besten ausschalten kann. Doch als Jace und Isabelle auf eine Mission geschickt werden, muss Alec für Clarys Schutz sorgen, was beiden deutlich missfällt. Dabei hadert Alec mit den Regeln der Claves. Derweil beginnen die Werwölfe mit ihrer Jagd auf Clary und den Engelskelch.

Um Lukes Leben zu retten müssen ihn Jace, Clary und Simon zu Magnus’ Versteck bringen. Dort hören sie von der Geschichte, wie Valentine böse wurde und erhalten zudem Informationen aus Jocelyn und Lukes Vergangenheit. Sie hoffen, dass dadurch Clarys Erinnerungen zurückkehren und sie erfahren, was mit dem Engelskelch geschehen ist.

Clary versucht die Hinweise zusammenzufügen und herauszufinden, wo ihre Mutter den Engelskelch versteckt hat. Gemeinsam mit Jace, Alec und Isabelle versuchen sie ihn zu finden, bevor es jemand anderes tut. Doch die Dämonen und Unterweltler lauern schon überall, was die Suche schwieriger macht als sie erhofft hatten. Unterdessen werden Simons Symptome immer schlimmer, weshalb er befürchtet sich in einen Vampir zu verwandeln.

Clary überlegt, Simon als Vampir wiederauferstehen zu lassen. Das Auftauchen der Clave-Gesandten Lydia Brandwell zwingt Alec derweil dazu, ein Opfer zu erbringen.

Die Schattenjäger sind über Lydias Entscheidung, Meliorn in der City of Bones zu befragen, geteilter Meinung. Simon kann seine neuen Kräfte nicht richtig kontrollieren.

Ein Portal wird Clary direkt zu Valentine führen; doch zunächst muss sie durch eine ruhige Alternativwelt navigieren, in der Schattenjäger nicht mehr existieren müssen.

Clary und Jace tun sich mit Michael Wayland, Jaces totgeglaubtem Vater, zusammen, um Jocelyn vor Valentine zu retten. Doch Clary misstraut Wayland.

Jace macht die Jagd auf Valentine zu seiner obersten Priorität, während er sich mit gegensätzlichen Gefühlen herumschlägt. Clary und Simon müssen den Schlüssel finden, der Jocelyns Koma auflöst, um Valentine zu stoppen, bevor es zu spät ist. Alec muss sich den Konsequenzen seiner Entscheidung stellen und was das für seine Zukunft bedeutet.