E' trascorso un anno dall'attentato e Kirkman è determinato a ricostruire Capitol Hill e catturare i terroristi che hanno scatenato la tragedia. Intanto però dovrà vedersela con dei terroristi ucraini che hanno dirottato un aereo passeggeri russo.

Una pausa nella caccia a Lloyd accelera uno scontro risolutivo, spingendo Kirkman a soppesare la legge davanti a una minaccia imminente.

Un'epidemia d'influenza letale diventa incontrollabile. Un monumento confederato crea tensioni. Rennett e Wells scoprono nuovi indizi pericolosi.

Un incidente mortale al confine tra USA e Messico provoca il caos nei negoziati già in stallo. La first lady affronta le domande su uno scandalo pronto a scoppiare.

Un suo commento esplosivo viene reso pubblico e Kirkman affronta una crisi di fiducia dei cittadini. Wells e Rennett indagano sull'omicidio di una parlamentare inglese.

Dopo una collisione con un'imbarcazione civile, l'equipaggio di una nave militare USA naufraga in acque ostili. Wells e Rennett affrontano una crisi con ostaggi.

Kirkman si trova davanti a un dilemma diplomatico, alcune denunce rischiano di distruggere la sua famiglia e Moss ostacola l'indagine di Wells.

Durante una visita segreta in Afghanistan, Kirkman tratta con potenti signori della guerra, mentre Wells finisce sotto attacco. Seth si ritrova con problemi legali.

Kirkman manda i suoi a indagare su un eroe di guerra, un condannato a morte e un'ecatombe in un alveare. Wells segue le tracce lasciate da una somma di denaro sporco.

Un incendio mette in pericolo dei fanatici religiosi che, per le loro convinzioni, si scontrano con la Casa Bianca. Wells cerca la verità nascosta dietro a un tradimento.

Mentre Kirkman fatica ad affrontare una perdita sconvolgente, Wells e una delegazione commerciale all'Avana diventano moneta di scambio per i ribelli dell'isola.

Wells cerca il responsabile di un attacco hacker alla NASA che minaccia gli astronauti della stazione spaziale. Kirkman affronta un consigliere fidato ma provocatorio.

La protesta di alcuni nativi americani alla Casa Bianca obbliga Kirkman a rimediare a un errore passato. Indagando sugli hacker, Wells si appoggia a una spia russa.

Kirkman si scontra con il sindaco della capitale quando un blackout getta la città nel caos. Chuck decifra un indizio nascosto nel codice degli hacker.

Emily insegue una fuga di notizie dalla Casa Bianca che mette a rischio i colloqui di pace tra due paesi confinanti. Un disertore implora aiuto da Wells.

Emily insegue una fuga di notizie dalla Casa Bianca che mette a rischio i colloqui di pace tra due paesi confinanti. Un disertore implora aiuto da Wells.

Kirkman muove una guerra di rappresaglia contro il paese responsabile della bomba sporca e invia Wells sul campo di battaglia per negoziare con un capo dei ribelli.

Le registrazioni delle sedute d'analisi, del presidente, divenute pubbliche accelerano una crisi, che travolge Kirkman e la Casa Bianca. Wells, Rennett e Chuck si avvicinano agli hacker.

Con la sua presidenza in subbuglio, Kirkman si prepara per un'audizione sull'idoneità a rimanere in carica. Wells condivide i suoi sospetti sull'identità dell'hacker.

Dopo l'omicidio di un diplomatico, Ethan West si occupa del caso di un cittadino americano detenuto all'estero. Kirkman scopre un tradimento personale.

Mentre entrambi i partiti cercano di attirare Kirkman dalla propria parte, Kendra è presa di mira per un vecchio caso. West indaga su Moss, che fa un annuncio esplosivo.

In questo finale della serie: Kirkman si batte per scongiurare un disastro umanitario mentre deve prendere una decisione sul suo futuro politico. Wells cerca di proteggere la figlia di Rennett.