Nach der Schießerei planen Graves und die SEAL ihre Rache.

Michael gerät in die Hände der CIA und Agentin Gina Cline sucht nach dem Drahtzieher des Angriffs.

In Rips Abwesenheit geraten Graves und Ortiz über die Richtung des Teams aneinander. Ginas Verhör von Michael wird persönlich. Die SEALS lernen ihr neues Teammitglied Trevor kennen.

Mit Gina Clines neuen Geheiminformationen im Gepäck macht sich SEAL-Team Six auf nach Bosnien. Ziel ist es, der Gefangennahme des „Prinzen“, dem Drahtzieher hinter dem Anschlag auf Rip, während eines Boxkampfs einen Schritt näher zu kommen. Bei dem Einsatz wird Alex Caulder verletzt und muss ins Krankenhaus – ausgerechnet er, der mit undefinierbaren Kopfscherzen zu kämpfen hat.

Gina Cline gibt Michael Nasry eine letzte Chance, endlich seine Verbindung zum „Prinzen“ offenzulegen. Währenddessen greift „Buddhas“ Frau Jackie zu verzweifelten Maßnahmen, um ihre in Gefahr schwebende Familie zu schützen. Ein hochrangiger Vertrauter des Präsidenten, Andrew Hall, und seine Assistentinnen werden in Aserbaidschan als gekidnappt. Gina Clines Vorgesetzte macht starken Druck.

Das SEAL-Team Six wird nach Aserbaidschan beordert, um Andrew Hall zu befreien. Doch es findet nur dessen Assistentinnen im Versteck vor. Alex Caulder muss nach dem Krankenhausaufenthalt eine langweilige Reha machen, um wieder 100-prozentig Einsatzfähig zu werden. Doch dort trifft er auf Dawn – eine Seelenverwandte. Der „Prinz“ schlägt Gina Cline besonderen Deal im Austausch für Andrew Hall vor.

Die SEALs müssen sich beweisen, als sie dazu abgestellt werden, einen Gefangenenaustausch mit Tschetschenien zu planen und durchzuführen.

Die Situation wird ernst als eine Schießerei in einem isolierten Dorf ausbricht, in dem sich die SEALs verstecken. Da sie keine weiteren Optionen mehr haben, trifft Gina (Lisa Munn) eine Entscheidung, die den Kurs der Mission verändert.

Jackie bekommt Ärger mit "Buddha", weil er ihre Waffe im Haus entdeckt. Die Schlinge um Michael Nasrys Kopf zieht sich zu: Mittlerweile ist er in der Gewalt des "Prinzen". Auch Gina Cline wird von ihren CIA-Vorgesetzten erpresst. Doch dann wendet sich plötzlich das Blatt für beide: Michael hat eine rettende Idee und auch das Geheimwissen der CIA-Agentin stehen plötzlich wieder hoch im Kurs.

SEAL-Team Six ist mit Alex Caulder wieder komplett und rückt zu einem neuerlichen Einsatz gegen den "Prinzen" aus. Michael Nasrys Tipps machen es möglich, ihn und den "Prinzen" in einem Geheimversteck aufzuspüren. Aber das Gebiet ist stärkstens bewacht und die Mission kein Zuckerschlecken. Es kommt zu einem Schwerverletzten und der neue Kollege Trevor kann endlich seine Qualitäten beweisen.