La Hermandad, interrumpe el partido de los Halcones de Bayville, el equipo de fútbol femenino de Jean, Avalancha amenaza con divulgar las identidades secretas de los estudiantes del Instituto Xavier y exponer a los mutantes al mundo. Pero, por suerte, los X-Men están allí para impedirlo.

Boom Boom, una mutante capaz de producir explosivos, empieza a coquetear con Nightcrawler y se hacen amigos, hasta que recibe una visita de su padre que la obliga acometer un delito para él. Tabitha acepta, pero luego se cruza en el camino de La Hermandad, y se une a ellos.

Tras unos días de trastornos, Jean Grey pierde el control de sus poderes, y la única capaz de contenerla es Rogue.

Mientras que el Profesor Xavier va a visitar a Juggernaut a su celda, los mutantes más jóvenes engañan a Cíclope y Jean Grey para hacer una fiesta en la mansión.

El profesor de la Secundaria Bayville, Hank McCoy no puede luchar contra la violencia de su naturaleza bestial, el suero que lo había mantenido al margen falla, por lo que decide crear una fórmula nueva que lo convierte en un monstruo y acude al Profesor X.

Cíclope y Alex están de vacaciones cuando una gran tormenta amenaza sus vidas, Charles Xavier, Jean Grey y Tormenta van a salvarlos.

Tormenta es acosada por Hungan, un malvado chamán africano que quiere apoderarse de Tormenta y de África, la asusta en la mansión y luego la rapta.

Lance Alvers / Avalancha quiere sumarse a los X-Men con el fin de estar cerca de Kitty. Lamentablemente, el resto de La Hermandad, junto con varios de los X-Men, no están satisfechos con su decisión, por lo cual hacen que se retire de los X-Men.

En época de Navidad, un misterioso ángel salva la vida de una mujer en un edificio en llamas. Su nombre es Warren Wornington, un mutante muy seguro de sí mismo que posee unas impresionantes alas parecidas a las de un ángel.

Un misterioso telépata llamado Mesmero secuestra a algunos de los X-Men para que roben objetos para él, para poder abrir la primera entrada que conduce a un mutante de la antigüedad egipcia llamado Apocalipsis.

En la secundaria Bayville se celebra un baile por parejas, Scott y Jean deciden ir al baile por separado. En el entretanto, Forge construye un dispositivo que retrasa la velocidad a la que Nightcrawler se teletransporta.

Para ayudar a Bestia a superar el problema que le supone su mutación, Kitty organiza un viaje al campo con sus compañeros. En el bosque, los cazadores confunden a Bestia con Big Foot (Pie grande) y lo capturan. Entonces, los jóvenes mutantes deben ir a salvar a su maestro.

Las chicas de los X-Men están hartas de estar en segundo plano con lo cual forman un equipo de vigilancia para luchar contra el crimen. Por un tiempo, las cosas van muy bien, pero al final, un viejo enemigo se cruza en su camino haciendo que se retiren. Mientras tanto Kurt y Scott intentan ayudarlas en secreto.

Nick Fury, informa a Wolverine de que Magneto ha robado la antigua cámara del Proyecto Renacimiento que en su época fue utilizada para darle sus poderes a Steve Rogers.

La mentalmente inestable e inmensamente poderosa mutante llamada Wanda Maximoff / Scarlet Witch es secuestrada por Mystique y se convierte en el miembro más reciente de La Hermandad, para desgracia de su hermano Pietro.

El anti-mutante, Bolivar Trask secuestra a Wolverine y le presenta a su experimento, el Centinela. Mientras tanto, Magneto quiere provocar una guerra total entre el hombre y los mutantes para crear el caos.

Los X-Men, se unieron con equipos de La Hermandad para luchar contra el Centinela que está arrasando la ciudad y destruyendo a todos los mutantes.