Do gimnazjum w Kadic powraca szóstka przyjaciół: William, Jeremy, Ulrich, Odd, Yumi i Aelita. Nikt nie wie, że nastolatkowie w równoległym świecie zamieniają się we władających supermocami wojowników Lyoko. Tymczasem szalony naukowiec zwany Profesorem Tyronem doprowadza do reaktywacji procesora X.A.N.A. Urządzenie staje się teraz silniejsze niż kiedykolwiek i ma tylko jeden cel – doprowadzić do zagłady ludzkości. Profesor przewodzi też grupie awatarów, którzy zostali stworzeni, aby pokonać wojowników Lyoko. Przyjaciele muszą unicestwić sztuczną inteligencję systemu X.A.N.A. i pokonać Tyrona. Pomaga im w tym Laura, nieco roztrzepana dziewczyna-geniusz.