Après un premier rendez-vous désastreux avec Carly, le docteur Shaun Murphy propose une opération radicale afin de sauver la vie d’une jeune mariée. Pendant ce temps, Audrey Lim, la nouvelle chef du service chirurgie, annonce que les résidents peuvent opérer. Les docteurs Morgan Reznick et Alex Park se disputent alors l'opportunité d'opérer un patient âgé chez qui un cancer vient d'être diagnostiqué.

Le docteur Marcus Andrews soigne un homme blessé en s'interposant lors d'une agression sexuelle. Pendant ce temps, Audrey Lim fait face à une décision difficile quand les parents d’un jeune patient soupçonnent le docteur Neil Melendez de s’être trompé dans son diagnostic. Parallèlement, Shaun Murphy reçoit des conseils après son rendez-vous catastrophique avec Carly Lever. Le docteur Claire Browne reçoit une visite surprise de sa mère.

Le docteur Claire Brown fait face à des difficultés sur le plan personnel comme professionnel tandis qu'elle se prépare à effectuer sa première intervention chirurgicale. Dans le même temps, un grave accident de pêche met au défi le reste du personnel afin de traiter la blessure d'un pêcheur sans endommager sa prise.

Un théoricien du complot interroge le docteur Neil Melendez sur ses dommages au foie. Pendant ce temps, le docteur Claire Brown traite une femme dont l’incapacité de ressentir la douleur menace son couple et sa vie. Shaun Murphy et Aaron Glassman sont tous les deux confrontés à une crise dans leurs relations amoureuses.

Shaun Murphy a été assigné pour sa première intervention par le docteur Audrey Lim. Mais Marcus Andrews se demande s'il est vraiment prêt. Pendant ce temps, alors que le docteur Claire Brown continue d'éviter de ressentir ses émotions relatives à sa mère, elle et Morgan Reznick ont ​​un patient dont le diagnostic les fait douter quant à la véracité de son récit.

Au cours de sa première intervention chirurgicale en solo, le docteur Shaun Murphy aliène une infirmière, ce qui met sa résidence en péril. Neil Melendez est en désaccord avec Audrey Lim sur une chirurgie à risque. Au même moment, le docteur Claire Brown a un comportement autodestructeur qui a des répercussions sur son lieu de travail.

Un patient, mis dans une chambre d'isolement en raison d'une déficience immunitaire, établit un lien personnel avec Shaun. De leur côté, Browne, Reznick et Andrews prennent en charge un jeune patient de 12 ans qui est en train de perdre la vue...

Shaun et Carly vont-ils faire un pas en avant dans leur rapprochement physique ? Lim et Melendez tentent, eux, de ne pas mêler vie privée et professionnelle.

Shaun est prêt pour la prochaine étape de sa relation avec Carly. Cependant, il continue de lutter à mesure qu'ils se rapprochent et deviennent plus intimes. Il reçoit des nouvelles troublantes concernant un problème profondément personnel.

Shaun rend visite à son père sur son lit de mort et la réunion de la famille révèle des résultats inattendus.

Après la mort de son père, Shaun doit faire face aux effets de son intimité avec Lea sur sa relation avec Carly.

Le Dr Shaun Murphy et le Dr Carly Lever se rapprochent.

Le Dr Shaun Murphy traite un patient qui est un influenceur. Il doit alors faire face à une soudaine notoriété.

L'équipe traite un jeune garçon né sans trachée complètement formée. Incapable de parler, il pourrait être un bon candidat pour une procédure expérimentale.

Shaun partage ses émotions et le résultat est étonnant.

Sans réponse médicale depuis des années, Shaun et l'équipe doivent prendre en charge un patient atteint d'une maladie mystérieuse et non diagnostiquée.

Le Dr Claire Browne et le Dr Shaun Murphy traitent un patient atteint d'une forme rare de nanisme.

La ville de San Jose est secouée par un énorme tremblement de terre qui met le personnel de l'hôpital Saint-Bonaventure en état d'alerte alors qu'ils se précipitent pour évaluer les dégâts et assurer la sécurité de leurs collègues et amis. Pendant ce temps, le Dr Neil Melendez et le Dr Aaron Glassman assistent à un événement caritatif lorsque leur vie est menacée par le tremblement de terre.

Les médecins travaillent contre le temps et leur propre sécurité pour sauver la vie de leur entourage.