Per la prima volta, Shaun esce con una donna. Aoki propone a Glassman di tornare a lavorare in ospedale nelle vesti di presidente. La dottoressa Lim riesce a convincere anche Andrews a tornare…

Mentre il dottor Marcus Andrews giura di aiutare un buon samaritano che è stato ferito mentre fermava una violenza sessuale, la dottoressa Audrey Lim affronta una decisione difficile quando i genitori di un giovane paziente sospettano che il dottor Neil Melendez abbia fatto un errore. Nel frattempo, il dottor Shaun Murphy raccoglie consigli dopo il suo disastroso appuntamento con la dottoressa Carly Lever; e la dottoressa Claire Browne riceve una visita a sorpresa da sua madre.

La dottoressa Brown si prepara ad affrontare un suo eventuale primo intervento: una colecistectomìa laparoscopica. Melendez non è molto sicuro di affidarglielo, e scarta persino l’ipotesi di operare, perché la visuale è limitata e l’intervento potrebbe rivelarsi complicato. Shaun, però, propone di effettuare una colicistectomia diversa dal solito e convince Lim a scegliere Claire.

Shaun affronta le prime incomprensioni con Carly: perché è così importante tenersi per mano? Il dottor Glassman annulla il matrimonio con Debbie. Grazie a un consiglio di Shaun alla fine deciderà di lanciarsi in questa avventura. Nel frattempo Claire decide dl spargere le ceneri di sua madre…

Il dottor Shaun Murphy è stato assegnato al suo primo intervento dalla dottoressa Audrey Lim. Tuttavia, il dottor Marcus Andrews si chiede se sia davvero pronto. Nel frattempo, mentre la dottoressa Claire Brown continua ad evitare le sue complicate emozioni su sua madre, lei e il dottor Morgan Reznick hanno un paziente la cui diagnosi li fa dubitare della sua storia.

La capacità unica del dottor Shaun Murphy di relazionarsi con un paziente isolato da un deficit immunitario produce un risultato inaspettato. Nel frattempo, la dottoressa Claire Browne, il dottor Morgan Reznick e il dottor Marcus Andrews trattano un paziente di 12 anni che sta per diventare cieco, e la tensione cresce tra il dottor Neil Melendez e la dottoressa Audrey Lim.

I tentativi di Carly di aumentare la sua intimità con Shaun stanno diventando più frustranti di quanto si aspettassero. Nel frattempo, Lim e Melendez lottano nella loro relazione mentre lavorano per separare il loro lavoro dalla loro vita personale.

Shaun è pronto per il prossimo passo nella sua relazione con Carly; tuttavia, continua a lottare mentre diventano più vicini e più intimi, e riceve alcune notizie preoccupanti su una questione profondamente personale. Nel frattempo, una giovane paziente deve decidere su un trattamento che potrebbe salvarle la vita o forse distruggere il suo matrimonio.

Shaun visita suo padre sul letto di morte e la riunione di famiglia rivela risultati inaspettati. Melendez, Park, Reznick e Claire curano un giocatore della NFL infortunato con gravi danni alla spina dorsale. Claire affronta la sua salute mentale.

Dopo la morte di suo padre, Shaun deve affrontare gli effetti che la sua intimità con Lea avrà sulla sua relazione con Carly; il team opera su un paziente che rifiuta tutte le anestesie durante l'operazione per paura di ricadere.

I medici devono curare un corridore di 25 anni che soffre di un forte gonfiore; due pazienti di 16 anni con il cancro escono insieme; il dottor Shaun Murphy e la dottoressa Carly Lever lavorano verso l'intimità.

Un malato terminale di cancro è determinato a vivere gli ultimi mesi della sua vita senza inibizioni; la dottoressa Reznik deve affrontare la sua relazione con la madre quando arriva per un terzo parere dal dottor Glassman.

Dopo che il dottor Shaun Murphy cura un paziente che è un social influencer, ha a che fare con l'attenzione indesiderata. Nel frattempo, il team tratta una donna che è in difficoltà addominale dopo un trapianto fecale a casa; e gli sforzi della dottoressa Carly Lever per separare Shaun da Lea sono messi in discussione.

Nonostante i dubbi di tutti gli altri, Shaun è speranzoso che Carly sia veramente a posto con la sua amicizia con Lea. Il team cura un ragazzo nato senza una trachea completamente formata e incapace di parlare, e che potrebbe essere un buon candidato per una procedura sperimentale.

Quando il dottor Shaun Murphy fa una confessione emotiva, il risultato potrebbe non essere quello desiderato. Nel frattempo, diventa ossessionato dall'eseguire un'autopsia su una sconosciuta, il che mette in discussione le sue relazioni all'ospedale; e la dottoressa Claire Browne, il dottor Morgan Reznick e il dottor Marcus Andrews trattano uno studente universitario maschio con un misterioso disturbo di doppia personalità.

Un paziente con una malattia misteriosa e non diagnosticata che ha sconcertato gli altri medici per anni, costringe Shaun e la squadra a prendere dei grandi rischi. Claire e Melendez continuano a navigare cautamente i loro sentimenti per l'altro come colleghi e amici.

Claire e Shaun trattano un paziente con una rara forma di nanismo. Reznick, Lim e Park trattano un giovane che ha avuto entrambe le braccia strappate in un precedente incidente agricolo. Shaun reagisce a una situazione emotiva.

La città di San Jose è scossa da un forte terremoto che mette lo staff del St. Bonaventure Hospital in massima allerta mentre corrono a valutare i danni e a garantire la sicurezza dei loro colleghi e amici. Nel frattempo, il dottor Neil Melendez e il dottor Aaron Glassman stanno partecipando a un evento di beneficenza quando le loro vite sono minacciate dal terremoto.

Il personale dell'ospedale St. Bonaventure lavora contro il tempo e la propria sicurezza personale per salvare le vite di coloro che li circondano.