Naoto a perdu son appartement mais a gagné un automate féminin encore bien mystérieux. Tout en allant d’hôtel en hôtel avec elle, Naoto continue sa vie normale entre les cours et le shopping. Il ignore encore que pendant ce temps, Marie et la guilde Meister font tout ce qu’ils peuvent pour sauver la ville de la purge planifiée par l’armée.

Les duos formés par Naoto et RyuZU ainsi que celui de Marie et Halter se sont finalement rencontrés au détour d’un hall d’hôtel. Après leur avoir exposé les projets de l’armée, Marie tente de réclamer l’automate de Naoto, qui se trouve être la propriété de la famille Breguet. Devant leur refus caractérisé de se séparer, ils n’ont plus d’autre choix que de partir tous les quatre à l’assaut de la tour centrale afin de sauver Kyoto.

Le nouveau quatuor formé par Naoto, RyuZU, Marie et Halter parvient à se frayer un chemin de force jusqu’au niveau 24 de la tour centrale. Ils y retrouvent toute l’équipe de la guilde Meister, qui a préféré ne pas évacuer. Au tour de Naoto d’essayer son talent au milieu de cette mécanique complexe, tandis que l’armée s’apprête à déclencher la purge.

Au prix de nombreux efforts, le quatuor mené par Marie a finalement pu déjouer la purge à temps, et faire limoger ses responsables. L’équipe s’offre un repos bien mérité quand une mystérieuse transmission vient rompre leur quiétude et remet Marie sur le pied de guerre. Naoto ne désespère quant à lui toujours pas de rencontrer AnchoR, la petite sœur de RyuZU.

La recherche de l’émetteur du message a conduit toute l’équipe jusqu’au plus profond des usines du cadran de Mie. Ils y découvrent une arme de destruction massive déjà prête à l’emploi, scrupuleusement gardée par AnchoR. Cette dernière lance de puissants assauts, et le groupe semble plus que jamais en danger de mort…

Naoto et RyuZU ont pu revenir sans encombre des abîmes de la ville. Marie retrouve le moral et tout le groupe part à l’assaut de Tokyo, afin de limiter les dommages collatéraux de la rencontre entre l’arme géante de Mie et les forces de la ville. Naoto n’oublie pas non plus AnchoR et est déterminé à la secourir.

Le groupe de Naoto est parvenu à libérer AnchoR du contrôle qu’elle subissait. Parallèlement, l’arme gigantesque de Mie a éradiqué les forces de la capitale et remonte à la surface. Elle lâche une impulsion électromagnétique, ce qui paralyse le fonctionnement de toutes les roues, y compris les automates préférés de Naoto.

L’impulsion électromagnétique lancée par Yatsukahagi a mis tout Akihabara hors service. RyuZU s’est mise en sécurité afin d’éviter d’être endommagée, mais elle a besoin d’une aide extérieure pour se réveiller. Pendant ce temps, le chaos règne parmi les politiciens de Tokyo, tandis que Yatsukahagi se remettra en marche sous 66 heures.

Naoto a un plan pour réparer les dégâts causés par Yatsukahagi à Akihabara. Mais pour ce faire, ils doivent s’emparer du pilier céleste. C'est le lieu le plus central du pays, qui maintient la mégapole en place et est relié aux tours de toutes les régions. Évidemment, c'est un endroit bien gardé… Mais Halter pourrait être d’un grand secours.

Marie a su miraculeusement connecter le cerveau d’Halter à un automate militaire, s’assurant ainsi une voie toute tracée à travers les défenses du pilier céleste. Désormais maître des lieux, le groupe cherche les contre-mesures d’urgence à prendre. Il faut faire vite, le redémarrage de Yatsukahagi est proche, et le largage du sceptre de Thor l'est encore plus.

Gennai Hirayama est déterminé à prendre une revanche personnelle au nom de toute l’humanité, face à ces ingénieurs qu’il juge bien trop inhumains. Naoto et Marie sont quant à eux complètement en phase et accomplissent de vrais miracles en réparant peu à peu le pilier céleste. Mais ils doivent faire vite, car AnchoR est partie seule affronter Yatsukahagi.